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万見
- PDB-7cyk: Crystal structure of a second cysteine-pair mutant (V110C-I197C) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cyk
タイトルCrystal structure of a second cysteine-pair mutant (V110C-I197C) of a bacterial bile acid transporter before disulfide bond formation
要素Transporter, sodium/bile acid symporter family運搬体タンパク質
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Bile acid transporter / ASBT / NTCP / SLC10
機能・相同性Bile acid:sodium symporter/arsenical resistance protein Acr3 / Bile acid:sodium symporter / Sodium Bile acid symporter family / Sodium/solute symporter superfamily / 生体膜 / : / Transporter, sodium/bile acid symporter family
機能・相同性情報
生物種Yersinia frederiksenii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.785 Å
データ登録者Wang, X. / Lyu, Y. / Ji, Y. / Sun, Z. / Zhou, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770783 中国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: An engineered disulfide bridge traps and validates an outward-facing conformation in a bile acid transporter.
著者: Wang, X. / Lyu, Y. / Ji, Y. / Sun, Z. / Zhou, X.
履歴
登録2020年9月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transporter, sodium/bile acid symporter family
B: Transporter, sodium/bile acid symporter family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,6388
ポリマ－65,4342
非ポリマー1,2046
水73941
1
A: Transporter, sodium/bile acid symporter family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3194
ポリマ－32,7171
非ポリマー6023
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area150 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area13670 Å2
手法PISA
2
B: Transporter, sodium/bile acid symporter family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3194
ポリマ－32,7171
非ポリマー6023
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area150 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area13110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)190.421, 46.652, 70.781
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.010, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 7 through 256 or resid 258 through 302 or resid 403))
21(chain B and (resid 7 through 256 or resid 258 through 302 or resid 403))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGGLYGLY(chain A and (resid 7 through 256 or resid 258 through 302 or resid 403))AA7 - 2567 - 256
12GLNGLNVALVAL(chain A and (resid 7 through 256 or resid 258 through 302 or resid 403))AA258 - 302258 - 302
13HGHGHGHG(chain A and (resid 7 through 256 or resid 258 through 302 or resid 403))AE403
21ARGARGGLYGLY(chain B and (resid 7 through 256 or resid 258 through 302 or resid 403))BB7 - 2567 - 256
22GLNGLNVALVAL(chain B and (resid 7 through 256 or resid 258 through 302 or resid 403))BB258 - 302258 - 302
23HGHGHGHG(chain B and (resid 7 through 256 or resid 258 through 302 or resid 403))BH403

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要素

#1: タンパク質 Transporter, sodium/bile acid symporter family / 運搬体タンパク質


分子量: 32717.088 Da / 分子数: 2 / 変異: V110C, I197C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia frederiksenii (バクテリア)
遺伝子: NCTC11470_02445 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A380PV03
#2: 化合物
ChemComp-HG / MERCURY (II) ION / 水銀


分子量: 200.590 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.84 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 4.5
詳細: 0.1 M NaCl, 0.1M Na+-citrate pH 4.5, 32% PEG 500 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.785→45.264 Å / Num. obs: 15615 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 53.39 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.133 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.785-2.8334.810.6597800.70790.3340.741100
7.55-45.2644.510.0528310.99670.0260.05899.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.3データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4N7W

4n7w


解像度: 2.785→45.264 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2672 772 4.95 %
Rwork0.226 14830 -
obs0.228 15602 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 178.26 Å2 / Biso mean: 48.2043 Å2 / Biso min: 24.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.785→45.264 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4456 0 10 41 4507
Biso mean--106.44 40.22 -
残基数----597
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2680X-RAY DIFFRACTION3.488TORSIONAL
12B2680X-RAY DIFFRACTION3.488TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.7854-2.95990.32431210.25292451100
2.9599-3.18840.30631270.24692432100
3.1884-3.50920.29141150.23992476100
3.5092-4.01670.2881420.22512443100
4.0167-5.05950.24711290.21942482100
5.0595-45.2640.23431380.2126254699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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