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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7eh9 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the flagellar hook cap fragment from Salmonella enterica serovar Typhimurium | |||||||||
![]() | Basal-body rod modification protein FlgD | |||||||||
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機能・相同性 | FlgD Tudor-like domain / FlgD Tudor-like domain / Flagellar hook capping protein / Flagellar hook capping protein - N-terminal region / FlgD Ig-like domain / FlgD Ig-like domain / bacterial-type flagellum organization / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / Basal-body rod modification protein FlgD![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Matsunami, H. / Yoon, Y.-H. / Imada, K. / Namba, K. / Samatey, F.A. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the bacterial flagellar hook cap provides insights into a hook assembly mechanism 著者: Matsunami, H. / Yoon, Y.H. / Imada, K. / Namba, K. / Samatey, F.A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 141.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 92 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18708.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: flgD, fla FIV, flaV, STM1176 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.06 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG 3350, ammonium citrate dibasic |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.2→35.7 Å / Num. obs: 18336 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 14.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.272 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / Num. unique obs: 2615 / % possible all: 99.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 58.95 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→33.57 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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