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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dcr | ||||||
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タイトル | cryo-EM structure of the DEAH-box helicase Prp2 in complex with its coactivator Spp2 | ||||||
要素 |
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キーワード | SPLICING / spliceosome (スプライセオソーム) / RNA splicing / Bact complex / DEAH-box ATPase/helicase / Prp2 / Spp2 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 snoRNA splicing / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / ATP-dependent activity, acting on RNA / U2-type catalytic step 1 spliceosome / ATPase activator activity / catalytic step 2 spliceosome / helicase activity / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / nucleic acid binding ...snoRNA splicing / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / ATP-dependent activity, acting on RNA / U2-type catalytic step 1 spliceosome / ATPase activator activity / catalytic step 2 spliceosome / helicase activity / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / nucleic acid binding / RNA helicase activity / ヘリカーゼ / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å | ||||||
データ登録者 | Bai, R. / Wan, R. / Yan, C. / Jia, Q. / Zhang, P. / Lei, J. / Shi, Y. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2021 タイトル: Mechanism of spliceosome remodeling by the ATPase/helicase Prp2 and its coactivator Spp2. 著者: Rui Bai / Ruixue Wan / Chuangye Yan / Qi Jia / Jianlin Lei / Yigong Shi / 要旨: Spliceosome remodeling, executed by conserved adenosine triphosphatase (ATPase)/helicases including Prp2, enables precursor messenger RNA (pre-mRNA) splicing. However, the structural basis for the ...Spliceosome remodeling, executed by conserved adenosine triphosphatase (ATPase)/helicases including Prp2, enables precursor messenger RNA (pre-mRNA) splicing. However, the structural basis for the function of the ATPase/helicases remains poorly understood. Here, we report atomic structures of Prp2 in isolation, Prp2 complexed with its coactivator Spp2, and Prp2-loaded activated spliceosome and the results of structure-guided biochemical analysis. Prp2 weakly associates with the spliceosome and cannot function without Spp2, which stably associates with Prp2 and anchors on the spliceosome, thus tethering Prp2 to the activated spliceosome and allowing Prp2 to function. Pre-mRNA is loaded into a featured channel between the N and C halves of Prp2, where Leu from the N half and Arg from the C half prevent backward sliding of pre-mRNA toward its 5'-end. Adenosine 5'-triphosphate binding and hydrolysis trigger interdomain movement in Prp2, which drives unidirectional stepwise translocation of pre-mRNA toward its 3'-end. These conserved mechanisms explain the coupling of spliceosome remodeling to pre-mRNA splicing. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7dcr.cif.gz | 142.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7dcr.ent.gz | 105.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7dcr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/7dcr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/7dcr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 99947.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: PRP2, GI526_G0005089, PACBIOSEQ_LOCUS5743 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6A5Q5S8, UniProt: P20095*PLUS |
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#2: タンパク質 | 分子量: 20685.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SPP2, GI526_G0005483 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6A5Q6Y7, UniProt: Q02521*PLUS |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Complex of ATPase/helicase Prp2 and its coactivator Spp2 タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 119 kDa/nm / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.9 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
3次元再構成 | 解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 130302 / 対称性のタイプ: POINT |