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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ejo | ||||||
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タイトル | Structure of ERH-2 bound to TOST-1 | ||||||
要素 |
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キーワード | PEPTIDE BINDING PROTEIN / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 21U-RNA metabolic process / positive regulation of chromosome segregation / RNA cap binding complex / piRNA processing / embryo development ending in birth or egg hatching / positive regulation of cell division / chromosome segregation / 細胞周期 / 細胞分裂 / perinuclear region of cytoplasm ...21U-RNA metabolic process / positive regulation of chromosome segregation / RNA cap binding complex / piRNA processing / embryo development ending in birth or egg hatching / positive regulation of cell division / chromosome segregation / 細胞周期 / 細胞分裂 / perinuclear region of cytoplasm / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Caenorhabditis elegans (センチュウ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.191 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, X. / Xu, C. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Molecular basis for PICS-mediated piRNA biogenesis and cell division. 著者: Wang, X. / Zeng, C. / Liao, S. / Zhu, Z. / Zhang, J. / Tu, X. / Yao, X. / Feng, X. / Guang, S. / Xu, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ejo.cif.gz | 98.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ejo.ent.gz | 73.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ejo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/7ejo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/7ejo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16008.853 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: erh-2, F35G12.11, tost-1, C35D10.13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q20057, UniProt: Q18490 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 12010.642 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: erh-2, F35G12.11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q20057 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.82 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Bis-tris pH 6.2, tascimate pH 6.0 20% |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9791 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2020年10月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.19→50 Å / Num. obs: 22224 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.4 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 34 |
反射 シェル | 解像度: 2.19→2.28 Å / Num. unique obs: 1744 / CC1/2: 0.924 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1WZ7 解像度: 2.191→25.941 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.88 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 89.3 Å2 / Biso mean: 36.2696 Å2 / Biso min: 12.87 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.191→25.941 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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