PDB-7clg: Crystal structure of the ATP-dependent restriction endonuclease SauUSI

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7clg

タイトル

Crystal structure of the ATP-dependent restriction endonuclease SauUSI

要素

Putative helicase

ヘリカーゼ

キーワード

DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) /

Restriction endonuclease (制限酵素) /

ATPase (ATPアーゼ) /

helicase (ヘリカーゼ) / SRA

機能・相同性

機能・相同性情報

helicase activity /

DNA binding /

ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Saikrishnan, K. / Tumuluri, V.S.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Mechanism of DNA cleavage by the endonuclease SauUSI: a major barrier to horizontal gene transfer and antibiotic resistance in Staphylococcus aureus.
著者: Tumuluri, V.S. / Rajgor, V. / Xu, S.Y. / Chouhan, O.P. / Saikrishnan, K.

履歴

登録	2020年7月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年8月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7clg.cif.gz	649.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7clg.ent.gz	553 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7clg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/7clg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/7clg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1sb3-d 3qqw-d 7jtn-d 3gw9-d 5a2g-d 2oz1-d 9253 4v0j-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative helicase

B: Putative helicase

ヘテロ分子

222 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.583, 175.679, 89.379
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 115.680, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Putative helicase / ヘリカーゼ / ATP-dependent restriction endonuclease / SauUSI 分子量: 110977.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌) 株: USA300 / 遺伝子: SAUSA300_2431 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2XK17
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.81 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M sodium citrate, 11% to 14% PEG 4000' 0.25 M to 0.4 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97954 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97954 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→87.8 Å / Num. obs: 85717 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 13.1
反射シェル	解像度: 3.1→3.22 Å / R_merge(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4572

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.1→56.79 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 35.81 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: the entry contains Friedel pairs in F_Plus/Minus columns

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2967	3967	4.63 %
R_work	0.2447	81762	-
obs	0.2472	85717	99.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 305.66 Å² / B_iso mean: 129.5509 Å² / B_iso min: 39.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.1→56.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12275	0	20	33	12328
B_iso mean	-	-	109.39	95.56	-
残基数	-	-	-	-	1644

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	12501
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.752	16976
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	1979
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2181
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.08	7390

