PDB-7kce: Crystal structure of human methionine adenosyltransferase 2A (MAT...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7kce

タイトル

Crystal structure of human methionine adenosyltransferase 2A (MAT2A) in complex with SAM and allosteric inhibitor compound 2

要素

S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

キーワード

TRANSFERASE/Inhibitor /

METHIONINE ADENOSYLTRANSFERASE / S-adenosylmethionine synthase isoform type-2 / SAM / Allosteric Inhibitor /

TRANSFERASE (転移酵素) / TRANSFERASE-Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

methionine adenosyltransferase complex /

methionine adenosyltransferase /

methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process /

メチル化 / protein heterooligomerization / protein hexamerization /

small molecule binding / cellular response to leukemia inhibitory factor / one-carbon metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.14 Å

データ登録者

Padyana, A. / Jin, L.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Discovery of AG-270, a First-in-Class Oral MAT2A Inhibitor for the Treatment of Tumors with Homozygous MTAP Deletion.
著者: Konteatis, Z. / Travins, J. / Gross, S. / Marjon, K. / Barnett, A. / Mandley, E. / Nicolay, B. / Nagaraja, R. / Chen, Y. / Sun, Y. / Liu, Z. / Yu, J. / Ye, Z. / Jiang, F. / Wei, W. / Fang, C. ...

履歴

登録	2020年10月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年5月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7kce.cif.gz	317.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7kce.ent.gz	212.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7kce.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/7kce ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/7kce	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7kccC 7kcfC 7kdaC 7kdbC 2p02S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7bhs-1 7bht-1 7bhx-1 2p02-1 5t8s-d 7kcc-1 7l1a-1 7kdb-1 7kda-1 7bhr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

ヘテロ分子

44.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

ヘテロ分子

A: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.970, 94.240, 116.810
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222
Space group name Hall	I22
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z #4: -x,-y,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-512- HOH
2	1	A-660- HOH
3	1	A-874- HOH
4	1	A-907- HOH
5	1	A-1010- HOH

#1: タンパク質	S-adenosylmethionine synthase isoform type-2 / AdoMet synthase 2 / Methionine adenosyltransferase 2 / MAT 2 / Methionine adenosyltransferase II / MAT-II 分子量: 43807.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAT2A, AMS2, MATA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31153, methionine adenosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-J41 / 5-methyl-2,3-diphenylpyrazolo[1,5-a]pyrimidin-7(4H)-one 分子量: 301.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₅N₃O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE / S-アデノシルメチオニン分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 545 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.39 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 0.2M Lithium Chloride, 0.1M Tris PH 7.8, 20% PEG 6000, 10% Ethylene Glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.14→29.37 Å / Num. obs: 131343 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 9.44 Å² / R_merge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 19.1
反射シェル	解像度: 1.14→1.17 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.483 / Num. unique obs: 8683 / % possible all: 88

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2P02

2p02

解像度: 1.14→29.37 Å / SU ML: 0.071 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.3433
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1587	6614	5.04 %
R_work	0.1436	124714	-
obs	0.1444	131328	96.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.14→29.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2954	0	51	545	3550

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0106	3306
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1983	4516
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0965	494
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0098	601
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.2204	1296

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.14-1.15	0.2279	203	0.2245	3542	X-RAY DIFFRACTION	83.93
1.15-1.17	0.2275	178	0.2262	3817	X-RAY DIFFRACTION	89.59
1.17-1.18	0.2271	204	0.2166	4042	X-RAY DIFFRACTION	94.71
1.18-1.2	0.2177	219	0.2114	4183	X-RAY DIFFRACTION	97.78
1.2-1.21	0.2185	234	0.2231	4185	X-RAY DIFFRACTION	98.55
1.21-1.23	0.2044	219	0.2172	4217	X-RAY DIFFRACTION	98.64
1.23-1.25	0.2433	217	0.2073	4174	X-RAY DIFFRACTION	98.83
1.25-1.27	0.2251	235	0.2013	4193	X-RAY DIFFRACTION	98.71
1.27-1.29	0.2059	207	0.1965	4215	X-RAY DIFFRACTION	98.71
1.29-1.31	0.2052	258	0.1933	4207	X-RAY DIFFRACTION	99.13
1.31-1.33	0.2007	220	0.1884	4205	X-RAY DIFFRACTION	98.9
1.33-1.35	0.1847	202	0.1767	4233	X-RAY DIFFRACTION	99.28
1.35-1.38	0.1915	222	0.1746	4217	X-RAY DIFFRACTION	98.97
1.38-1.41	0.1898	224	0.1667	4231	X-RAY DIFFRACTION	99.31
1.41-1.44	0.1862	200	0.1704	4290	X-RAY DIFFRACTION	99.36
1.44-1.47	0.1616	214	0.1508	4262	X-RAY DIFFRACTION	99.44
1.47-1.51	0.1598	234	0.1578	4196	X-RAY DIFFRACTION	98.66
1.51-1.55	0.165	211	0.1452	4240	X-RAY DIFFRACTION	98.76
1.55-1.6	0.1531	209	0.1349	4239	X-RAY DIFFRACTION	99.35
1.6-1.65	0.1549	243	0.1318	4248	X-RAY DIFFRACTION	99.01
1.65-1.71	0.1539	228	0.1326	4240	X-RAY DIFFRACTION	99.13
1.71-1.77	0.1483	209	0.1339	4225	X-RAY DIFFRACTION	98.86
1.77-1.85	0.1417	221	0.1306	4233	X-RAY DIFFRACTION	98.21
1.85-1.95	0.1487	219	0.1397	4078	X-RAY DIFFRACTION	94.79
1.95-2.07	0.138	237	0.1197	4106	X-RAY DIFFRACTION	95.58
2.07-2.23	0.1302	248	0.1204	4147	X-RAY DIFFRACTION	96.53
2.23-2.46	0.1482	241	0.1212	4102	X-RAY DIFFRACTION	95.56
2.46-2.81	0.136	215	0.1207	4280	X-RAY DIFFRACTION	97.85
2.82-3.55	0.1403	243	0.1194	4277	X-RAY DIFFRACTION	97.84
3.55-29.37	0.1439	200	0.1315	3890	X-RAY DIFFRACTION	85.39

