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- PDB-5l8r: The structure of plant photosystem I super-complex at 2.6 angstro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l8r
タイトルThe structure of plant photosystem I super-complex at 2.6 angstrom resolution.
要素
  • (Chlorophyll a-b binding protein ...Light-harvesting complexes of green plants) x 2
  • (Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...光化学系I) x 2
  • (Photosystem I reaction center subunit ...光化学系I) x 5
  • (Putative uncharacterized ...) x 2
  • Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
  • Lhca1
  • Photosystem I iron-sulfur center光化学系I
  • PsaD
  • PsaG
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / photosynthesis (光合成) / membrane complex (生体膜) / chlorophyll (クロロフィル) / light harvesting
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthetic NADP+ reduction / photosystem I stabilization / chloroplast photosystem I / chloroplast membrane / chloroplast thylakoid / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting / chloroplast envelope / photosystem I reaction center / 光化学系I ...photosynthetic NADP+ reduction / photosystem I stabilization / chloroplast photosystem I / chloroplast membrane / chloroplast thylakoid / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting / chloroplast envelope / photosystem I reaction center / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / チラコイド / 光化学系I / 光化学系II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / 光合成 / 葉緑体 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / protein stabilization / magnesium ion binding / metal ion binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Xi; Chain: L; / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre, subunit PsaF / Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1 / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Ii; Chain: D; / Photosystem I PsaD, reaction center subunit II / Single helix bin / 4Fe-4S dicluster domain / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI ...Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Xi; Chain: L; / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre, subunit PsaF / Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1 / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Ii; Chain: D; / Photosystem I PsaD, reaction center subunit II / Single helix bin / 4Fe-4S dicluster domain / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit V / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / SH3 type barrels. - #50 / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / PsaD / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Alpha-Beta Plaits - #20 / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Β-カロテン / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A ISOMER / クロロフィルa / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / フィロキノン / 鉄・硫黄クラスター ...Β-カロテン / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A ISOMER / クロロフィルa / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / フィロキノン / 鉄・硫黄クラスター / Chem-XAT / Chem-ZEX / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit VI / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / PSI subunit V / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / PSI-K / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit VIII / Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein P4, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Pisum sativum (エンドウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Mazor, Y. / Borovikova, A. / Caspy, I. / Nelson, N.
資金援助 イスラエル, 3件
組織認可番号国
European Research Council293579 イスラエル
ISF71/14 イスラエル
I-CORE1775/12 イスラエル
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2017
タイトル: Structure of the plant photosystem I supercomplex at 2.6 angstrom resolution.
著者: Mazor, Y. / Borovikova, A. / Caspy, I. / Nelson, N.
履歴
登録2016年6月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Structure summary / カテゴリ: entity
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.pdbx_description
改定 1.22017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.32019年4月24日Group: Advisory / Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: database_PDB_caveat / pdbx_audit_support ...database_PDB_caveat / pdbx_audit_support / pdbx_seq_map_depositor_info / pdbx_validate_chiral
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Lhca1
2: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
3: Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic
4: Chlorophyll a-b binding protein P4, chloroplastic
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: PsaD
E: Putative uncharacterized protein
F: Photosystem I reaction center subunit III
G: PsaG
H: Photosystem I reaction center subunit VI
I: Photosystem I reaction center subunit VIII
J: Photosystem I reaction center subunit IX
K: Photosystem I reaction center subunit X psaK
L: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)564,878258
ポリマ－372,37116
非ポリマー192,507242
水3,765209
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)189.611, 200.994, 212.943
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 5種, 5分子 12CDG

#1: タンパク質 Lhca1


分子量: 21335.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: E1C9L2*PLUS
#2: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 28912.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q41038
#7: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 光化学系I / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8991.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P10793, 光化学系I
#8: タンパク質 PsaD


分子量: 16041.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: E1C9K8*PLUS
#11: タンパク質 PsaG


分子量: 10678.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q9S7N7*PLUS

-
Chlorophyll a-b binding protein ... , 2種, 2分子 34

#3: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic / LHCII type III CAB-3


分子量: 29634.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q32904
#4: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein P4, chloroplastic / LHCI type III CAB-P4


分子量: 21994.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q9SQL2

-
Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 AB

#5: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / 光化学系I / PSI-A / PsaA


分子量: 84265.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P05310, 光化学系I
#6: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / 光化学系I / PSI-B / PsaB


分子量: 82512.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: A0A0F6NGI2, 光化学系I

-
Putative uncharacterized ... , 2種, 2分子 EL

#9: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 7479.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: E1C9K6
#16: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 16564.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: E1C9L1

-
Photosystem I reaction center subunit ... , 5種, 5分子 FHIJK

#10: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit III / 光化学系I


分子量: 17238.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: A0A0M3KL12
#12: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit VI / 光化学系I


