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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7d3a | ||||||
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タイトル | flavone reductase | ||||||
要素 | Cd1 | ||||||
キーワード | FLAVOPROTEIN (フラボタンパク質) / flavone reductase / FMN / apigenin (アピゲニン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Flavonifractor plautii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.552 Å | ||||||
データ登録者 | Hong, S. / Yang, G.H. / Zhang, P. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Discovery of an ene-reductase for initiating flavone and flavonol catabolism in gut bacteria. 著者: Yang, G. / Hong, S. / Yang, P. / Sun, Y. / Wang, Y. / Zhang, P. / Jiang, W. / Gu, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7d3a.cif.gz | 125.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7d3a.ent.gz | 102.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7d3a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/7d3a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/7d3a | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34433.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF file contains Friedel pairs. 由来: (組換発現) Flavonifractor plautii (バクテリア) 遺伝子: A4U99_05915, ERS852544_00852, GXM20_05520 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A174NXS8, UniProt: G9YLX2*PLUS |
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#2: 化合物 | ChemComp-FMN / |
#3: 化合物 | ChemComp-AGI / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.93 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M magnesium formate dihydrate and 15 w/v polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97849 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97849 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→30 Å / Num. obs: 22019 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 23.1 % / CC1/2: 0.887 / Net I/σ(I): 28.67 |
反射 シェル | 解像度: 2.59→2.64 Å / Num. unique obs: 12318 / CC1/2: 0.887 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.552→28.618 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.39 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 110.48 Å2 / Biso mean: 38.3258 Å2 / Biso min: 10.68 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.552→28.618 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 31.3098 Å / Origin y: -18.0378 Å / Origin z: -1.7779 Å
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精密化 TLSグループ |
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