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- PDB-6tqs: The crystal structure of the MSP domain of human MOSPD2 in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tqs
タイトルThe crystal structure of the MSP domain of human MOSPD2 in complex with the conventional FFAT motif of ORP1.
要素
  • Motile sperm domain-containing protein 2
  • Oxysterol-binding protein-related protein 1
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / Membrane contact sites / FFAT motif / MSP domain / Endoplasmic reticulum (小胞体)
機能・相同性
機能・相同性情報


endoplasmic reticulum-endosome membrane contact site / FFAT motif binding / lipid droplet formation / organelle membrane contact site / : / perinuclear endoplasmic reticulum / bile acid biosynthetic process / RHOD GTPase cycle / positive regulation of neutrophil chemotaxis / positive regulation of monocyte chemotaxis ...endoplasmic reticulum-endosome membrane contact site / FFAT motif binding / lipid droplet formation / organelle membrane contact site / : / perinuclear endoplasmic reticulum / bile acid biosynthetic process / RHOD GTPase cycle / positive regulation of neutrophil chemotaxis / positive regulation of monocyte chemotaxis / cholesterol binding / Synthesis of bile acids and bile salts / 細胞内膜系 / specific granule membrane / vesicle-mediated transport / MHC class II antigen presentation / cholesterol metabolic process / phospholipid binding / protein homooligomerization / 走化性 / late endosome / エンドソーム / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / 小胞体 / extracellular exosome / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Major sperm protein (MSP) domain / MSP (Major sperm protein) domain / Major sperm protein (MSP) domain profile. / Oxysterol-binding protein / Oxysterol-binding protein, conserved site / Oxysterol-binding protein superfamily / Oxysterol-binding protein / Oxysterol-binding protein family signature. / CRAL/TRIO, N-terminal domain superfamily / CRAL/TRIO domain ...Major sperm protein (MSP) domain / MSP (Major sperm protein) domain / Major sperm protein (MSP) domain profile. / Oxysterol-binding protein / Oxysterol-binding protein, conserved site / Oxysterol-binding protein superfamily / Oxysterol-binding protein / Oxysterol-binding protein family signature. / CRAL/TRIO, N-terminal domain superfamily / CRAL/TRIO domain / PapD-like superfamily / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. / Domain in homologues of a S. cerevisiae phosphatidylinositol transfer protein (Sec14p) / CRAL-TRIO lipid binding domain / CRAL-TRIO lipid binding domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / PH-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / トリフルオロ酢酸 / Motile sperm domain-containing protein 2 / Oxysterol-binding protein-related protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者McEwen, A.G. / Poussin-Courmontagne, P. / Di Mattia, T. / Wendling, C. / Cavarelli, J. / Tomasetto, C. / Alpy, F.
資金援助 フランス, 4件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-19-CE44-0003 フランス
French National Research AgencyANR-10-INSB-05-01 フランス
French National Research AgencyANR-10-LABX-0030-INRT フランス
French National Research AgencyANR-10-IDEX-0002-02. フランス
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2020
タイトル: FFAT motif phosphorylation controls formation and lipid transfer function of inter-organelle contacts.
著者: Di Mattia, T. / Martinet, A. / Ikhlef, S. / McEwen, A.G. / Nomine, Y. / Wendling, C. / Poussin-Courmontagne, P. / Voilquin, L. / Eberling, P. / Ruffenach, F. / Cavarelli, J. / Slee, J. / ...著者: Di Mattia, T. / Martinet, A. / Ikhlef, S. / McEwen, A.G. / Nomine, Y. / Wendling, C. / Poussin-Courmontagne, P. / Voilquin, L. / Eberling, P. / Ruffenach, F. / Cavarelli, J. / Slee, J. / Levine, T.P. / Drin, G. / Tomasetto, C. / Alpy, F.
履歴
登録2019年12月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Motile sperm domain-containing protein 2
B: Motile sperm domain-containing protein 2
C: Motile sperm domain-containing protein 2
D: Motile sperm domain-containing protein 2
E: Motile sperm domain-containing protein 2
F: Motile sperm domain-containing protein 2
G: Oxysterol-binding protein-related protein 1
H: Oxysterol-binding protein-related protein 1
I: Oxysterol-binding protein-related protein 1
J: Oxysterol-binding protein-related protein 1
K: Oxysterol-binding protein-related protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,23330
ポリマ－157,22911
非ポリマー2,00519
水4,864270
1
A: Motile sperm domain-containing protein 2
G: Oxysterol-binding protein-related protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1148
ポリマ－26,5922
非ポリマー5226
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1310 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area8240 Å2
手法PISA
2
B: Motile sperm domain-containing protein 2
H: Oxysterol-binding protein-related protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7984
ポリマ－26,5922
非ポリマー2062
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1070 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area8310 Å2
手法PISA
3
C: Motile sperm domain-containing protein 2
I: Oxysterol-binding protein-related protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0006
ポリマ－26,5922
非ポリマー4084
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1290 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area8290 Å2
手法PISA
4
D: Motile sperm domain-containing protein 2
J: Oxysterol-binding protein-related protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7063
ポリマ－26,5922
非ポリマー1141
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1160 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area8010 Å2
手法PISA
5
E: Motile sperm domain-containing protein 2
K: Oxysterol-binding protein-related protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8985
ポリマ－26,5922
非ポリマー3063
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1170 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area7960 Å2
手法PISA
6
F: Motile sperm domain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7174
ポリマ－24,2691
非ポリマー4483
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area910 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area8100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.874, 126.874, 184.449
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11F-629-

