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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7cv8 | ||||||
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タイトル | RNA methyltransferase METTL4 | ||||||
要素 | Methyltransferase-like protein 2 | ||||||
キーワード | NUCLEAR PROTEIN / RNA methyltransferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleic acid metabolic process / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / メチル化 / nucleic acid binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.37 Å | ||||||
データ登録者 | Luo, Q. / Ma, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structural insights into molecular mechanism for N6-adenosine methylation by MT-A70 family methyltransferase METTL4 著者: Luo, Q. / Mo, J. / Chen, H. / Hu, Z. / Wang, B. / Wu, J. / Liang, Z. / Xie, W. / Du, K. / Peng, M. / Li, Y. / Li, T. / Zhang, Y. / Shi, X. / Shen, W.H. / Shi, Y. / Dong, A. / Wang, H. / Ma, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7cv8.cif.gz | 152.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7cv8.ent.gz | 121.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7cv8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/7cv8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/7cv8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47955.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: At1g19340, F18O14.6 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q8LFA9, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-SFG / | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.23 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1M Lithium chloride 0.1M HEPES pH 7.0 10% PEG6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97776 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月11日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97776 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.35→46.96 Å / Num. obs: 17743 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.188 / Χ2: 1.95 / Net I/σ(I): 4.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.37→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 10.389 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 127.86 Å2 / Biso mean: 45.712 Å2 / Biso min: 21.42 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.37→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.37→2.428 Å / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 9.0771 Å / Origin y: -13.8904 Å / Origin z: -25.0065 Å
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