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- PDB-7khd: Human GITR-GITRL complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7khd
タイトルHuman GITR-GITRL complex
要素
  • Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 18
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / TNFRSF / receptor-ligand complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tumor necrosis factor receptor activity / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / TNFs bind their physiological receptors / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / positive regulation of leukocyte migration / regulation of T cell proliferation / T cell proliferation involved in immune response / plasma membrane => GO:0005886 / positive regulation of cell adhesion / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein ...tumor necrosis factor receptor activity / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / TNFs bind their physiological receptors / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / positive regulation of leukocyte migration / regulation of T cell proliferation / T cell proliferation involved in immune response / plasma membrane => GO:0005886 / positive regulation of cell adhesion / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / cytokine activity / cell-cell signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / 獲得免疫系 / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / 細胞膜 / シグナル伝達 / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 18 / Tumour necrosis factor receptor 18, N-terminal / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18 / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Tumour necrosis factor-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18 / Tumor necrosis factor receptor superfamily member 18
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95610193196 Å
データ登録者Wang, F. / Chau, B. / West, S.M. / Strop, P.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structures of mouse and human GITR-GITRL complexes reveal unique TNF superfamily interactions.
著者: Wang, F. / Chau, B. / West, S.M. / Kimberlin, C.R. / Cao, F. / Schwarz, F. / Aguilar, B. / Han, M. / Morishige, W. / Bee, C. / Dollinger, G. / Rajpal, A. / Strop, P.
履歴
登録2020年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18
B: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18
C: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 18
D: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2078
ポリマ－58,3224
非ポリマー8854
水0
1
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18
C: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 18
ヘテロ分子

A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18
C: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 18
ヘテロ分子

A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18
C: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,81012
ポリマ－87,4836
非ポリマー1,3276
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
2
B: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18
D: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 18
ヘテロ分子

B: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18
D: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 18
ヘテロ分子

B: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18
D: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,81012
ポリマ－87,4836
非ポリマー1,3276
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
単位格子
Length a, b, c (Å)168.420, 168.420, 168.420
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Space group name HallI223
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: z,x,y
#3: y,z,x
#4: -y,-z,x
#5: z,-x,-y
#6: -y,z,-x
#7: -z,-x,y
#8: -z,x,-y
#9: y,-z,-x
#10: x,-y,-z
#11: -x,y,-z
#12: -x,-y,z
#13: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#14: z+1/2,x+1/2,y+1/2
#15: y+1/2,z+1/2,x+1/2
#16: -y+1/2,-z+1/2,x+1/2
#17: z+1/2,-x+1/2,-y+1/2
#18: -y+1/2,z+1/2,-x+1/2
#19: -z+1/2,-x+1/2,y+1/2
#20: -z+1/2,x+1/2,-y+1/2
#21: y+1/2,-z+1/2,-x+1/2
#22: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#23: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#24: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLUGLUSERSERchain 'A'AA56 - 1777 - 128
221GLUGLUSERSERchain 'B'BB56 - 1777 - 128
132LEULEUARGARG(chain 'C' and resid 41 through 155)CC41 - 5116 - 26
142ASPASPPROPRO(chain 'C' and resid 41 through 155)CC71 - 15546 - 130
252LEULEUARGARGchain 'D'DD41 - 5116 - 26
262ASPASPPROPROchain 'D'DD71 - 15546 - 130

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18 / Activation-inducible TNF-related ligand / AITRL / Glucocorticoid-induced TNF-related ligand / hGITRL


分子量: 14515.554 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFSF18, AITRL, GITRL, TL6, UNQ149/PRO175 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UNG2
#2: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 18 / Activation-inducible TNFR family receptor / Glucocorticoid-induced TNFR-related protein


分子量: 14645.515 Da / 分子数: 2 / Mutation: C57S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFRSF18, AITR, GITR, UNQ319/PRO364 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y5U5
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.01 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 30% PEG300, 0.2 M sodium sulfate decahydrate, and 0.1 M Adenosine-5-triphosphate disodium salt hydrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.956→37.66 Å / Num. obs: 16802 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 20.5 % / Biso Wilson estimate: 83.0872332637 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 20.83
反射 シェル解像度: 2.956→3.062 Å / Num. unique obs: 1698 / CC1/2: 0.786 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Q1M