HOH

21F-646-

HOH

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 11分子 ABCDEFGHIJK

#1: タンパク質
Motile sperm domain-containing protein 2


分子量: 24268.594 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MSP domain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MOSPD2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NHP6
#2: タンパク質・ペプチド
Oxysterol-binding protein-related protein 1 / OSBP-related protein 1


分子量: 2323.427 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: FFAT motif / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BXW6

-
非ポリマー , 7種, 289分子

#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-TFA / trifluoroacetic acid / トリフルオロ酢酸 / トリフルオロ酢酸


分子量: 114.023 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2HF3O2
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M sodium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月25日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→109.88 Å / Num. obs: 42297 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 36.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.244 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.248 / Net I/σ(I): 11.3 / Num. measured all: 1549132 / Scaling rejects: 6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.25-2.3227.75.31410585838150.5071.0235.4130.799.9
9-109.8832.40.0712599680310.0130.07234.4100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.3 Å47.2 Å
Translation2.3 Å47.2 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PHENIXdev-3644精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WIC

1wic


解像度: 2.25→70.64 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 28.81
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 2057 4.88 %
Rwork0.2169 --
obs0.219 42193 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 170.97 Å2 / Biso mean: 63.0693 Å2 / Biso min: 28.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→70.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6299 0 121 270 6690
Biso mean--72.56 54.44 -
残基数----821
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.25-2.30.41581310.322526222753100
2.3-2.360.33381500.302526272777100
2.36-2.420.32581300.28526002730100
2.42-2.50.32951250.265326612786100
2.5-2.580.33361280.269726152743100
2.58-2.670.31171510.263526312782100
2.67-2.770.33231320.263726582790100
2.77-2.90.33171390.276426512790100
2.9-3.050.33791180.264226692787100
3.05-3.240.28131440.233726612805100
3.25-3.50.2441430.212626672810100
3.5-3.850.23661260.195627062832100
3.85-4.40.191560.166827012857100
4.4-5.550.21881430.159627462889100
5.55-70.640.26361410.22992921306299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.29050.03110.34730.69210.40881.20210.011-0.03520.00120.0830.0095-0.0657-0.0847-0.0587-00.39270.03340.02560.3723-0.00190.334255.0672-24.309515.7628
20.6616-0.58090.18530.9922-0.29312.10860.8220.43531.6599-0.19580.1778-0.4685-0.5872-0.88611.93240.55370.33970.49150.21320.27661.27927.7948-13.703416.6672
30.67510.33760.33170.68360.35671.25760.0424-0.1057-0.0382-0.02920.10040.03940.0687-0.033500.3518-0.02320.00380.4086-0.00660.327546.7916-39.061343.8806
41.44410.2077-0.08690.8907-0.33141.16450.28091.03240.99620.03270.18940.4497-0.027-0.1950.37720.33550.09980.09390.5270.22880.513731.7442-17.8369-0.641
50.5824-0.1483-0.55011.0904-0.16960.69120.054-0.19090.17610.3197-0.05820.122-0.1315-0.0066-00.50790.01840.04530.39070.00510.3358-1.7237-37.976431.2861
61.77220.4880.34790.67030.11310.13140.0194-0.1773-0.113-0.1917-0.07240.09230.0087-0.0431-00.3946-0.0549-0.00650.4636-0.00760.308829.9239-56.238327.9458
70.0082-0.0028-0.01670.0047-0.0090.02490.0295-0.18340.06720.13240.08210.20060.161-0.0585-0.00021.34580.17480.24761.25480.19611.463363.9481-31.387512.1275
80.12720.12540.04990.12420.04560.01730.0049-0.01820.00460.12950.1377-0.1728-0.09-0.04740.03761.45450.18750.78920.6509-0.1082.0645.3878-3.238221.6055
90.0484-0.0663-0.02290.08130.03130.01420.38240.1207-0.1064-0.3432-0.1741-0.15570.01160.202-0.00130.6374-0.2427-0.06430.8968-0.09010.573457.5829-34.984139.96
100.0106-0.01260.02310.02190.01410.03020.29760.04220.46850.0020.1430.0990.09830.18750.00070.89330.2701-0.08871.32390.37460.950932.9921-12.177-10.2686
110.01660.002-0.0102-0.00190.00080.005-0.1897-0.2083-0.2260.3005-0.16050.0185-0.1464-0.21970.00041.41430.0165-0.04080.7775-0.03480.71312.5426-40.131241.4387
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' )A0
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' )B0
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' )C0
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' )D0
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' )E0
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' )F0
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'G' )G0
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'H' )H0
9X-RAY DIFFRACTION9(chain 'I' )I0
10X-RAY DIFFRACTION10(chain 'J' )J0
11X-RAY DIFFRACTION11(chain 'K' )K0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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