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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7f7b | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Non-specific class-C acid phosphatase from Sphingobium sp. RSMS bound to BIS-TRIS at pH 5.5 | ||||||
要素 | Acid phosphatase酸性ホスファターゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Non specific Phosphatase / Class c / HAD superfamily. | ||||||
機能・相同性 | 5-nucleotidase lipoprotein e(P4) / Acid phosphatase, class B-like / HAD superfamily, subfamily IIIB (Acid phosphatase) / HAD superfamily / cell outer membrane / HAD-like superfamily / リン酸塩 / 酸性ホスファターゼ 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Sphingobium sp. 20006FA (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 2.34 Å | ||||||
データ登録者 | Gaur, N.K. / Kumar, A. / Sunder, S. / Mukhopadhyaya, R. / Makde, R.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Non-Specific Class-c acidphosphatase from Sphingobium sp. RSMS 著者: Gaur, N.K. / Kumar, A. / Sunder, S. / Mukhopadhyaya, R. / Makde, R.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7f7b.cif.gz | 130.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7f7b.ent.gz | 87.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7f7b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/7f7b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/7f7b | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31206.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Sphingobium sp. 20006FA (バクテリア) 遺伝子: A8O16_10785 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL 21 DE3 / 参照: UniProt: A0A197BYF0 |
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#2: 化合物 | ChemComp-BTB / |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.96 % / 解説: Hexagonal Crystals |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: マイクロバッチ法 詳細: 1M Ammonium sulphate, 0.1 M Bis-tris pH 5.5, 1% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年10月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.34→48.61 Å / Num. obs: 17523 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 28.4 % / Biso Wilson estimate: 28.72 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 18.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.34→2.42 Å / Rmerge(I) obs: 1.083 / Num. unique obs: 1620 / CC1/2: 0.833 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 2.34→42.1 Å / SU ML: 0.207 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.8649 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.69 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.34→42.1 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 4.26229713283 Å / Origin y: -20.8422341845 Å / Origin z: 28.8956531614 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |