+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7dqk | ||||||
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Title | A nicotine MATE transporter, Nicotiana tabacum MATE2 (NtMATE2) | ||||||
Components | Protein DETOXIFICATION | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / multidrug efflux transporter | ||||||
Function / homology | Function and homology information antiporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Nicotiana tabacum (common tobacco) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.5 Å | ||||||
Authors | Tanaka, Y. / Tsukazaki, T. / Sasaki, A. / Iwaki, S. | ||||||
Funding support | Japan, 1items
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Citation | Journal: Febs Lett. / Year: 2021 Title: Crystal structures of a nicotine MATE transporter provide insight into its mechanism of substrate transport. Authors: Tanaka, Y. / Iwaki, S. / Sasaki, A. / Tsukazaki, T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7dqk.cif.gz | 449.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7dqk.ent.gz | 311.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7dqk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/7dqk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/7dqk | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5yckS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 55579.020 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Nicotiana tabacum (common tobacco) / Gene: NtMATE2, LOC107807968 / Plasmid: pPic9K / Production host: Komagataella pastoris (fungus) / Strain (production host): SMD1163 / References: UniProt: A3KDM5 |
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-Non-polymers , 5 types, 20 molecules
#2: Chemical | ChemComp-PEG / | ||||
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#3: Chemical | ChemComp-OLC / ( | ||||
#4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-CL / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.8 Å3/Da / Density % sol: 56.04 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: lipidic cubic phase / pH: 7.5 Details: monoolein (NU-CHEK-PREP), PEG 300 (Sigma-Aldrich), NH4H2PO4, HEPES-Na, 2.5 mM nicotine |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: Y |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL32XU / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Jul 16, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.5→50 Å / Num. obs: 16478 / % possible obs: 99.67 % / Redundancy: 34.4 % / Biso Wilson estimate: 96.72 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 7.66 |
Reflection shell | Resolution: 3.5→3.625 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.18 / Num. unique obs: 1625 / CC1/2: 0.621 |
Serial crystallography sample delivery | Method: fixed target |
Serial crystallography data reduction | Crystal hits: 94 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5YCK Resolution: 3.5→48.2 Å / SU ML: 0.5671 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 32.2171 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 92.85 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.5→48.2 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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