分子量: 9491.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: A0A0M3KL10
#13: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII / 光化学系I / PSI-I


分子量: 4474.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P17227
#14: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX / 光化学系I / PSI-J


分子量: 4767.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: D5MAL3
#15: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit X psaK / 光化学系I


分子量: 7988.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: E1C9L3

-
糖 , 2種, 15分子

#24: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#26: 糖
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide炭水化物 / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15

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非ポリマー , 13種, 436分子

#17: 化合物
ChemComp-LUT / (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / (3R,3'R)-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL, LUTEIN / ルテイン


分子量: 568.871 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2
#18: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン / Β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#19: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A / クロロフィルa


分子量: 893.489 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#20: 化合物
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B / Chlorophyll b


分子量: 907.472 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6
#21: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / Phosphatidylglycerol


分子量: 722.970 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#22: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#23: 化合物 ChemComp-XAT / (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / VIOLAXANTHIN / 13-cis-ビオラキサンチン / ビオラキサンチン


分子量: 600.870 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#25: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#27: 化合物 ChemComp-CL0 / CHLOROPHYLL A ISOMER / クロロフィルa


分子量: 893.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#28: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#29: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#30: 化合物 ChemComp-ZEX / (1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol


分子量: 568.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2
#31: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.75
詳細: 30mM Tris-Hcl pH8.75, 50mM KH2PO4, 0.03% Octyl Glucose Neopentyl Glycol, 14% PEG400, 2mM glutathione

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月1日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 248807 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 84.6 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 83.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→39.906 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.27 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2323 4916 1.98 %
Rwork0.2105 --
obs0.2109 247956 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→39.906 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25275 0 12099 209 37583
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00639485
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.84655777
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.31421909
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1164963
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0167070
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.62950.46011740.41468004X-RAY DIFFRACTION100
2.6295-2.66050.43381600.38918060X-RAY DIFFRACTION100
2.6605-2.69290.40651710.37198029X-RAY DIFFRACTION100
2.6929-2.7270.37311720.34957992X-RAY DIFFRACTION100
2.727-2.76290.37141280.33268128X-RAY DIFFRACTION100
2.7629-2.80070.30491580.32088025X-RAY DIFFRACTION100
2.8007-2.84070.33221810.30538040X-RAY DIFFRACTION100
2.8407-2.88310.30661700.29138054X-RAY DIFFRACTION100
2.8831-2.92810.29731500.28498028X-RAY DIFFRACTION100
2.9281-2.97610.30191790.27098072X-RAY DIFFRACTION100
2.9761-3.02740.28931720.26478027X-RAY DIFFRACTION100
3.0274-3.08250.28911410.26228073X-RAY DIFFRACTION99
3.0825-3.14170.27571700.24858070X-RAY DIFFRACTION100
3.1417-3.20580.29541790.24438039X-RAY DIFFRACTION100
3.2058-3.27550.30761440.23218082X-RAY DIFFRACTION100
3.2755-3.35170.25421740.22538064X-RAY DIFFRACTION100
3.3517-3.43540.26361380.22268061X-RAY DIFFRACTION99
3.4354-3.52830.28211640.2198059X-RAY DIFFRACTION99
3.5283-3.6320.27231460.21888028X-RAY DIFFRACTION99
3.632-3.74920.22681740.19258062X-RAY DIFFRACTION99
3.7492-3.88310.19531530.17988109X-RAY DIFFRACTION100
3.8831-4.03840.17831680.17558104X-RAY DIFFRACTION100
4.0384-4.2220.21391440.17238125X-RAY DIFFRACTION100
4.222-4.44430.20871570.16458168X-RAY DIFFRACTION100
4.4443-4.72230.18581500.16638103X-RAY DIFFRACTION99
4.7223-5.08630.18771740.16368160X-RAY DIFFRACTION100
5.0863-5.59690.19951750.17438214X-RAY DIFFRACTION100
5.5969-6.40390.22351830.18518211X-RAY DIFFRACTION100
6.4039-8.05730.19871860.18618280X-RAY DIFFRACTION100
8.0573-39.9110.19441810.21698569X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.038 Å / Origin y: 7.6729 Å / Origin z: 64.5628 Å
111213212223313233
T0.5119 Å20.0885 Å2-0.1498 Å2-0.5604 Å20.0489 Å2--0.5651 Å2
L0.6916 °2-0.026 °2-0.019 °2-1.2618 °2-0.0499 °2--0.7382 °2
S-0.0523 Å °-0.0784 Å °0.0985 Å °-0.0292 Å °0.0776 Å °0.2026 Å °-0.0384 Å °-0.0046 Å °0.0059 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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