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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dkz | |||||||||
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タイトル | Structure of plant photosystem I-light harvesting complex I supercomplex | |||||||||
要素 |
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キーワード | PHOTOSYNTHESIS (光合成) / PSI-LHCI high plants | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting / photosystem I reaction center / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / 光化学系I / 光化学系II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / 光合成 ...chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting / photosystem I reaction center / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / 光化学系I / 光化学系II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / 光合成 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Pisum sativum (エンドウ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.393 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang, J. / Yu, L.J. / Wang, W. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Integr Plant Biol / 年: 2021 タイトル: Structure of plant photosystem I-light harvesting complex I supercomplex at 2.4 angstrom resolution. 著者: Wang, J. / Yu, L.J. / Wang, W. / Yan, Q. / Kuang, T. / Qin, X. / Shen, J.R. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7dkz.cif.gz | 1.8 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7dkz.ent.gz | 1.5 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7dkz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/7dkz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/7dkz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4xk8S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 10種, 10分子 12CDEFGHLK
#1: タンパク質 | 分子量: 21477.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 組織: leaf / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ) |
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#2: タンパク質 | 分子量: 28912.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 遺伝子: lhaB / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q41038 |
#7: タンパク質 | 分子量: 8991.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 遺伝子: psaC, frxA / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P10793, 光化学系I |
#8: タンパク質 | 分子量: 16041.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ) |
#9: タンパク質 | 分子量: 7479.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: E1C9K6 |
#10: タンパク質 | 分子量: 17238.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: A0A0M3KL12 |
#11: タンパク質 | 分子量: 10678.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ) |
#12: タンパク質 | 分子量: 9491.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ) |
#15: タンパク質 | 分子量: 16564.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ) |
#16: タンパク質 | 分子量: 7988.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: E1C9L3 |
-Chlorophyll a-b binding protein ... , 2種, 2分子 34
#3: タンパク質 | 分子量: 29634.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 遺伝子: lhca3 / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q32904 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 21994.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 遺伝子: lhcA-P4 / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q9SQL2 |
-Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 AB
#5: タンパク質 | 分子量: 84279.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 遺伝子: psaA / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: A0A0F6NFW5, 光化学系I |
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#6: タンパク質 | 分子量: 82512.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 遺伝子: psaB / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: A0A0F6NGI2, 光化学系I |
-Photosystem I reaction center subunit ... , 2種, 2分子 IJ
#13: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4474.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 遺伝子: psaI / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P17227 |
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#14: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4767.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 遺伝子: psaJ / 発現宿主: Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: D5MAL3 |
-糖 , 3種, 12分子
#23: 糖 | #25: 糖 | ChemComp-HTG / #26: 糖 | |
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-非ポリマー , 10種, 296分子
#17: 化合物 | ChemComp-CLA / #18: 化合物 | ChemComp-CHL / #19: 化合物 | ChemComp-LUT / ( #20: 化合物 | ChemComp-XAT / ( #21: 化合物 | ChemComp-BCR / #22: 化合物 | ChemComp-LHG / #24: 化合物 | ChemComp-LMG / #27: 化合物 | #28: 化合物 | #29: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.59 % |
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結晶化 | 温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: sodium chlotide, magnesium chloride, PEG 400 / PH範囲: 8.0-9.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.39→44.41 Å / Num. obs: 230250 / % possible obs: 98.84 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 65.37 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 17.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.39→2.48 Å / 冗長度: 6.2 % / Num. unique obs: 21565 / CC1/2: 0.708 / % possible all: 92.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4XK8 解像度: 2.393→44.405 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.23 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 307.68 Å2 / Biso mean: 101.2191 Å2 / Biso min: 30 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.393→44.405 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 33.6643 Å / Origin y: 66.1507 Å / Origin z: 28.6623 Å
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精密化 TLSグループ |
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