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- PDB-7cb2: The 6-phosphogluconate dehydrogenase (NADP-bound) from Staphyloco... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7cb2 | |||||||||
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Title | The 6-phosphogluconate dehydrogenase (NADP-bound) from Staphylococcus aureus | |||||||||
![]() | 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating![]() | |||||||||
![]() | ![]() ![]() | |||||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Wang, H. / Wang, M. / Sun, H. | |||||||||
Funding support | ![]() ![]()
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![]() | ![]() Title: The 6-phosphogluconate dehydrogenase (NADP-bound) structures from Staphylococcus aureus Authors: Wang, H. / Wang, M. / Sun, H. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 811.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 600.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7cb0S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 51857.590 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: gnd, NWMN_1417 / Production host: ![]() ![]() ![]() References: UniProt: A0A0H3KGN1, phosphogluconate dehydrogenase (NADP+-dependent, decarboxylating) #2: Chemical | ChemComp-NAP / ![]() #3: Chemical | ![]() #4: Chemical | ![]() #5: Water | ChemComp-HOH / | ![]() Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.58 Å3/Da / Density % sol: 52.27 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.1M NaNO3, 0.2M NH4NO3, 0.1M MES, 22% PEG3350 (w/v) Temp details: Room temperature |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: Nitrogen Flow / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 3, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: graphite filter / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.15→47.76 Å / Num. obs: 116921 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 13.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.148 / Net I/σ(I): 12 / Num. measured all: 1532159 / Scaling rejects: 946 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 7CB0 Resolution: 2.15→47.76 Å / SU ML: 0.2195 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.8757 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 55.86 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.15→47.76 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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