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Yorodumi- PDB-6he6: Crystal structure of Extracellular Domain 1 (ECD1) of FtsX from S... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6he6 | ||||||
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Title | Crystal structure of Extracellular Domain 1 (ECD1) of FtsX from S. pneumonie in complex with dodecane-trimethylamine | ||||||
Components | Cell division protein FtsX | ||||||
Keywords | CELL CYCLE / cell division / MEMBRANE PROTEIN | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Streptococcus pneumoniae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Martinez-Caballero, S. / Alcorlo-Pages, M. / Hermoso, J.A. | ||||||
Citation | Journal: Mbio / Year: 2019 Title: Structure of the Large Extracellular Loop of FtsX and Its Interaction with the Essential Peptidoglycan Hydrolase PcsB in Streptococcus pneumoniae. Authors: Rued, B.E. / Alcorlo, M. / Edmonds, K.A. / Martinez-Caballero, S. / Straume, D. / Fu, Y. / Bruce, K.E. / Wu, H. / Havarstein, L.S. / Hermoso, J.A. / Winkler, M.E. / Giedroc, D.P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6he6.cif.gz | 110.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6he6.ent.gz | 86 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6he6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/6he6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/6he6 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6heeC 6hfxC 6mk7C 4n8nS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13325.637 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus pneumoniae (bacteria) / Gene: ERS044004_00806 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A0I6INF5, UniProt: Q04LE4*PLUS #2: Chemical | ChemComp-CAT / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.64 Å3/Da / Density % sol: 53.48 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: ammonium sulfate, sodium and potassium tartrate and sodium citrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALBA / Beamline: XALOC / Wavelength: 0.97934 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Sep 13, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97934 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→47.05 Å / Num. obs: 19939 / % possible obs: 96.69 % / Redundancy: 24.4 % / Rpim(I) all: 0.006 / Net I/σ(I): 23.12 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.05 Å / Rpim(I) all: 0.444 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4N8N Resolution: 2→47.05 Å / SU ML: 0.33 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 35.86
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→47.05 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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