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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ocw
タイトルStructure of Mycobacterium tuberculosis tryptophan synthase in space group F222
要素
  • Tryptophan synthase alpha chain
  • Tryptophan synthase beta chain
キーワードELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / tryptophan synthesis Mycobacterium tuberculosis
機能・相同性
機能・相同性情報


トリプトファン合成酵素 / tryptophan synthase activity / tryptophan biosynthetic process / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Tryptophan synthase, alpha chain / Tryptophan synthase, alpha chain, active site / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain signature. / Tryptophan synthase, beta chain, conserved site / Tryptophan synthase, beta chain / Tryptophan synthase beta chain/beta chain-like / Tryptophan synthase beta chain pyridoxal-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme ...Tryptophan synthase, alpha chain / Tryptophan synthase, alpha chain, active site / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain signature. / Tryptophan synthase, beta chain, conserved site / Tryptophan synthase, beta chain / Tryptophan synthase beta chain/beta chain-like / Tryptophan synthase beta chain pyridoxal-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-P1T / Tryptophan synthase beta chain / Tryptophan synthase alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4 Å
データ登録者Futterer, K. / Abrahams, K. / Cox, J.A.G. / Besra, G.S.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Inhibiting mycobacterial tryptophan synthase by targeting the inter-subunit interface.
著者: Abrahams, K.A. / Cox, J.A.G. / Futterer, K. / Rullas, J. / Ortega-Muro, F. / Loman, N.J. / Moynihan, P.J. / Perez-Herran, E. / Jimenez, E. / Esquivias, J. / Barros, D. / Ballell, L. / Alemparte, C. / Besra, G.S.
履歴
登録2017年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年4月25日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell
Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.32018年10月24日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tryptophan synthase alpha chain
B: Tryptophan synthase beta chain
C: Tryptophan synthase alpha chain
D: Tryptophan synthase beta chain
E: Tryptophan synthase alpha chain
F: Tryptophan synthase beta chain
G: Tryptophan synthase alpha chain
H: Tryptophan synthase beta chain
I: Tryptophan synthase alpha chain
J: Tryptophan synthase beta chain
K: Tryptophan synthase alpha chain
L: Tryptophan synthase beta chain
M: Tryptophan synthase alpha chain
N: Tryptophan synthase beta chain
O: Tryptophan synthase alpha chain
P: Tryptophan synthase beta chain
Q: Tryptophan synthase alpha chain
R: Tryptophan synthase beta chain
S: Tryptophan synthase alpha chain
T: Tryptophan synthase beta chain
U: Tryptophan synthase alpha chain
V: Tryptophan synthase beta chain
W: Tryptophan synthase alpha chain
X: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)925,26836
ポリマ－921,45024
非ポリマー3,81912
水0
1
A: Tryptophan synthase alpha chain
B: Tryptophan synthase beta chain
C: Tryptophan synthase alpha chain
D: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,2116
ポリマ－153,5754
非ポリマー6362
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Tryptophan synthase alpha chain
F: Tryptophan synthase beta chain
G: Tryptophan synthase alpha chain
H: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,2116
ポリマ－153,5754
非ポリマー6362
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
I: Tryptophan synthase alpha chain
J: Tryptophan synthase beta chain
K: Tryptophan synthase alpha chain
L: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,2116
ポリマ－153,5754
非ポリマー6362
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
M: Tryptophan synthase alpha chain
N: Tryptophan synthase beta chain
O: Tryptophan synthase alpha chain
P: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,2116
ポリマ－153,5754
非ポリマー6362
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
Q: Tryptophan synthase alpha chain
R: Tryptophan synthase beta chain
S: Tryptophan synthase alpha chain
T: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,2116
ポリマ－153,5754
非ポリマー6362
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
U: Tryptophan synthase alpha chain
V: Tryptophan synthase beta chain
W: Tryptophan synthase alpha chain
X: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,2116
ポリマ－153,5754
非ポリマー6362
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)426.050, 432.110, 434.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
31E
41G
51I
61K
71M
81O
91Q
101S
111U
121W
12B
22D
32F
42H
52J
62L
72N
82P
92R
102T
112V
122X

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A1 - 500
2111C1 - 500
3111E1 - 500
4111G1 - 500
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NCSアンサンブル:
ID
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IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.546485, -0.459675, 0.700038), (-0.433391, -0.560035, -0.706069), (0.716608, -0.689246, 0.106832)79.79886, -82.04746, -103.11391
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8given(0.472508, 0.494665, -0.729413), (0.584585, 0.443448, 0.679422), (0.659543, -0.747436, -0.079641)-77.85774, 67.90852, -122.26543
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10given(-0.708036, 0.535372, -0.460502), (0.704982, 0.497965, -0.505006), (-0.041052, -0.682208, -0.730005)75.0106, -76.50985, -105.58438
11given(0.999552, 0.006345, -0.029264), (0.02927, -0.000895, 0.999571), (0.006316, -0.999979, -0.00108)0.55817, -0.62519, -216.66626
12given(-0.559756, -0.699258, -0.444648), (-0.450457, 0.70715, -0.545002), (0.695529, -0.104773, -0.710818)-71.45295, 70.79623, -125.81619
13given(1), (1), (1)
14given(-0.559305, -0.441335, 0.701713), (-0.449712, -0.549563, -0.704088), (0.696374, -0.709369, 0.1089)79.88052, -81.88417, -102.42246
15given(0.701768, -0.492781, 0.514478), (-0.71177, -0.515475, 0.477146), (0.030072, -0.701036, -0.712491)-73.82378, 74.60266, -113.36509
16given(-0.065131, -0.012332, -0.997801), (0.071461, 0.997299, -0.01699), (0.995315, -0.07241, -0.064074)8.64933, -12.83476, -219.81514
17given(-0.047904, -0.017871, -0.998692), (-0.998657, 0.020597, 0.047534), (0.01972, 0.999628, -0.018834)-1.42056, 1.16792, -2.30144
18given(0.478167, 0.722174, 0.499821), (0.559379, -0.689161, 0.4606), (0.67709, 0.059345, -0.733503)79.46761, -78.76512, -106.81199
19given(-0.037944, -0.999237, 0.009301), (-0.999193, 0.037816, -0.013536), (0.013174, -0.009807, -0.999865)1.52486, -2.19022, -218.19252
20given(0.462162, 0.508848, -0.726278), (0.569512, 0.457469, 0.682919), (0.679752, -0.729243, -0.078371)-77.39137, 68.85973, -121.61781
21given(0.071655, -0.997269, -0.017897), (-0.079426, -0.023591, 0.996562), (-0.994262, -0.069988, -0.0809)-5.03674, 3.37292, -8.10414
22given(-0.701315, 0.52165, -0.485838), (0.712648, 0.496805, -0.495296), (-0.017004, -0.69359, -0.720169)75.46553, -76.7848, -107.64538
23given(0.999629, -0.002236, -0.027132), (0.02713, -0.001094, 0.999631), (-0.002265, -0.999997, -0.001033)-0.24656, -0.54134, -216.44379
24given(-0.569723, -0.70088, -0.429165), (-0.462908, 0.705158, -0.537093), (0.679067, -0.107331, -0.726187)-71.90334, 70.77483, -125.70799

