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万見
- PDB-7c7z: Crystal structure of the flagellar junction protein FlgL from Leg... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c7z
タイトルCrystal structure of the flagellar junction protein FlgL from Legionella pneumophila
要素Flagellar hook-associated protein 3
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / FlgL / Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ)
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum hook / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / structural molecule activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Flagellar hook-associated protein 3 / Flagellin, C-terminal domain / Bacterial flagellin C-terminal helical region / フラジェリン / Flagellin, N-terminal domain / Bacterial flagellin N-terminal helical region
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellar hook-associated protein 3 / Flagellar hook associated protein type 3 FlgL
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Song, W.S. / Hong, H.J. / Yoon, S.I.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Structural study of the flagellar junction protein FlgL from Legionella pneumophila.
著者: Song, W.S. / Hong, H.J. / Yoon, S.I.
履歴
登録2020年5月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flagellar hook-associated protein 3
B: Flagellar hook-associated protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,4182
ポリマ－72,4182
非ポリマー00
水362
1
A: Flagellar hook-associated protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2091
ポリマ－36,2091
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Flagellar hook-associated protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2091
ポリマ－36,2091
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2940 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area28240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.133, 108.133, 184.146
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:

Refine code: 3

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASPASPSERSERAA70 - 16033 - 123
211ASPASPSERSERBB70 - 16033 - 123
121SERSERARGARGAA295 - 348258 - 311
221SERSERARGARGBB295 - 348258 - 311
131LEULEUMETMETAA172 - 184135 - 147
231LEULEUMETMETBB172 - 184135 - 147
112ARGARGGLUGLUAA185 - 294148 - 257
212ARGARGGLUGLUBB185 - 294148 - 257

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Flagellar hook-associated protein 3


分子量: 36209.133 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 44-375 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ)
遺伝子: flgL, C3927_05570, DI026_02135 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A2S6F8D1, UniProt: Q5ZW61*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.9 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: PEG 6000, citric acid

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→30 Å / Num. obs: 21299 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 28.9
反射 シェル解像度: 3.05→3.1 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.553 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique obs: 1044 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000data processing
PHASER位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YTI

5yti


解像度: 3.06→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 37.49 / SU ML: 0.301 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.383 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 1025 -RANDOM
Rwork0.228 ---
obs0.2291 20044 98.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 129.65 Å2 / Biso mean: 61.8 Å2 / Biso min: 23.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1 Å20 Å20 Å2
2--1 Å20 Å2
3----2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.06→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4648 0 0 2 4650
Biso mean---24.18 -
残基数----630
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0224708
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022988
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1171.9576405
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83837366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4735626
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.09826.233215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.81915743
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2661521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2756
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215416
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02853
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1913TIGHT POSITIONAL0.030.05
1997LOOSE POSITIONAL0.035
1913TIGHT THERMAL0.050.5
1997LOOSE THERMAL0.0510
2638TIGHT POSITIONAL0.020.05
2640LOOSE POSITIONAL0.035
2638TIGHT THERMAL0.040.5
2640LOOSE THERMAL0.0810
LS精密化 シェル解像度: 3.06→3.136 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 63 -
Rwork-1436 -
obs--98.55 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2582-0.64690.11643.4082-0.29111.3480.0465-0.05760.2166-0.31910.0069-0.0159-0.0430.2422-0.05350.118-0.02230.00150.07420.02240.3162-39.37913.9580.328
22.16420.3362-1.97544.5424-0.39563.342-0.2268-0.325-0.58650.125-0.03760.08620.81650.20870.26440.28420.0159-0.07360.12410.11770.3608-47.591-12.52221.804
33.6345-0.2484-0.00161.371-0.39772.13490.1489-0.228-0.02290.0555-0.1356-0.2223-0.13540.4705-0.01320.0358-0.0761-0.05610.217200.3087-37.81613.11726.709
43.957-0.3054-0.44433.49750.14693.8399-0.04120.02690.0668-0.5263-0.02520.7360.158-0.60720.06640.1178-0.0699-0.16650.17020.08520.3477-63.8248.3936.847
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A42 - 184
2X-RAY DIFFRACTION1A295 - 370
3X-RAY DIFFRACTION2A185 - 294
4X-RAY DIFFRACTION3B47 - 184
5X-RAY DIFFRACTION3B295 - 355
6X-RAY DIFFRACTION4B185 - 294

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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