[日本語] English
万見
- PDB-7jiu: HUMAN PI3KDELTA IN COMPLEX WITH COMPOUND 2F -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jiu
タイトルHUMAN PI3KDELTA IN COMPLEX WITH COMPOUND 2F
要素Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / PI3KALPHA KINASE / TRANSFERASE (転移酵素) / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


response to muscle inactivity / negative regulation of actin filament depolymerization / response to L-leucine / regulation of actin filament organization / response to butyrate / autosome genomic imprinting / IRS-mediated signalling / cellular response to hydrostatic pressure / PI3K events in ERBB4 signaling / Activated NTRK2 signals through PI3K ...response to muscle inactivity / negative regulation of actin filament depolymerization / response to L-leucine / regulation of actin filament organization / response to butyrate / autosome genomic imprinting / IRS-mediated signalling / cellular response to hydrostatic pressure / PI3K events in ERBB4 signaling / Activated NTRK2 signals through PI3K / positive regulation of protein localization to membrane / Activated NTRK3 signals through PI3K / negative regulation of fibroblast apoptotic process / cardiac muscle cell contraction / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IB / vasculature development / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / regulation of cellular respiration / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / anoikis / phosphatidylinositol 3-kinase complex / Nephrin family interactions / Costimulation by the CD28 family / relaxation of cardiac muscle / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / MET activates PI3K/AKT signaling / PI3K/AKT activation / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / vascular endothelial growth factor signaling pathway / PI3キナーゼ / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / negative regulation of macroautophagy / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / Signaling by ALK / PI-3K cascade:FGFR3 / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / protein kinase activator activity / response to dexamethasone / PI-3K cascade:FGFR2 / PI-3K cascade:FGFR4 / PI-3K cascade:FGFR1 / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / phosphatidylinositol-mediated signaling / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / PI3K events in ERBB2 signaling / negative regulation of anoikis / 介在板 / RET signaling / regulation of multicellular organism growth / insulin receptor substrate binding / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / PI3K Cascade / positive regulation of TOR signaling / endothelial cell migration / RAC2 GTPase cycle / Role of phospholipids in phagocytosis / GAB1 signalosome / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / adipose tissue development / Interleukin receptor SHC signaling / positive regulation of lamellipodium assembly / 食作用 / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / energy homeostasis / Signaling by FGFR4 in disease / cardiac muscle contraction / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / Signaling by FGFR3 in disease / GPVI-mediated activation cascade / Tie2 Signaling / Signaling by FGFR2 in disease / RAC1 GTPase cycle / T cell costimulation / response to muscle stretch / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / Signaling by FGFR1 in disease / Downstream signal transduction / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / liver development / response to activity / Regulation of signaling by CBL / cellular response to glucose stimulus / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / regulation of protein phosphorylation / Constitutive Signaling by EGFRvIII / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / Signaling by ERBB2 ECD mutants / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Signaling by ERBB2 KD Mutants / Signaling by SCF-KIT / 凝固・線溶系 / VEGFA-VEGFR2 Pathway / cellular response to insulin stimulus / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer
類似検索 - 分子機能
PI3Kalpha, catalytic domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase C2 ...PI3Kalpha, catalytic domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase C2 / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / C2 domain superfamily / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VBS / Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Lesburg, C.A. / Augustin, M.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Optimization of Versatile Oxindoles as Selective PI3K delta Inhibitors.
著者: Methot, J.L. / Achab, A. / Christopher, M. / Zhou, H. / McGowan, M.A. / Trotter, B.W. / Fradera, X. / Lesburg, C.A. / Goldenblatt, P. / Hill, A. / Chen, D. / Otte, K.M. / Augustin, M. / Shah, S. / Katz, J.D.
履歴
登録2020年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,5602
ポリマ－110,0841
非ポリマー4761
水5,206289
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area40750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.457, 135.132, 142.045
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform / PtdIns-3-kinase subunit alpha / Phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic ...PtdIns-3-kinase subunit alpha / Phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic subunit alpha / p110alpha / Phosphoinositide-3-kinase catalytic alpha polypeptide / Serine/threonine protein kinase PIK3CA


分子量: 110084.195 Da / 分子数: 1 / 断片: TRUNCATED PI3-KINASE ALPHA, residues 107-1052 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P42336, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-VBS / (3S)-3-benzyl-5-[9-ethyl-8-(2-methylpyrimidin-5-yl)-9H-purin-6-yl]-3-methyl-1,3-dihydro-2H-indol-2-one


分子量: 475.544 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H25N7O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: NOT AVAILABLE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→97.91 Å / Num. obs: 64620 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 45.986 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.071 / Rsym value: 0.067 / Χ2: 0.998 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル解像度: 2.12→2.37 Å / 冗長度: 8.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.99 / Num. unique obs: 18062 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.614 / Rsym value: 0.577 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PREVIOUSLY DETERMINED STRUCTURE

解像度: 2.12→97.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 5.469 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.215 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2459 1612 2.5 %RANDOM
Rwork0.2118 ---
obs0.2127 63008 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 135.31 Å2 / Biso mean: 46.35 Å2 / Biso min: 18.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.06 Å20 Å2-0 Å2
2--0.66 Å2-0 Å2
3----1.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.12→97.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7365 0 36 293 7694
Biso mean--67.48 45.74 -
残基数----900
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0197340
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026886
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2691.9629973
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.587315753
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2025901
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.9324.401334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.56151229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.681538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21107
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0218326
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021703
LS精密化 シェル解像度: 2.121→2.176 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 107 -
Rwork0.281 4621 -
all-4728 -
obs--99.77 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る