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- PDB-7c2n: Crystal structure of mycolic acid transporter MmpL3 from Mycobact... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c2n
タイトルCrystal structure of mycolic acid transporter MmpL3 from Mycobacterium smegmatis complexed with SPIRO
要素Drug exporters of the RND superfamily-like protein,Endolysin
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylethanolamine transfer activity / phosphatidylglycerol binding / trehalose transmembrane transporter activity / trehalose transport / mycolate cell wall layer assembly / diacylglycerol binding / cell wall biogenesis / cell pole / cell tip / mycolic acid biosynthetic process ...phosphatidylethanolamine transfer activity / phosphatidylglycerol binding / trehalose transmembrane transporter activity / trehalose transport / mycolate cell wall layer assembly / diacylglycerol binding / cell wall biogenesis / cell pole / cell tip / mycolic acid biosynthetic process / cardiolipin binding / cell septum / phospholipid transport / phosphatidylethanolamine binding / viral release from host cell by cytolysis / phosphatidylinositol binding / peptidoglycan catabolic process / regulation of membrane potential / cell wall organization / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Membrane transport protein MMPL domain / MMPL family / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FG0 / Chem-L6T / (CARBAMOYLMETHYL-CARBOXYMETHYL-AMINO)-ACETIC ACID / Endolysin / Trehalose monomycolate exporter MmpL3 / Trehalose monomycolate exporter MmpL3
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
Enterobacteria phage RB59 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Zhang, B. / Yang, X. / Hu, T. / Rao, Z.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81520108019 中国
Chinese Academy of Sciences2017YFC0840300 中国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural Basis for the Inhibition of Mycobacterial MmpL3 by NITD-349 and SPIRO.
著者: Yang, X. / Hu, T. / Yang, X. / Xu, W. / Yang, H. / Guddat, L.W. / Zhang, B. / Rao, Z.
履歴
登録2020年5月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Drug exporters of the RND superfamily-like protein,Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,2979
ポリマ－103,0071
非ポリマー3,2918
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area290 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area39620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.490, 140.386, 145.229
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Drug exporters of the RND superfamily-like protein,Endolysin / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 103006.500 Da / 分子数: 1 / 変異: C803T,C846A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア), (組換発現) Enterobacteria phage RB59 (ファージ)
株: MC2 155 / 遺伝子: mmpL3, MSMEI_0243, e, RB59_126 / プラスミド: pM261
発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: I7G2R2, UniProt: A0A097J809, UniProt: A0QP27*PLUS, リゾチーム
#2: 糖
ChemComp-L6T / alpha-D-glucopyranosyl 6-O-dodecyl-alpha-D-glucopyranoside / α-D-グルコピラノシル6-O-ドデシル-α-D-グルコピラノシド


タイプ: saccharide炭水化物 / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C24H46O11
#3: 化合物 ChemComp-MHA / (CARBAMOYLMETHYL-CARBOXYMETHYL-AMINO)-ACETIC ACID / N-(2-ACETAMIDO)IMINODIACETIC ACID / ADA / ADA (buffer)


分子量: 190.154 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10N2O5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-FG0 / 1'-(2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-ylmethyl)spiro[6,7-dihydrothieno[3,2-c]pyran-4,4'-piperidine]


分子量: 357.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H23NO3S
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5
詳細: 15% (v/v) polyethylene glycol monomethyl ether 350 (PEGMME 350), 50 mM ADA (N-(2-Acetamido) iminodiacetic acid) (pH 6.5) and 12.5% (v/v) polyethylene glycol 2000 (PEG2000), protein ...詳細: 15% (v/v) polyethylene glycol monomethyl ether 350 (PEGMME 350), 50 mM ADA (N-(2-Acetamido) iminodiacetic acid) (pH 6.5) and 12.5% (v/v) polyethylene glycol 2000 (PEG2000), protein concentration 5mg/ml, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.82→44.54 Å / Num. obs: 43256 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.422 % / Biso Wilson estimate: 81.978 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rrim(I) all: 0.085 / Χ2: 1.057 / Net I/σ(I): 15.18 / Num. measured all: 234546 / Scaling rejects: 10
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.82-2.895.4441.31.3816622319630530.6241.43495.5
2.89-2.975.61.0541.8217311309430910.7361.15999.9
2.97-3.065.4820.7992.3316418299829950.8190.88299.9
3.06-3.155.1360.589314817289728850.8610.65599.6
3.15-3.255.4760.4384.1615541284228380.9260.48499.9
3.25-3.375.760.3475.5315945277327680.9640.38199.8
3.37-3.495.7290.2447.5515085263626330.9810.26899.9
3.49-3.645.6730.1879.7214495255725550.9890.20599.9
3.64-3.85.5880.1313.4913742246124590.9930.14499.9
3.8-3.985.3840.09916.6412646235223490.9950.1199.9
3.98-4.24.9410.07420.0111024224422310.9960.08399.4
4.2-4.455.5950.0625.5611984214421420.9980.06699.9
4.45-4.765.5190.0529.6410961198919860.9980.05599.8
4.76-5.145.4460.04530.8410277188918870.9980.0599.9
5.14-5.635.3040.05129.489207173917360.9980.05799.8
5.63-6.34.7950.04728.67476157115590.9980.05299.2
6.3-7.275.4680.03637.417677140414040.9990.04100
7.27-8.915.3020.02744.396363120212000.9990.0399.8
8.91-12.64.6820.02546.3744399549480.9990.02899.4
12.6-44.544.6850.02446.5125165625370.9980.02995.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6AJH

6ajh


解像度: 2.82→44.54 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2734 2001 4.63 %
Rwork0.2324 41238 -
obs0.2343 43239 99.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 204.09 Å2 / Biso mean: 88.3065 Å2 / Biso min: 36.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.82→44.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6952 0 226 0 7178
Biso mean--102.08 --
残基数----900
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.82-2.890.45041400.36892804294495
2.89-2.970.39441400.325629053045100
2.97-3.050.35551400.317429233063100
3.05-3.150.34341440.296428823026100
3.15-3.260.33141430.274829303073100
3.26-3.390.30611400.247429253065100
3.39-3.550.31131380.238929433081100
3.55-3.740.26381500.230429283078100
3.74-3.970.27621350.216229593094100
3.97-4.280.20431480.20522934308299
4.28-4.710.28031440.197229723116100
4.71-5.390.22611420.197429953137100
5.39-6.780.28031450.24729983143100
6.78-44.540.25511520.22943140329299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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