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
3.1004-3.1383	0.4521	157	0.328	2897	100
3.1383-3.178	0.3577	138	0.3246	2928	100
3.178-3.2198	0.3489	181	0.3211	2923	100
3.2198-3.2639	0.4234	146	0.3163	2905	100
3.2639-3.3105	0.3111	119	0.299	2956	100
3.3105-3.3599	0.3984	110	0.3035	2939	100
3.3599-3.4124	0.4339	157	0.2933	2910	100
3.4124-3.4684	0.3842	155	0.3055	2927	99
3.4684-3.5282	0.3028	139	0.2887	2879	100
3.5282-3.5923	0.3615	142	0.2788	2985	100
3.5923-3.6614	0.3286	149	0.2664	2851	99
3.6614-3.7361	0.3255	129	0.2793	2994	99
3.7361-3.8173	0.3177	106	0.2575	2896	100
3.8173-3.9061	0.3065	142	0.2777	2981	99
3.9061-4.0038	0.3478	120	0.2692	2845	100
4.0038-4.112	0.3041	132	0.2577	3030	100
4.112-4.233	0.3094	118	0.2336	2904	100
4.233-4.3695	0.277	165	0.2234	2879	100
4.3695-4.5256	0.2779	137	0.2159	2951	100
4.5256-4.7068	0.2083	104	0.2017	2979	100
4.7068-4.9209	0.2352	146	0.1972	2922	100
4.9209-5.1801	0.2456	154	0.2127	2910	100
5.1801-5.5044	0.2685	153	0.228	2899	100
5.5044-5.929	0.2584	110	0.2484	2974	100
5.929-6.5249	0.252	160	0.2595	2898	100
6.5249-7.4673	0.3241	146	0.2667	2898	100
7.4673-9.401	0.3137	195	0.2125	2866	99
9.401-56.79	0.2814	157	0.2287	2836	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4199	1.9493	-1.4172	6.8096	-2.0267	4.8742	-0.1096	-0.1236	-0.274	-0.4284	0.0756	-0.5474	-0.0454	0.1894	0.0677	0.4565	0.0127	-0.1013	0.4923	-0.0479	0.4838	-11.7071	-74.6769	54.0495
2	2.1572	2.1058	0.7802	1.3148	0.9485	2.406	0.1887	-0.666	0.0486	0.1355	-0.1228	0.5047	-0.3875	-1.4516	0.0598	1.0801	0.1793	0.0409	1.3179	0.0095	1.4472	-55.4549	-88.721	51.9189
3	1.3258	0.5034	0.2438	3.1678	-0.4437	7.2894	-0.1	-0.0341	-0.3559	-0.3395	0.0773	0.1237	0.5481	-0.047	0.0568	0.6942	0.0345	0.1142	0.5098	0.0358	0.8016	-33.6295	-97.5682	47.9969
4	2.1321	0.6224	0.8847	1.7249	2.0875	2.568	-0.5955	-0.7387	-0.065	-0.012	-0.0622	1.634	-0.2976	-0.6811	0.7493	2.4982	-0.6216	-0.4323	0.8032	-0.3428	0.8777	-38.8003	-93.0871	11.1196
5	1.0348	-0.6563	1.025	0.5005	-0.3649	7.1279	-0.8112	0.319	1.4083	-0.2202	1.0196	0.9014	-1.2353	-1.5684	0.0247	1.834	-0.651	-0.3815	1.3357	0.4228	1.1351	-40.3392	-81.2526	7.8596
6	4.9706	-0.9744	1.2117	0.8523	-0.345	3.8368	-0.2215	0.5942	0.1502	-1.1918	0.3842	-0.2139	0.2278	0.6131	-0.3715	1.9689	-0.3747	0.4154	0.8584	-0.128	0.9749	-12.0158	-79.2728	19.7306
7	1.2563	-0.1108	-1.6735	1.6064	0.5957	3.9943	0.3165	-0.2731	0.2434	-0.0767	-0.0348	0.0384	-0.655	0.2867	-0.2571	0.5496	-0.0956	-0.0336	0.5168	-0.0426	0.5567	-21.8317	-47.1539	73.7967
8	4.0591	-0.2648	-1.6285	2.4542	-0.7171	1.9958	0.5851	-0.8512	0.7471	0.0128	-0.102	-0.4987	-0.9354	0.7377	-0.3083	0.9016	-0.3623	0.1805	0.9484	-0.3205	0.9354	-12.6201	-33.6416	80.0356
9	2.0958	0.7293	3.1905	3.2346	3.9616	8.4169	-0.2396	-0.7277	-0.2426	0.6367	-0.1583	-0.7127	1.3274	1.005	-0.0928	0.8719	-0.6514	-0.0197	2.0564	-0.1713	1.4216	17.3998	-43.307	81.741
10	2.7221	-0.2763	0.7476	5.5013	-1.297	5.1881	0.3911	0.376	0.1038	-1.0744	-0.21	-0.9696	-0.4307	0.753	-0.2301	0.8391	-0.3768	0.303	1.1607	-0.1944	1.0859	14.8314	-43.8612	55.2855

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 176 )	A	2 - 176
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 177 through 382 )	A	177 - 382
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 383 through 655 )	A	383 - 655
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 656 through 707 )	A	656 - 707
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 708 through 796 )	A	708 - 796
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 797 through 953 )	A	797 - 953
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 2 through 486 )	B	2 - 486
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 487 through 680 )	B	487 - 680
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 681 through 844 )	B	681 - 844
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 845 through 953 )	B	845 - 953

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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