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Yorodumi- PDB-7joy: Product structure of SARS-CoV-2 Mpro C145A mutant in complex with... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7joy | |||||||||
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Title | Product structure of SARS-CoV-2 Mpro C145A mutant in complex with its C-terminal autoprocessing sequence. | |||||||||
Components | 3C-like proteinase | |||||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / Protease / SARS-CoV-2 | |||||||||
Function / homology | Function and homology information protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / Lyases; Phosphorus-oxygen lyases / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / Lyases; Phosphorus-oxygen lyases / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Replication of the SARS-CoV-2 genome / 5'-3' DNA helicase activity / snRNP Assembly / double membrane vesicle viral factory outer membrane / Hydrolases; Acting on ester bonds; Exoribonucleases producing 5'-phosphomonoesters / SARS coronavirus main proteinase / host cell endosome / 3'-5'-RNA exonuclease activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / symbiont-mediated degradation of host mRNA / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / host cell Golgi apparatus / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / DNA helicase / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Cysteine endopeptidases / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral protein processing / lyase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / copper ion binding / RNA-directed RNA polymerase / virus-mediated perturbation of host defense response / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / lipid binding / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | |||||||||
Authors | Lee, J. / Worrall, L.J. / Paetzel, M. / Strynadka, N.C.J. | |||||||||
Funding support | Canada, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2020 Title: Crystallographic structure of wild-type SARS-CoV-2 main protease acyl-enzyme intermediate with physiological C-terminal autoprocessing site. Authors: Lee, J. / Worrall, L.J. / Vuckovic, M. / Rosell, F.I. / Gentile, F. / Ton, A.T. / Caveney, N.A. / Ban, F. / Cherkasov, A. / Paetzel, M. / Strynadka, N.C.J. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7joy.cif.gz | 252.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7joy.ent.gz | 205.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7joy.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/7joy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/7joy | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7jp1C 7khpC 6lu7S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 33793.480 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Gene: rep, 1a-1b / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: P0DTD1, SARS coronavirus main proteinase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.12 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 / Details: 0.1 M MES pH 6, 16-22% PEG 3350, 5% MPD |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 R 200K-A / Detector: PIXEL / Date: Jun 8, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→28.63 Å / Num. obs: 40349 / % possible obs: 96.3 % / Redundancy: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 24.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 3.9 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.05 Å / Redundancy: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.872 / Num. unique obs: 2904 / % possible all: 93.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6LU7 Resolution: 2→28.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU R Cruickshank DPI: 0.217 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.218 / SU Rfree Blow DPI: 0.178 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.179
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Displacement parameters | Biso max: 83.91 Å2 / Biso mean: 34.37 Å2 / Biso min: 11.02 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.31 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→28.63 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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