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.422477658472	-0.149576931265	0.127081506157	0.489938050403	-0.171005881781	0.462353805155	-0.0136047043168	0.00693136428953	0.0141736949718	0.0235953775461	0.0103542088403	-0.0510515161804	-0.00450734395733	0.0680477712643	0.00565869335634	0.0636378106155	-0.000446847268902	0.000361342904428	0.071737555758	-0.00784929173487	0.068735467514	9.26388956659	5.18805247985	-15.7804477455
2	0.810854301321	-0.292586169331	-0.0222406991725	1.9526542075	0.083163115106	1.25929179752	-0.0357921355623	-0.0223458223463	0.120402885523	0.0901720739738	0.0280265838117	-0.077493518323	-0.0827888338218	0.171579063397	0.0150702769642	0.0911686903329	-0.0114001185109	-0.00772214776832	0.101574348079	-0.0015165079089	0.0828932626359	7.26951267575	16.0215273397	-5.5661642979
3	0.161308823445	-0.162176110575	0.00545072547424	0.604444632913	-0.0880042417734	0.304157236416	-0.00473558528828	0.0133020902644	0.0231229577887	-0.0279019914839	0.000986389630414	-0.0675164372058	0.0100954947634	0.0473728770187	0.006211673569	0.0564428401279	-0.00988709208236	0.00126225855201	0.0861891314592	0.000820830019096	0.0866835056337	12.2291990031	2.08491676236	-24.1853674957
4	0.723387602152	-0.0747329357663	0.142111366819	1.01682321566	0.209987229501	1.00364862096	0.00166814598713	0.0849519708071	0.0954348272252	-0.115377464325	0.0203142925714	0.00950779742423	-0.110466634479	0.0227316010111	-0.0170080489729	0.0747527077444	-0.00391841510112	-0.000549192808514	0.0769933679854	0.0230676208659	0.0943196406469	-3.8628940174	23.8752579518	-30.8534113502
5	0.380541648568	-0.212970585997	-0.0422986015401	0.558592518961	0.0864034334881	0.241908139477	0.00586874885477	0.0561944840164	0.00224733091506	-0.0988905363105	-0.00157159615088	-0.0195523580567	-0.0174079327611	0.0145851810324	-0.00523905786875	0.0753292988715	-0.00865683069914	0.0027406256268	0.0735805025347	0.00328816319598	0.0645134091096	8.31877001097	1.81577604223	-31.6602679818
6	0.794447690723	-0.393931731287	0.0102735455876	1.08628087153	-0.797025285326	1.23285091658	0.0312499979942	0.208435100276	-0.0532156353525	-0.389736475349	-0.0683302836075	-0.173659412534	0.264944637983	0.12635921279	0.0134325457402	0.17126532668	0.0123137574714	0.0404254010267	0.111656612571	-0.00296884557757	0.111204146602	21.461732065	-5.27463196973	-38.7043813502
7	1.08434257377	-0.0257703011043	0.0109127083443	0.750948410431	-0.454916384835	1.01109953453	-0.0320666596267	0.0686829873957	0.114936178775	-0.0839851063599	0.0177176082964	-0.163458633558	-0.0489906858807	0.115341407628	-0.00205876009945	0.0929254257112	-0.019073425727	0.0132783665098	0.0916629596571	-0.000855978551659	0.111136988851	19.0070524316	7.70986379434	-30.0159132209

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 16 through 78 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 79 through 104 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 105 through 169 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 170 through 244 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 245 through 341 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 342 through 364 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 365 through 395 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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