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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7g84 | ||||||
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タイトル | ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z1102357527 | ||||||
要素 |
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キーワード | CYTOSOLIC PROTEIN (細胞質基質) / SGC - Diamond I04-1 fragment screening / PanDDA / XChemExplorer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 asymmetric neuroblast division / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / aortic valve formation / alpha-beta T cell lineage commitment / mitotic cleavage furrow formation / bone trabecula morphogenesis / positive regulation of lipase activity / endothelial tube lumen extension / skeletal muscle satellite cell migration / positive regulation of vascular associated smooth muscle contraction ...asymmetric neuroblast division / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / aortic valve formation / alpha-beta T cell lineage commitment / mitotic cleavage furrow formation / bone trabecula morphogenesis / positive regulation of lipase activity / endothelial tube lumen extension / skeletal muscle satellite cell migration / positive regulation of vascular associated smooth muscle contraction / angiotensin-mediated vasoconstriction involved in regulation of systemic arterial blood pressure / SLIT2:ROBO1 increases RHOA activity / RHO GTPases Activate Rhotekin and Rhophilins / Roundabout signaling pathway / cellular response to muramyl dipeptide / negative regulation of intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / Axonal growth inhibition (RHOA activation) / Axonal growth stimulation / regulation of neural precursor cell proliferation / cleavage furrow formation / positive regulation of neuron migration / regulation of modification of postsynaptic actin cytoskeleton / regulation of osteoblast proliferation / forebrain radial glial cell differentiation / cell junction assembly / negative regulation of microtubule depolymerization / apical junction assembly / regulation of systemic arterial blood pressure by endothelin / regulation of Rho protein signal transduction / cellular response to chemokine / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of cell size / beta selection / establishment of epithelial cell apical/basal polarity / regulation of modification of postsynaptic structure / negative regulation of necroptotic process / cellular hyperosmotic response / RHO GTPases Activate ROCKs / negative regulation of oxidative phosphorylation / negative regulation of motor neuron apoptotic process / RHO GTPases activate CIT / PCP/CE pathway / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / RHO GTPases activate KTN1 / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / positive regulation of podosome assembly / negative regulation of cell-substrate adhesion / regulation of small GTPase mediated signal transduction / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / ossification involved in bone maturation / positive regulation of alpha-beta T cell differentiation / 歯の発生 / motor neuron apoptotic process / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / PI3K/AKT activation / wound healing, spreading of cells / regulation of neuron projection development / regulation of focal adhesion assembly / apical junction complex / negative chemotaxis / RHOB GTPase cycle / myosin binding / NRAGE signals death through JNK / EPHA-mediated growth cone collapse / stress fiber assembly / RHOC GTPase cycle / positive regulation of cytokinesis / androgen receptor signaling pathway / cerebral cortex cell migration / cellular response to cytokine stimulus / ERBB2 Regulates Cell Motility / 分裂溝 / semaphorin-plexin signaling pathway / Rho protein signal transduction / ficolin-1-rich granule membrane / mitotic spindle assembly / RHOA GTPase cycle / endothelial cell migration / bicellular tight junction / positive regulation of T cell migration / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / regulation of microtubule cytoskeleton organization / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / cytoplasmic microtubule organization / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / RHO GTPases activate PKNs / skeletal muscle tissue development / regulation of cell migration / positive regulation of stress fiber assembly / GPVI-mediated activation cascade / EPHB-mediated forward signaling / substantia nigra development / positive regulation of neuron differentiation / substrate adhesion-dependent cell spreading / cell-matrix adhesion / guanyl-nucleotide exchange factor activity / 低分子量GTPアーゼ / secretory granule membrane / G protein activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 分子置換 / 解像度: 1.811 Å | ||||||
データ登録者 | Bradshaw, W.J. / Katis, V.L. / Bountra, C. / von Delft, F. / Brennan, P.E. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition 著者: Bradshaw, W.J. / Katis, V.L. / Bountra, C. / von Delft, F. / Brennan, P.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7g84.cif.gz | 198.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7g84.ent.gz | 159.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7g84.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/7g84 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/7g84 | HTTPS FTP |
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-グループ登録
ID | G_1002269 (56エントリ) |
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タイトル | ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition |
タイプ | changed state |
解説 | XDomainX of XOrganismX RHOA screened against the XXX Fragment Library by X-ray Crystallography at the XChem facility of Diamond Light Source beamline I04-1 |
-関連構造データ
関連構造データ | 8bntS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 20925.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RHOA, ARH12, ARHA, RHO12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61586, 低分子量GTPアーゼ |
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#2: タンパク質 | 分子量: 28644.150 Da / 分子数: 1 / Mutation: None / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARHGEF2, KIAA0651, LFP40 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92974 |
-非ポリマー , 4種, 420分子
#3: 化合物 | ChemComp-YX6 / | ||||
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#4: 化合物 | ChemComp-DMS / #5: 化合物 | ChemComp-FMT / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.25 % / Mosaicity: 0 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 100 mM Tris, 2.6M sodium formate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92124 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月5日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.92124 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.81→35.68 Å / Num. obs: 47328 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.9 % / Biso Wilson estimate: 25.16 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.339 / Rpim(I) all: 0.101 / Rrim(I) all: 0.354 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 564576 / Scaling rejects: 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 8BNT 解像度: 1.811→26.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU R Cruickshank DPI: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.141 / SU Rfree Blow DPI: 0.13 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.124
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原子変位パラメータ | Biso max: 78.23 Å2 / Biso mean: 27.16 Å2 / Biso min: 5.58 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.25 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.811→26.42 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.81→1.82 Å / Total num. of bins used: 51
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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