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- PDB-7cv9: RNA methyltransferase METTL4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cv9
タイトルRNA methyltransferase METTL4
要素Methyltransferase-like protein 2
キーワードNUCLEAR PROTEIN / RNA methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleic acid metabolic process / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / RNA methyltransferase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / メチル化 / nucleic acid binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
MT-A70-like / MT-A70 / MT-A70-like family profile. / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-アデノシル-L-ホモシステイン / Methyltransferase-like protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.455 Å
データ登録者Luo, Q. / Ma, J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural insights into molecular mechanism for N6-adenosine methylation by MT-A70 family methyltransferase METTL4
著者: Luo, Q. / Mo, J. / Chen, H. / Hu, Z. / Wang, B. / Wu, J. / Liang, Z. / Xie, W. / Du, K. / Peng, M. / Li, Y. / Li, T. / Zhang, Y. / Shi, X. / Shen, W.H. / Shi, Y. / Dong, A. / Wang, H. / Ma, J.
履歴
登録2020年8月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Methyltransferase-like protein 2
A: Methyltransferase-like protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,9557
ポリマ－95,9102
非ポリマー1,0455
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3680 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area31680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.603, 93.545, 96.612
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.780, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 or (resid 3 and (name...
21(chain C and (resid 2 through 39 or (resid 40...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAALAALA(chain A and (resid 2 or (resid 3 and (name...AB22
12LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 2 or (resid 3 and (name...AB33
13ALAALAVALVAL(chain A and (resid 2 or (resid 3 and (name...AB2 - 4142 - 414
14ALAALAVALVAL(chain A and (resid 2 or (resid 3 and (name...AB2 - 4142 - 414
15ALAALAVALVAL(chain A and (resid 2 or (resid 3 and (name...AB2 - 4142 - 414
16ALAALAVALVAL(chain A and (resid 2 or (resid 3 and (name...AB2 - 4142 - 414
17ALAALAVALVAL(chain A and (resid 2 or (resid 3 and (name...AB2 - 4142 - 414
21ALAALAPHEPHE(chain C and (resid 2 through 39 or (resid 40...CA2 - 392 - 39
22LYSLYSLYSLYS(chain C and (resid 2 through 39 or (resid 40...CA4040
23ALAALAVALVAL(chain C and (resid 2 through 39 or (resid 40...CA2 - 4142 - 414
24ALAALAVALVAL(chain C and (resid 2 through 39 or (resid 40...CA2 - 4142 - 414
25ALAALAVALVAL(chain C and (resid 2 through 39 or (resid 40...CA2 - 4142 - 414
26ALAALAVALVAL(chain C and (resid 2 through 39 or (resid 40...CA2 - 4142 - 414

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要素

#1: タンパク質 Methyltransferase-like protein 2


分子量: 47955.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At1g19340, F18O14.6 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8LFA9, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.55 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1600 mM Magnesium sulfate 100 mM MES/ Sodium hydroxide pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97776 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97776 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→30.03 Å / Num. obs: 39010 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 41.51 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.114 / Χ2: 1.241 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.45-2.5440.39235360.8390.1980.4420.8288.6
2.54-2.644.20.36137910.8850.1790.4050.85895.8
2.64-2.764.50.30838610.9280.1520.3440.87196.8
2.76-2.94.80.25939150.950.1250.2890.93598.5
2.9-3.095.40.21839000.9760.0990.240.99398.9
3.09-3.325.70.15839770.9860.070.1731.05299
3.32-3.665.60.12339470.990.0550.1351.14999.4
3.66-4.196.20.0940090.9950.0380.0981.36399.6
4.19-5.276.40.06939990.9960.0290.0741.20299.7
5.27-306.50.07440750.9910.0310.082.42499.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.455→30 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 29.54 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2541 1992 5.11 %
Rwork0.2111 36980 -
obs0.2133 38972 97.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 125.75 Å2 / Biso mean: 55.6137 Å2 / Biso min: 24.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.455→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5639 0 96 22 5757
Biso mean--42.36 43.15 -
残基数----707
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055905
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9748031
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054871
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061017
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.2473448
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2930X-RAY DIFFRACTION11.694TORSIONAL
12C2930X-RAY DIFFRACTION11.694TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4554-2.51680.38051110.3245224583
2.5168-2.58480.37071500.3164251993
2.5848-2.66080.30361470.2998261597
2.6608-2.74660.30181400.2738263097
2.7466-2.84470.31891570.2699258797
2.8447-2.95850.32871690.2654264399
2.9585-3.0930.30911230.2479270199
3.093-3.25590.26331450.2263268699
3.2559-3.45970.27241440.2275270399
3.4597-3.72630.24771420.2059271299
3.7263-4.10050.22991510.18262673100
4.1005-4.69190.20041380.15992735100
4.6919-5.90390.18791410.16882740100
5.9039-300.23181340.1882791100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -15.5653 Å / Origin y: 31.0272 Å / Origin z: 16.857 Å
111213212223313233
T0.2782 Å2-0.0193 Å20.0656 Å2-0.2791 Å20.0342 Å2--0.2947 Å2
L0.4631 °2-0.0365 °20.4248 °2-1.8735 °20.591 °2--2.0923 °2
S0.0242 Å °-0.019 Å °0.0028 Å °0.1158 Å °-0.0494 Å °0.1079 Å °-0.0924 Å °0.036 Å °0.0242 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allC2 - 414
2X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 414
3X-RAY DIFFRACTION1allS501
4X-RAY DIFFRACTION1allH502
5X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 25
6X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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