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万見
- PDB-7ep5: Crystal structure of ZER1 bound to GKLH degron -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ep5
タイトルCrystal structure of ZER1 bound to GKLH degron
要素Protein zer-1 homolog
キーワードLIGASE (リガーゼ) / E3 ligase (ユビキチンリガーゼ)
機能・相同性Cul2-RING ubiquitin ligase complex / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich repeat domain superfamily / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Protein zer-1 homolog
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Yan, X. / Li, Y.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31900865 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071193 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81874039 中国
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2021
タイトル: Molecular basis for recognition of Gly/N-degrons by CRL2 ZYG11B and CRL2 ZER1 .
著者: Yan, X. / Li, Y. / Wang, G. / Zhou, Z. / Song, G. / Feng, Q. / Zhao, Y. / Mi, W. / Ma, Z. / Dong, C.
履歴
登録2021年4月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein zer-1 homolog
B: Protein zer-1 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5542
ポリマ－58,5542
非ポリマー00
水3,459192
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3010 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area22240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.400, 150.670, 56.380
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-895-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Protein zer-1 homolog / Hzyg / Zyg-11 homolog B-like protein / Zyg11b-like protein


分子量: 29276.916 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZER1, C9orf60, ZYG, ZYG11BL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7Z7L7
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.13 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.22 M Ammonium formate and 18% (wt/vol) Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979191 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2020年12月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979191 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→52.8 Å / Num. obs: 39427 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 30.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 2.02→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.735 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2746

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDS0.7.4データ削減
XDS0.7.4データスケーリング
PHENIX1.19.2_4158位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7EP0

7ep0


解像度: 2.02→52.8 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2325 2000 -
Rwork0.1854 --
obs-39346 99.26 %
原子変位パラメータBiso mean: 32.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→52.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4006 0 0 192 4198
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00744096
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83095531
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0466601
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053706
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.67931547
LS精密化 シェル解像度: 2.02→2.092 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 189 -
Rwork0.2593 --
obs-3720 94.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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