[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-7dkn: Crystal structure of Sulfurisphaera tokodaii O6-methylguanine met... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7dkn | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of Sulfurisphaera tokodaii O6-methylguanine methyltransferase | ||||||
![]() | Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase activity / DNA alkylation repair / ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kikuchi, M. / Yamauchi, T. / Iizuka, Y. / Tsunoda, M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Roles of the hydroxy group of tyrosine in crystal structures of Sulfurisphaera tokodaii O6-methylguanine-DNA methyltransferase. Authors: Kikuchi, M. / Yamauchi, T. / Iizuka, Y. / Tsunoda, M. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 50.5 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 32.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7csmC ![]() 7d4vC ![]() 7dqqC ![]() 7dqrC ![]() 7dqtC ![]() 7e1pC ![]() 1wrjS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 17976.953 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Strain: DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7 / Gene: ogt, STK_09670 / Production host: ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q973C7, methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: Chemical | ![]() #3: Water | ChemComp-HOH / | ![]() Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.17 Å3/Da / Density % sol: 43.35 % |
---|---|
Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 4M / Detector: PIXEL / Date: Jun 16, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.79→40.052 Å / Num. obs: 15203 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 5.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 20.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 1wrj Resolution: 1.79→40.052 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 2.514 / SU ML: 0.08 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.123 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 17.74 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.79→40.052 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
|