+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7cby | ||||||
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Title | Structure of FOXG1 DNA binding domain bound to DBE2 DNA site | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSCRIPTION / FOXG1 / Forkhead box / transcription factors / FOXG1 syndrome / DBE2 | ||||||
Function / homology | Function and homology information pyramidal neuron migration to cerebral cortex / : / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / neuron fate determination / dorsal/ventral pattern formation / axon midline choice point recognition / inner ear morphogenesis / positive regulation of neuroblast proliferation / Regulation of MECP2 expression and activity / negative regulation of neuron differentiation ...pyramidal neuron migration to cerebral cortex / : / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / neuron fate determination / dorsal/ventral pattern formation / axon midline choice point recognition / inner ear morphogenesis / positive regulation of neuroblast proliferation / Regulation of MECP2 expression and activity / negative regulation of neuron differentiation / positive regulation of cell cycle / regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of neuron differentiation / brain development / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.646 Å | ||||||
Authors | Dai, S.Y. / Li, J. / Chen, Y.H. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2020 Title: Structural Basis for DNA Recognition by FOXG1 and the Characterization of Disease-causing FOXG1 Mutations. Authors: Dai, S. / Li, J. / Zhang, H. / Chen, X. / Guo, M. / Chen, Z. / Chen, Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7cby.cif.gz | 104.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7cby.ent.gz | 74.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7cby.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/7cby ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/7cby | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6akoS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: DNA chain | Mass: 4860.159 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: SF file contains Friedel pairs. / Source: (synth.) Homo sapiens (human) |
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#2: DNA chain | Mass: 4932.272 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: SF file contains Friedel pairs. / Source: (synth.) Homo sapiens (human) |
#3: Protein | Mass: 12485.281 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: SF file contains Friedel pairs. / Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) Gene: FOXG1, FKH2, FKHL1, FKHL2, FKHL3, FKHL4, FOXG1A, FOXG1B, FOXG1C Production host: Escherichia coli O103:H2 str. 12009 (bacteria) References: UniProt: P55316 |
#4: Chemical | ChemComp-PEG / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 49.64 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 80 mM NaCl, 40 mM Sodium cacodylate, pH 6.0, 45% 2-Methyl-2,4-pentanediol, 12 mM spermine |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U1 / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: May 17, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.64→22.9 Å / Num. obs: 26897 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 13.7 % / Rrim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 20.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.64→1.7 Å / Num. unique obs: 2635 / Rpim(I) all: 0.312 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6AKO Resolution: 1.646→22.871 Å / SU ML: 0.12 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 16.2 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 78.4 Å2 / Biso mean: 21.948 Å2 / Biso min: 4.27 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.646→22.871 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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