[日本語] English
万見
- PDB-7kza: Potent SARS-CoV-2 binding and neutralization through maturation o... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kza
タイトルPotent SARS-CoV-2 binding and neutralization through maturation of iconic SARS-CoV-1antibodies
要素(Fab fragment ...Fragment antigen-binding) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / COVID19 (新型コロナウイルス感染症 (2019年)) / SARS-CoV2 (SARSコロナウイルス2) / antibody (抗体) / ANTIVIRAL PROTEIN
機能・相同性リン酸塩
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Langley, D.B. / Christ, D.
引用ジャーナル: MAbs / 年: 2021
タイトル: Potent SARS-CoV-2 binding and neutralization through maturation of iconic SARS-CoV-1 antibodies.
著者: Romain Rouet / Ohan Mazigi / Gregory J Walker / David B Langley / Meghna Sobti / Peter Schofield / Helen Lenthall / Jennifer Jackson / Stephanie Ubiparipovic / Jake Y Henry / Arunasingam ...著者: Romain Rouet / Ohan Mazigi / Gregory J Walker / David B Langley / Meghna Sobti / Peter Schofield / Helen Lenthall / Jennifer Jackson / Stephanie Ubiparipovic / Jake Y Henry / Arunasingam Abayasingam / Deborah Burnett / Anthony Kelleher / Robert Brink / Rowena A Bull / Stuart Turville / Alastair G Stewart / Christopher C Goodnow / William D Rawlinson / Daniel Christ /
要旨: Antibodies against coronavirus spike protein potently protect against infection and disease, but whether such protection can be extended to variant coronaviruses is unclear. This is exemplified by a ...Antibodies against coronavirus spike protein potently protect against infection and disease, but whether such protection can be extended to variant coronaviruses is unclear. This is exemplified by a set of iconic and well-characterized monoclonal antibodies developed after the 2003 SARS outbreak, including mAbs m396, CR3022, CR3014 and 80R, which potently neutralize SARS-CoV-1, but not SARS-CoV-2. Here, we explore antibody engineering strategies to change and broaden their specificity, enabling nanomolar binding and potent neutralization of SARS-CoV-2. Intriguingly, while many of the matured clones maintained specificity of the parental antibody, new specificities were also observed, which was further confirmed by X-ray crystallography and cryo-electron microscopy, indicating that a limited set of VH antibody domains can give rise to variants targeting diverse epitopes, when paired with a diverse VL repertoire. Our findings open up over 15 years of antibody development efforts against SARS-CoV-1 to the SARS-CoV-2 field and outline general principles for the maturation of antibody specificity against emerging viruses.
履歴
登録2020年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: Fab fragment heavy chain of anti-CoV2-RBD antibody variant CR3022-B6
L: Fab fragment light chain of anti-CoV2-RBD antibody variant CR3022-B6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,42511
ポリマ－47,7752
非ポリマー6499
水5,585310
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5390 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area19090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.749, 70.749, 249.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-401-

HOH

-
要素

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体 Fab fragment heavy chain of anti-CoV2-RBD antibody variant CR3022-B6


分子量: 24428.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): ExpiCHO
#2: 抗体 Fab fragment light chain of anti-CoV2-RBD antibody variant CR3022-B6


分子量: 23346.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
非ポリマー , 5種, 319分子

#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.65
詳細: Protein (9.6 mg/mL) was mixed with an equal volume (2 uL) of well solution comprising 200 mM sodium citrate (pH 6.65) and 24% (w/v) PEG3350. Cryoprotection was achieved by briefly (5-10 sec) ...詳細: Protein (9.6 mg/mL) was mixed with an equal volume (2 uL) of well solution comprising 200 mM sodium citrate (pH 6.65) and 24% (w/v) PEG3350. Cryoprotection was achieved by briefly (5-10 sec) swimming crystals in well solution doped with glycerol to a final concentration of ~25% (v/v), prior to snap freezing.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→49.05 Å / Num. obs: 72750 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 26.6 % / Biso Wilson estimate: 24.5 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 26.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.69-1.7225.91.5119142235300.8610.2981.5412.697.7
9.08-49.0520.50.0391221959510.0080.0476.499.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4.57 Å49.05 Å
Translation4.57 Å49.05 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6w41

6w41


解像度: 1.69→49.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 3.015 / SU ML: 0.05 / SU R Cruickshank DPI: 0.0744 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.076 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.192 3631 5 %RANDOM
Rwork0.166 ---
obs0.1673 68990 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 76.79 Å2 / Biso mean: 29.029 Å2 / Biso min: 17.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.81 Å20 Å20 Å2
2--0.81 Å20 Å2
3----1.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.69→49.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3206 0 38 310 3554
Biso mean--48.07 40.2 -
残基数----428
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0133479
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173110
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7591.644761
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5061.5687296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5025464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.1423.968126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.08315554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.49158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2475
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023933
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02671
LS精密化 シェル解像度: 1.69→1.729 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 249 -
Rwork0.232 4935 -
obs--98.67 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6956-0.2298-0.19560.510.39160.7664-0.0370.11720.03890.0035-0.04790.0380.067-0.15420.08490.0251-0.02470.0120.0523-0.0110.0191-4.682425.24723.7249
20.6134-0.2514-0.50210.36250.51631.12450.0929-0.04230.1349-0.02220.0326-0.0762-0.06630.1066-0.12560.0429-0.02240.01790.0255-0.01760.049810.614832.494827.7276
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1H1 - 219
2X-RAY DIFFRACTION2L1 - 213

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る