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- PDB-7c9q: Crystal structure of Human liver fructose-1,6-bisphoaphatase comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c9q
タイトルCrystal structure of Human liver fructose-1,6-bisphoaphatase complex with Mg2+ and AMP
要素Fructose-1,6-bisphosphatase 1フルクトース-1,6-ビスホスファターゼ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / magnesium (マグネシウム)
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to raffinose / sucrose biosynthetic process / cellular hypotonic salinity response / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / cellular response to magnesium ion / negative regulation of Ras protein signal transduction / fructose 6-phosphate metabolic process / 糖新生 ...cellular response to raffinose / sucrose biosynthetic process / cellular hypotonic salinity response / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / cellular response to magnesium ion / negative regulation of Ras protein signal transduction / fructose 6-phosphate metabolic process / 糖新生 / fructose metabolic process / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / monosaccharide binding / negative regulation of glycolytic process / cellular hyperosmotic salinity response / regulation of gluconeogenesis / AMP binding / 脱リン酸化 / cellular response to cAMP / response to nutrient levels / 糖新生 / negative regulation of cell growth / cellular response to insulin stimulus / cellular response to xenobiotic stimulus / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
フルクトース-1,6-ビスホスファターゼ / Fructose-1,6-bisphosphatase, active site / Fructose-1-6-bisphosphatase class 1, C-terminal / Fructose-1-6-bisphosphatase active site. / Fructose-1,6-bisphosphatase class 1 / Fructose-1-6-bisphosphatase class I, N-terminal / Fructose-1-6-bisphosphatase, N-terminal domain / Fructose-1-6-bisphosphatase, C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
アデニル酸 / Fructose-1,6-bisphosphatase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.878 Å
データ登録者Huang, Y. / Li, R. / Wan, J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Human liver fructose-1,6-bisphoaphatase complex with Mg2+ and AMP
著者: Huang, Y. / Li, R. / Wan, J.
履歴
登録2020年6月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fructose-1,6-bisphosphatase 1
C: Fructose-1,6-bisphosphatase 1
D: Fructose-1,6-bisphosphatase 1
B: Fructose-1,6-bisphosphatase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,92412
ポリマ－147,4384
非ポリマー1,4868
水13,457747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18570 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area44770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.361, 83.286, 276.544
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Fructose-1,6-bisphosphatase 1 / フルクトース-1,6-ビスホスファターゼ / FBPase 1 / D-fructose-1 / 6-bisphosphate 1-phosphohydrolase 1 / Liver FBPase


分子量: 36859.418 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FBP1, FBP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09467, fructose-bisphosphatase
#2: 化合物
ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / アデニル酸


分子量: 347.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 747 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.75 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 50mM Hepes pH 7.2, 150mM Sodium chloride, 8% (w/v) PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.878→39.506 Å / Num. obs: 126447 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 14.76
反射 シェル解像度: 1.878→1.887 Å / Num. unique obs: 20795 / CC1/2: 0.835

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZWK

5zwk


解像度: 1.878→35.694 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2188 6322 5 %
Rwork0.1815 120114 -
obs0.1833 126436 98.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 80.87 Å2 / Biso mean: 31.6754 Å2 / Biso min: 13.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.878→35.694 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9895 0 96 747 10738
Biso mean--40.84 37.84 -
残基数----1295
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.878-1.89930.27771970.2385373794
1.8993-1.92170.28792080.2362395598
1.9217-1.94510.28952070.2303393898
1.9451-1.96970.2782060.2115391598
1.9697-1.99570.23252080.2012394599
1.9957-2.0230.26172070.1933393398
2.023-2.05190.2292080.1943396199
2.0519-2.08250.22842070.1971393598
2.0825-2.11510.23532100.20173989100
2.1151-2.14970.24292070.2013391698
2.1497-2.18680.24522100.1947399999
2.1868-2.22660.23412090.2029396299
2.2266-2.26940.25662070.2032395298
2.2694-2.31570.24082100.1953398399
2.3157-2.3660.22822100.19163986100
2.366-2.42110.2442090.1873397599
2.4211-2.48160.2392110.1919400299
2.4816-2.54870.24822100.1935398899
2.5487-2.62360.25412100.192399599
2.6236-2.70830.22312110.1942402099
2.7083-2.80510.24152140.1897405399
2.8051-2.91730.23822100.18563999100
2.9173-3.050.23032140.18514050100
3.05-3.21070.21032130.1756405899
3.2107-3.41170.21532120.17664025100
3.4117-3.67490.17712150.16514083100
3.6749-4.04430.19512160.16474104100
4.0443-4.62840.18392170.15024136100
4.6284-5.82720.1982200.16734173100
5.8272-35.69390.20472290.1817434799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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