-
要素

#1: タンパク質
Tryptophan synthase alpha chain


分子量: 29921.943 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
遺伝子: trpA, Rv1613, MTCY01B2.05 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WFY1, トリプトファン合成酵素
#2: タンパク質
Tryptophan synthase beta chain


分子量: 46865.520 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
遺伝子: trpB, Rv1612, MTCY01B2.04 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WFX9, トリプトファン合成酵素
#3: 化合物
ChemComp-P1T / 2-[({3-HYDROXY-2-METHYL-5-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]PYRIDIN-4-YL}METHYL)AMINO]ACRYLIC ACID


分子量: 318.220 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N2O7P

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.31 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES, pH 6.0, 50 % polypropylene 701 glycol 400, 5 % DMSO

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→49.8 Å / Num. obs: 160634 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 4→4.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.674 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / CC1/2: 0.539

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5E0K

5e0k


解像度: 4→49.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.815 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.788 / SU B: 222.14 / SU ML: 1.258 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.913 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.36779 8243 5 %RANDOM
Rwork0.3578 ---
obs0.3583 156611 98.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 126.446 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.42 Å20 Å20 Å2
2---3.39 Å20 Å2
3---1.97 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 4→49.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数57314 0 252 0 57566
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.01958974
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0120.0256290
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7021.96480177
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.5763128689
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.61357801
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.03822.7882496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.576158861
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.17615564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.28987
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02168833
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.0213603
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 4→4.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.441 553 -
Rwork0.394 10507 -
obs--90.47 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5284-0.2894-0.24173.04310.93311.2839-0.46630.2518-0.0789-0.1420.22670.27630.32990.12290.23950.4441-0.04880.06570.71880.06240.052223.878-25.0167-76.6997
21.3831-0.1205-0.19951.0725-0.30641.05280.3634-0.0611-0.08390.2695-0.24790.0208-0.42470.1589-0.11550.86440.51280.13191.74660.52360.413140.584-22.4468-23.2603
31.54790.02840.5291.0539-0.34731.1582-0.50710.67020.94590.0033-0.0563-0.2241-0.28370.19050.56341.4092-0.8322-1.08341.73450.65181.413423.7056-75.5851-25.4115
42.17920.0120.88210.44370.22990.976-0.18520.4155-0.01650.09740.06920.15460.08090.12770.1161.1917-1.04710.20492.1531-0.11490.080623.7389-24.5906-140.7966
51.48730.1753-0.29790.8106-0.05031.11470.3232-0.0495-0.14470.3559-0.5041-0.1258-0.37960.23820.18091.08880.1477-0.46011.0806-0.00320.602572.5945-22.7623-22.9637
61.82210.10450.5040.97930.14152.3213-0.040.625-0.0759-0.28850.0308-0.0235-0.45660.29530.00920.36290.1804-0.0861.411-0.39180.947623.1655-139.8486-25.3154
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 267
2X-RAY DIFFRACTION1C8 - 266
3X-RAY DIFFRACTION1B9 - 407
4X-RAY DIFFRACTION1D9 - 407
5X-RAY DIFFRACTION2E8 - 267
6X-RAY DIFFRACTION2G8 - 266
7X-RAY DIFFRACTION2F9 - 407
8X-RAY DIFFRACTION2H9 - 407
9X-RAY DIFFRACTION3I8 - 267
10X-RAY DIFFRACTION3K8 - 266
11X-RAY DIFFRACTION3J9 - 407
12X-RAY DIFFRACTION3L9 - 407
13X-RAY DIFFRACTION4M8 - 267
14X-RAY DIFFRACTION4O8 - 266
15X-RAY DIFFRACTION4N9 - 407
16X-RAY DIFFRACTION4P9 - 407
17X-RAY DIFFRACTION5Q8 - 267
18X-RAY DIFFRACTION5S8 - 266
19X-RAY DIFFRACTION5R9 - 407
20X-RAY DIFFRACTION5T9 - 407
21X-RAY DIFFRACTION6U8 - 267
22X-RAY DIFFRACTION6W8 - 266
23X-RAY DIFFRACTION6V9 - 407
24X-RAY DIFFRACTION6X9 - 407

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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