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- PDB-2drp: THE CRYSTAL STRUCTURE OF A TWO ZINC-FINGER PEPTIDE REVEALS AN EXT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2drp
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF A TWO ZINC-FINGER PEPTIDE REVEALS AN EXTENSION TO THE RULES FOR ZINC-FINGER/DNA RECOGNITION
要素
  • DNA (5'-D(*CP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*GP*TP*C P*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*GP*GP*AP*CP*GP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*AP*T P*TP*A)-3')
  • PROTEIN (TRAMTRACK DNA-BINDING DOMAIN)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX (デオキシリボ核酸) / DOUBLE HELIX / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


dorsal trunk growth, open tracheal system / regulation of compound eye cone cell fate specification / R1/R6 development / compound eye corneal lens morphogenesis / branch fusion, open tracheal system / regulation of tube size, open tracheal system / chitin-based cuticle development / compound eye cone cell differentiation / R7 cell development / branching involved in open tracheal system development ...dorsal trunk growth, open tracheal system / regulation of compound eye cone cell fate specification / R1/R6 development / compound eye corneal lens morphogenesis / branch fusion, open tracheal system / regulation of tube size, open tracheal system / chitin-based cuticle development / compound eye cone cell differentiation / R7 cell development / branching involved in open tracheal system development / tracheal outgrowth, open tracheal system / myoblast fate specification / regulation of embryonic cell shape / follicle cell of egg chamber development / dorsal appendage formation / positive regulation of border follicle cell migration / 多糸染色体 / peripheral nervous system development / positive regulation of DNA binding / transcription repressor complex / promoter-specific chromatin binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of cell shape / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / metal ion binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Classic Zinc Finger / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / Double Stranded RNA Binding Domain / BTB/POZ domain / ジンクフィンガー / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily ...Classic Zinc Finger / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / Double Stranded RNA Binding Domain / BTB/POZ domain / ジンクフィンガー / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Protein tramtrack, beta isoform
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Fairall, L. / Schwabe, J.W.R. / Chapman, L. / Finch, J.T. / Rhodes, D.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1993
タイトル: The crystal structure of a two zinc-finger peptide reveals an extension to the rules for zinc-finger/DNA recognition.
著者: Fairall, L. / Schwabe, J.W. / Chapman, L. / Finch, J.T. / Rhodes, D.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Sequence-Specific Binding by a Two Zinc-Finger Peptide from the Drosophila Melanogaster Tramtrack Protein
著者: Fairall, L. / Harrison, S.D. / Travers, A.A. / Rhodes, D.
#2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1990
タイトル: The Tramtrack Gene Encodes a Drosophila Finger Protein that Interacts with the ftz Transcriptional Regulatory Region and Shows a Novel Embryonic Expression Pattern
著者: Harrison, S.D. / Travers, A.A.
#3: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1988
タイトル: Identification of the Binding Sites for Potential Regulatory Proteins in the Upstream Enhancer Element of the Drosophila Fushi Tarazu Gene
著者: Harrison, S.D. / Travers, A.A.
履歴
登録1994年6月6日登録サイト: BNL / 処理サイト: BNL
改定 1.01994年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*CP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*GP*TP*C P*CP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*GP*AP*CP*GP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*AP*T P*TP*A)-3')
E: DNA (5'-D(*CP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*GP*TP*C P*CP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*GP*AP*CP*GP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*AP*T P*TP*A)-3')
A: PROTEIN (TRAMTRACK DNA-BINDING DOMAIN)
D: PROTEIN (TRAMTRACK DNA-BINDING DOMAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,59810
ポリマ－39,3366
非ポリマー2624
水1,02757
1
B: DNA (5'-D(*CP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*GP*TP*C P*CP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*GP*AP*CP*GP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*AP*T P*TP*A)-3')
A: PROTEIN (TRAMTRACK DNA-BINDING DOMAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7995
ポリマ－19,6683
非ポリマー1312
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: DNA (5'-D(*CP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*GP*TP*C P*CP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*GP*AP*CP*GP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*AP*T P*TP*A)-3')
D: PROTEIN (TRAMTRACK DNA-BINDING DOMAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7995
ポリマ－19,6683
非ポリマー1312
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.700, 64.600, 117.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*GP*TP*C P*CP*G)-3')


分子量: 5837.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*GP*GP*AP*CP*GP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*AP*T P*TP*A)-3')


分子量: 5785.757 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 PROTEIN (TRAMTRACK DNA-BINDING DOMAIN)


分子量: 8044.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17789
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE EXPRESSED CONSTRUCT IS NUMBERED 104 - 166 CORRESPONDING TO AMINO ACIDS 499 - 561 IN THE INTACT ...THE EXPRESSED CONSTRUCT IS NUMBERED 104 - 166 CORRESPONDING TO AMINO ACIDS 499 - 561 IN THE INTACT PROTEIN. RESIDUES 101 - 103 ARE FROM THE EXPRESSION VECTOR. THE DNA DUPLEX IS NUMBERED 1 - 19 AND 21 - 39.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.14 %
結晶化手法: small tubes / pH: 6 / 詳細: pH 6.00, SMALL TUBES / Temp details: ROOM TEMPERATURE
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER水11
2MPD11
3MES11
4NACL塩化ナトリウム11
5SPERMINEスペルミン11
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 6 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mMMES1reservoir
25-20 mM1reservoirNaCl
31.75-3.5 mMspermine1reservoir
41
51

-
データ収集

回折Ambient temp details: ROOM TEMPERATURE
放射光源由来: 回転陽極
検出器タイプ: SIEMENS-NICOLET / 検出器: AREA DETECTOR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Num. all: 43552 / % possible obs: 99.2 %
反射
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / Num. obs: 11994 / % possible obs: 99.2 % / Rmerge(I) obs: 0.056

-
解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.8→6 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.193 --
obs0.193 11994 99.2 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1067 1542 4 57 2670
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.76
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 6 Å / Rfactor obs: 0.193
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 2.76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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