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- PDB-7ckv: Crystal structure of Cyanobacteriochrome GAF domain in Pr state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ckv
タイトルCrystal structure of Cyanobacteriochrome GAF domain in Pr state
要素RcaE
キーワードSIGNALING PROTEIN / Cyanobacteriochrome
機能・相同性
機能・相同性情報


: / phosphorelay sensor kinase activity
類似検索 - 分子機能
PAS fold-4 / PAS fold / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / PAS-associated, C-terminal / PAS domain / PAC domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / PAC motif ...PAS fold-4 / PAS fold / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / PAS-associated, C-terminal / PAS domain / PAC domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / PAS domain / PAS repeat profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
フィコシアノビリン / RcaE
類似検索 - 構成要素
生物種Microchaete diplosiphon (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Nagae, T. / Koizumi, T. / Hirose, Y. / Mishima, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Structural basis of the protochromic green/red photocycle of the chromatic acclimation sensor RcaE.
著者: Nagae, T. / Unno, M. / Koizumi, T. / Miyanoiri, Y. / Fujisawa, T. / Masui, K. / Kamo, T. / Wada, K. / Eki, T. / Ito, Y. / Hirose, Y. / Mishima, M.
履歴
登録2020年7月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RcaE
B: RcaE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9845
ポリマ－40,7822
非ポリマー1,2023
水6,233346
1
A: RcaE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9802
ポリマ－20,3911
非ポリマー5891
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1190 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area7900 Å2
手法PISA
2
B: RcaE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0043
ポリマ－20,3911
非ポリマー6132
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1230 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area7800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.730, 101.334, 41.810
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.788, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 RcaE / Cyanobacteriochrome


分子量: 20391.125 Da / 分子数: 2 / 断片: GAF domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Microchaete diplosiphon (バクテリア)
遺伝子: rcaE / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47897
#2: 化合物 ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN / フィコシアノビリン


分子量: 588.694 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 27% PEG 4000, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: AichiSR / ビームライン: BL2S1 / 波長: 1.12 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2020年1月29日
放射モノクロメーター: Ge(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→41.79 Å / Num. obs: 36876 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 15 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.054 / Χ2: 0.57 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 1.63→1.66 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.483 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1810 / CC1/2: 0.837 / Rpim(I) all: 0.285 / Rrim(I) all: 0.562 / Χ2: 0.57 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3vv4

3vv4


解像度: 1.63→38.663 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 1.973 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.093 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1991 1753 4.758 %Random selection
Rwork0.1583 35093 --
all0.16 ---
obs-36846 99.525 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 20.225 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.14 Å2-0 Å2-0.669 Å2
2---0.822 Å2-0 Å2
3----0.275 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→38.663 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2273 0 87 346 2706
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0132471
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172324
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7181.6343386
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4681.5685394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6295295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.05222.868136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.17315417
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_3_deg7.966152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4511510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2322
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022765
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02465
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.2459
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1870.22205
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.170.21127
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0850.21094
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1820.2217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.3240.222
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.180.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.170.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8931.9041149
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8851.91148
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7672.8411435
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.7712.8451436
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8912.2071322
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8922.2081321
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4443.2051943
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.4433.2041944
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.57824.2992749
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.4623.4532658
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.63-1.6720.2271240.2462589X-RAY DIFFRACTION99.8895
1.672-1.7180.2321380.2192504X-RAY DIFFRACTION99.9622
1.718-1.7680.2671170.2032481X-RAY DIFFRACTION99.8847
1.768-1.8220.2181090.1832406X-RAY DIFFRACTION99.9603
1.822-1.8820.2191250.1692334X-RAY DIFFRACTION99.9594
1.882-1.9480.194980.1642222X-RAY DIFFRACTION99.8279
1.948-2.0210.2421210.1632147X-RAY DIFFRACTION99.9559
2.021-2.1040.1981090.1562122X-RAY DIFFRACTION99.9552
2.104-2.1970.222910.1591988X-RAY DIFFRACTION99.7122
2.197-2.3040.221780.1511915X-RAY DIFFRACTION99.6999
2.304-2.4280.178900.1441821X-RAY DIFFRACTION99.5831
2.428-2.5750.212840.1411720X-RAY DIFFRACTION99.6685
2.575-2.7530.215980.1531604X-RAY DIFFRACTION99.5904
2.753-2.9720.207830.1491489X-RAY DIFFRACTION98.7437
2.972-3.2550.182750.161361X-RAY DIFFRACTION98.9662
3.255-3.6370.181660.1441239X-RAY DIFFRACTION99.0888
3.637-4.1960.132610.1281088X-RAY DIFFRACTION98.542
4.196-5.1310.216330.14949X-RAY DIFFRACTION98.2983
5.131-7.2190.17290.178725X-RAY DIFFRACTION97.2903
7.219-38.6630.226240.197389X-RAY DIFFRACTION94.2922

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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