2q1m


解像度: 2.95610193196→37.6598568771 Å / SU ML: 0.394808614274 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3437421244 / 位相誤差: 27.2823669562
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254052534214 876 5.21397535861 %
Rwork0.217670968408 15925 -
obs0.219502182064 16801 99.9940483276 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 99.4632912909 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95610193196→37.6598568771 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3386 0 56 0 3442
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002824927910173554
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6645585445914842
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471081470971522
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00529236687007630
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.95167332782112
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.95610193196-3.14120.3497303424391320.289597552332638X-RAY DIFFRACTION100
3.1412-3.38360.3974443921791680.2979130669742610X-RAY DIFFRACTION100
3.3836-3.72390.2708437635191370.2313333801272650X-RAY DIFFRACTION100
3.7239-4.26210.2182296676791260.2061666191982654X-RAY DIFFRACTION100
4.2621-5.36730.2000099166161660.1751873864782639X-RAY DIFFRACTION100
5.3673-37.6590.2649693664421470.2200098948372734X-RAY DIFFRACTION99.9653018737
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.078985351862.07776065965-0.09345984781373.092979759742.375615388663.272613525730.216595778405-0.1441302494480.3746844349180.6489938653710.0406782065875-0.2605312512440.2340563001650.811563388226-0.3798843155110.574256494250.01012339184020.02180857390670.446824004848-0.0328187876130.462289280255-25.840204087513.93391772924.9711213312
25.52501973127-1.58736816891.929233179729.04252135069-2.339641051238.456721834351.19588532006-0.7213822855470.343761821367-1.11702343707-0.123454176834-1.01005121901-0.636697632676-0.478819292064-1.568815327891.30212494611-0.1759126181160.2704540452691.680341404580.1463231830471.28266944576-57.4689292438-13.3319237641.0197516595
34.835422677181.40964787552-1.678150392486.39358607353-0.5387356630262.06522730229-0.8361089655581.39440132942-0.97311249599-0.284029133964-0.2518957583980.6650714149093.13673022727-2.4104340130.6587060660881.14938247345-0.3220279786180.09176096355861.300196789480.1374788559211.13814750799-49.9224350755-15.396148690247.6325266407
43.05796251992-3.41480114243-3.311908960223.848148352694.150607555656.331961654080.2178888866290.4199666685141.16265074775-0.2103783697620.356911879865-0.5476673843980.196779246194-1.1441871843-0.5795066035081.11374500169-0.2888243494940.3556531472480.9497665932190.02736517647060.945354673926-48.6449826471-9.5635012402854.485098612
57.15805359468-4.871927889987.189983042036.99657771948-1.308570461251.995808383661.108249363571.714523292823.083609163510.843508160399-0.04902731739052.576729018261.06084867427-2.41992536944-0.638537863380.904558568501-0.04861602655640.1074448341531.738089074770.5303722626142.20656297496-63.5387552985.0128707322360.2034483805
65.86898391684-1.59086233368-4.19101773677.586522278222.644826877033.68320647050.3899285761341.668863536290.509418901515-0.403035216656-0.433408814782-0.4791996038360.634148199665-0.7894836052130.4082355701690.789404720179-0.04444020947130.05121384255891.569734266720.002010964099421.27378882431-64.3652891120.48573214123766.6124318638
75.6556105824-2.146980189942.74828495543.06292746114-3.424596705367.70836095897-0.311778364671-0.6001165643530.05637350621640.677769393403-0.6369424486810.36287097361-0.220796305840.05948494691831.03082600980.981178150980.04735858640740.233044814541.26865663697-0.1135040316721.03598824872-55.969454188619.334397186549.5663467304
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 164 through 177 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 39 through 78 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 79 through 97 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 98 through 129 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 130 through 137 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 138 through 155 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 41 through 97 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 98 through 129 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 130 through 137 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 138 through 142 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 143 through 155 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 56 through 100 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 101 through 114 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 115 through 171 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 172 through 177 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 56 through 78 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 79 through 114 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 115 through 152 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 153 through 163 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る