+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7d7p | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of the phosphodiesterase domain of Salpingoeca rosetta rhodopsin phosphodiesterase | ||||||
要素 | Phosphodiesteraseホスホジエステラーゼ | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / microbial rhodopsin / eight-transmembrane / light-dependent phosphodiesterase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / シグナル伝達 / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Salpingoeca rosetta (真核生物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Ikuta, T. / Shihoya, W. / Yamashita, K. / Nureki, O. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Structural insights into the mechanism of rhodopsin phosphodiesterase. 著者: Ikuta, T. / Shihoya, W. / Sugiura, M. / Yoshida, K. / Watari, M. / Tokano, T. / Yamashita, K. / Katayama, K. / Tsunoda, S.P. / Uchihashi, T. / Kandori, H. / Nureki, O. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7d7p.cif.gz | 88.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7d7p.ent.gz | 62.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7d7p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/7d7p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/7d7p | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 7cj3C 7d7qC 5vydS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: 10.5281/zenodo.4080668 / データの種類: diffraction image data |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 42018.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salpingoeca rosetta (strain ATCC 50818 / BSB-021) (真核生物) 遺伝子: PTSG_02023 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: F2TZN0, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 |
---|
-非ポリマー , 6種, 183分子
#2: 化合物 | ChemComp-2PE / | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#3: 化合物 | ChemComp-PEG / | ||||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-ZN / | #6: 化合物 | ChemComp-MG / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.89 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 29% (v/v) PEG 400, 50mM calcium acetate, pH 5.0, 200mM NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→47.53 Å / Num. obs: 22066 / % possible obs: 90.7 % / 冗長度: 11.6 % / CC1/2: 0.992 / Rrim(I) all: 0.162 / Net I/σ(I): 11.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / Num. unique obs: 1965 / CC1/2: 0.66 / Rrim(I) all: 0.798 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5VYD 解像度: 2.1→47.516 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.94 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→47.516 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|