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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7jz0 | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of SARS-CoV-2 Nsp16/10 Heterodimer in Complex with (m7GpppA2m)pUpUpApApA (Cap-1) and S-Adenosyl-L-homocysteine (SAH). | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/RNA (ウイルス性) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / nsp16 / nsp10 / complex / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / SAH / Cap-1 / VIRAL PROTEIN-RNA complex (ウイルス性) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Replication of the SARS-CoV-2 genome / 5'-3' DNA helicase activity / snRNP Assembly / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3C様プロテアーゼ / host cell endosome / 3'-5'-RNA exonuclease activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / symbiont-mediated degradation of host mRNA / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / host cell Golgi apparatus / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / ヘリカーゼ / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral protein processing / lyase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / copper ion binding / RNA依存性RNAポリメラーゼ / virus-mediated perturbation of host defense response / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / lipid binding / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | |||||||||
データ登録者 | Minasov, G. / Shuvalova, L. / Rosas-Lemus, M. / Kiryukhina, O. / Brunzelle, J.S. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020 タイトル: Structure of SARS-CoV-2 2'-O-methyltransferase heterodimer with RNA Cap analog and sulfates bound reveals new strategies for structure-based inhibitor design 著者: Rosas-Lemus, M. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Inniss, N. / Kiryukhina, O. / Brunzelle, J. / Satchell, K.J.F. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020 タイトル: Structure of SARS-CoV-2 2′- O -methyltransferase heterodimer with RNA Cap analog and sulfates bound reveals new strategies for structure-based inhibitor design 著者: Rosas-Lemus, M. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Inniss, N. / Kiryukhina, O. / Brunzelle, J. / Satchell, K.J.F. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7jz0.cif.gz | 375 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7jz0.ent.gz | 303.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7jz0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/7jz0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/7jz0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6w4hS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 33556.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) 遺伝子: rep, 1a-1b / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): (DE3)magic 参照: UniProt: P0DTD1, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの #2: タンパク質 | 分子量: 15004.114 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) 遺伝子: rep, 1a-1b / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): (DE3)magic / 参照: UniProt: P0DTD1 |
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-RNA鎖 , 1種, 2分子 EF
#3: RNA鎖 | 分子量: 2338.444 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) |
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-非ポリマー , 6種, 418分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-NA / #6: 化合物 | ChemComp-CL / #7: 化合物 | ChemComp-FMT / #8: 化合物 | ChemComp-ZN / #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.63 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: Protein: 4.7mg/ml (nsp10/nsp16 1:1), 0.15M Sodium chloride, 0.01M Tris pH 7.5 , 2mM SAM, 1mM TCEP, 5% Glycerol; Screen: Anions (E6), 0.1M Sodium acetate pH 4.6, 0.5M Sodium succinate; Soak: ...詳細: Protein: 4.7mg/ml (nsp10/nsp16 1:1), 0.15M Sodium chloride, 0.01M Tris pH 7.5 , 2mM SAM, 1mM TCEP, 5% Glycerol; Screen: Anions (E6), 0.1M Sodium acetate pH 4.6, 0.5M Sodium succinate; Soak: 17 hours, 0.2mM [M7Gppp]rArUrUrArArA, 5mM SAM, 5mM Manganese chloride, Cryo: 4M Sodium formate. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年8月7日 / 詳細: BE |
放射 | モノクロメーター: DIAMOND (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 86204 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 42.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.097 / Rsym value: 0.09 / Χ2: 1.387 / Net I/σ(I): 26.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 1.239 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 4265 / CC1/2: 0.735 / Rpim(I) all: 0.493 / Rrim(I) all: 1.335 / Rsym value: 1.239 / Χ2: 0.999 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6w4h 解像度: 2.15→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 8.181 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 171.9 Å2 / Biso mean: 55.875 Å2 / Biso min: 27.32 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.15→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.152→2.208 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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