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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7d1v | ||||||
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タイトル | Hsp90 alpha N-terminal domain in complex with a 6C compund | ||||||
![]() | Heat shock protein HSP 90-alpha![]() | ||||||
![]() | CHAPERONE/INHIBITOR / CHAPERONE-Inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() Drug-mediated inhibition of ERBB2 signaling / ESR-mediated signaling / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / HSF1-dependent transactivation / Signaling by ERBB2 / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / eNOS activation / HSF1 activation / RHOBTB2 GTPase cycle / Sema3A PAK dependent Axon repulsion ...Drug-mediated inhibition of ERBB2 signaling / ESR-mediated signaling / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / HSF1-dependent transactivation / Signaling by ERBB2 / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / eNOS activation / HSF1 activation / RHOBTB2 GTPase cycle / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / Downregulation of ERBB2 signaling / Attenuation phase / Regulation of necroptotic cell death / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / VEGFR2 mediated vascular permeability / positive regulation of cytotoxic T cell differentiation / Extra-nuclear estrogen signaling / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shin, S.C. / Kim, E.E. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural Basis for Design of New Purine-Based Inhibitors Targeting the Hydrophobic Binding Pocket of Hsp90. 著者: Shin, S.C. / El-Damasy, A.K. / Lee, J.H. / Seo, S.H. / Kim, J.H. / Seo, Y.H. / Lee, Y. / Yu, J.H. / Bang, E.K. / Kim, E.E. / Keum, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 68.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 46.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 24109.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.47 % |
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結晶化![]() | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.0M ammonium Sulfate, 0.1M Tris-HCl (pH8.5) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月11日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.33→50 Å / Num. obs: 68098 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Χ2: 1.6 / Net I/σ(I): 15.9 / Num. measured all: 734331 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 5H22 解像度: 1.332→29.959 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 17.17 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 50.03 Å2 / Biso mean: 17.972 Å2 / Biso min: 7.65 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.332→29.959 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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