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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7d39 | ||||||
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タイトル | FLR-apo | ||||||
![]() | Cd1 | ||||||
![]() | ![]() | ||||||
機能・相同性 | NADPH-dependent FMN reductase-like / NADPH-dependent FMN reductase / Flavoprotein-like superfamily / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hong, S. / Yang, G.H. / Zhang, P. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Discovery of an ene-reductase for initiating flavone and flavonol catabolism in gut bacteria. 著者: Yang, G. / Hong, S. / Yang, P. / Sun, Y. / Wang, Y. / Zhang, P. / Jiang, W. / Gu, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 128.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 104 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34433.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: A4U99_05915, ERS852544_00852, GXM20_05520 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-FMN / ![]() |
#3: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.14 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M magnesium formate dihydrate and 15 w/v polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.198→30 Å / Num. obs: 21222 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 22 % / CC1/2: 0.788 / Net I/σ(I): 34.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.198→2.28 Å / Num. unique obs: 21222 / CC1/2: 0.788 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 97.13 Å2 / Biso mean: 33.2002 Å2 / Biso min: 16.23 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.198→24.284 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -32.6595 Å / Origin y: -17.6333 Å / Origin z: -0.9014 Å
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精密化 TLSグループ |
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