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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dvg | ||||||
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タイトル | Crystal structure of rice immune receptor RGA5-HMA5 mutant. | ||||||
![]() | Disease resistance protein RGA5![]() | ||||||
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機能・相同性 | ![]() plant-type hypersensitive response / innate immune response-activating signaling pathway / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, X. / Liu, J.F. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of rice immune receptor RGA5-HMA5. 著者: Zhang, X. / Liu, J.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 81.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 51.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5zneS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 7906.425 Da / 分子数: 2 / 変異: G1009D, M1016V, S1027V, V1039E / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: RGA5 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.96 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS. |
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結晶化![]() | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium nitrate, 20 % (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.8→33.1 Å / Num. obs: 13666 / % possible obs: 99.52 % / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 81.05 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 13.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.84 / Num. unique obs: 736 / CC1/2: 0.86 |
-位相決定
位相決定![]() | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 5ZNE 解像度: 2.8→33.04 Å / SU ML: 0.2973 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.39 / 位相誤差: 30.1598 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 91.55 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→33.04 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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