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- PDB-7k5n: Ligand binding domain (tandem PAS/dCache) of Aeromonas caviae dig... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k5n
タイトルLigand binding domain (tandem PAS/dCache) of Aeromonas caviae diguanylate cyclase with proline bound
要素Sensor domain-containing diguanylate cyclase
キーワードSIGNALING PROTEIN / PAS / Cache / bacterial inner membrane bound / amino acid binder
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Double Cache domain 1 / Cache domain / Periplasmic sensor-like domain superfamily / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
プロリン / Diguanylate cyclase
類似検索 - 構成要素
生物種Aeromonas caviae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Sweeney, E.G. / Remington, S.J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P01GM125576 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P01HD22486 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)5F32DK108591-03 米国
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2021
タイトル: Host-emitted amino acid cues regulate bacterial chemokinesis to enhance colonization.
著者: Robinson, C.D. / Sweeney, E.G. / Ngo, J. / Ma, E. / Perkins, A. / Smith, T.J. / Fernandez, N.L. / Waters, C.M. / Remington, S.J. / Bohannan, B.J.M. / Guillemin, K.
履歴
登録2020年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensor domain-containing diguanylate cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6643
ポリマ－31,4571
非ポリマー2072
水54030
1
A: Sensor domain-containing diguanylate cyclase
ヘテロ分子

A: Sensor domain-containing diguanylate cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,3286
ポリマ－62,9132
非ポリマー4144
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_656-x+1,y,-z+11
Buried area2800 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area21460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.188, 86.188, 75.078
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

#1: タンパク質 Sensor domain-containing diguanylate cyclase


分子量: 31456.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: zebrafish isolate Guillemin lab, ZOR0002 / 由来: (組換発現) Aeromonas caviae (バクテリア) / 遺伝子: C0708_15830, C1C92_04435 / プラスミド: pBH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A3S5WQC2
#2: 化合物 ChemComp-PRO / PROLINE / プロリン / プロリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: crystal growth conditions: 80 mM sodium acetate trihydrate pH 4.5 and 1.4 - 1.5 M sodium formate. cryoprotectant was the crystal growth conditions plus 10 mM proline and 20% glycerol. ...詳細: crystal growth conditions: 80 mM sodium acetate trihydrate pH 4.5 and 1.4 - 1.5 M sodium formate. cryoprotectant was the crystal growth conditions plus 10 mM proline and 20% glycerol. crystals were briefly (< 1min) swished through cryoprotectant before flash frozen in liquid nitrogen
Temp details: room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: collected under cryostream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 26946 / % possible obs: 99.99 % / 冗長度: 20 % / CC1/2: 0.99 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 30
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / Num. unique obs: 1304 / CC1/2: 0.208 / CC star: 0.586

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3c8c

3c8c


解像度: 1.8→30.47 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 39.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2607 1332 5 %
Rwork0.2362 25331 -
obs0.2375 26663 98.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 141.91 Å2 / Biso mean: 62.9754 Å2 / Biso min: 35.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→30.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1889 0 26 30 1945
Biso mean--55.17 54.49 -
残基数----237
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.860.54471230.49542359248294
1.86-1.940.49491300.47512432256297
1.94-2.020.34631310.33212485261699
2.02-2.130.36381320.308725222654100
2.13-2.260.38891340.301625292663100
2.26-2.440.29051340.255825392673100
2.44-2.680.32271320.26225472679100
2.68-3.070.29081350.259525582693100
3.07-3.870.24761380.222326062744100
3.87-30.470.21221430.200227542897100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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