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万見
- PDB-7eb1: Solution NMR structure of the RRM domain of RNA binding protein R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eb1
タイトルSolution NMR structure of the RRM domain of RNA binding protein RBM3 from homo sapiens
要素RNA-binding protein 3
キーワードRNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / RNA Recognition Motif (RRM) / RNA Binding Motif 3 (RBM3)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / ribosomal large subunit binding / 転写後修飾 / positive regulation of translation / spliceosomal complex / regulation of translation / 樹状突起 / RNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
RBM3/CIRBP, RNA recognition motif / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-binding protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Boral, S. / Roy, S. / Basak, A.J. / Maiti, S. / Lee, W. / De, S.
資金援助 インド, 2件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR34319/MED/29/1488/2019 インド
Department of Science & Technology (DST, India)SR/WOS-A/LS-659/2016 インド
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2022
タイトル: Structural and dynamic studies of the human RNA binding protein RBM3 reveals the molecular basis of its oligomerization and RNA recognition.
著者: Roy, S. / Boral, S. / Maiti, S. / Kushwaha, T. / Basak, A.J. / Lee, W. / Basak, A. / Gholap, S.L. / Inampudi, K.K. / De, S.
履歴
登録2021年3月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-binding protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2861
ポリマ－9,2861
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 RNA-binding protein 3 / RNA-binding motif protein 3 / RNPL


分子量: 9286.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBM3, RNPL / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P98179

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic12D 1H-15N HSQC
123isotropic12D 1H-15N HSQC
143isotropic12D 1H-13C HSQC
154isotropic12D 1H-13C HSQC
163isotropic13D CBCA(CO)NH
173isotropic13D HN(CA)CB
183isotropic13D HNCO
193isotropic13D HN(CA)CO
1103isotropic13D C(CO)NH
1113isotropic13D HBHA(CO)NH
1123isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1132isotropic13D 1H-15N TOCSY
1143isotropic13D 1H-13C NOESY
1152isotropic13D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution21.0 mM [U-100% 15N] RNA Binding Motif 3 (RBM3) protein, 93% H2O/7% D2O15N_sample93% H2O/7% D2O
solution30.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RNA Binding Motif 3 (RBM3) protein, 93% H2O/7% D2O13C_sample93% H2O/7% D2O
solution40.7 mM [U-10% 13C; U-100% 15N] RNA Binding Motif 3 (RBM3) protein, 93% H2O/7% D2O10%_13C_sample93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMRNA Binding Motif 3 (RBM3) protein[U-100% 15N]2
0.6 mMRNA Binding Motif 3 (RBM3) protein[U-100% 13C; U-100% 15N]3
0.7 mMRNA Binding Motif 3 (RBM3) protein[U-10% 13C; U-100% 15N]4
試料状態詳細: 10 mM Phosphate buffer, 200 mM NaCl / イオン強度: 1 Not defined / Label: conditions_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardデータ解析
NMRFAM-SPARKYWoonghee Leepeak picking
NMRFAM-SPARKYWoonghee Leechemical shift assignment
PONDEROSA-C/SWoonghee Leestructure calculation
PONDEROSALee, W., Stark, J.L., and Markley, J.L.精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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