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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bxz
タイトルCrystal structure of the aminoglycoside 6'-N-acetyltransferase from Enterococcus faecium
要素Aminoglycoside 6'-N-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / aminoglycoside acetyltransferase / Enterococcus faecium / acetyl-CoA (アセチルCoA)
機能・相同性acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aac(6')-Ii protein
機能・相同性情報
生物種Enterococcus faecium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.502 Å
データ登録者Kwon, S. / Park, H.H.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2017M3A9D8062960 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2018R1A4A1023822 韓国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: Structural analysis of a novel substrate-free form of the aminoglycoside 6'-N-acetyltransferase from Enterococcus faecium.
著者: Jang, H. / Kwon, S. / Jeong, C.S. / Lee, C.W. / Hwang, J. / Jung, K.H. / Lee, J.H. / Park, H.H.
履歴
登録2020年4月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminoglycoside 6'-N-acetyltransferase
B: Aminoglycoside 6'-N-acetyltransferase
C: Aminoglycoside 6'-N-acetyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,1013
ポリマ－62,1013
非ポリマー00
水1,45981
1
A: Aminoglycoside 6'-N-acetyltransferase
B: Aminoglycoside 6'-N-acetyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4002
ポリマ－41,4002
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2970 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area17220 Å2
手法PISA
2
C: Aminoglycoside 6'-N-acetyltransferase

C: Aminoglycoside 6'-N-acetyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4002
ポリマ－41,4002
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_756-x+2,y,-z+11
Buried area2710 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area17160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.426, 90.317, 102.151
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.080, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 7 or (resid 8...
21(chain B and (resid 1 through 21 or (resid 22...
31(chain C and (resid 1 through 7 or (resid 8...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETASPASP(chain A and (resid 1 through 7 or (resid 8...AA1 - 71 - 7
12ARGARGARGARG(chain A and (resid 1 through 7 or (resid 8...AA88
13METMETASPASP(chain A and (resid 1 through 7 or (resid 8...AA1 - 1801 - 180
14METMETASPASP(chain A and (resid 1 through 7 or (resid 8...AA1 - 1801 - 180
15METMETASPASP(chain A and (resid 1 through 7 or (resid 8...AA1 - 1801 - 180
16METMETASPASP(chain A and (resid 1 through 7 or (resid 8...AA1 - 1801 - 180
21METMETLEULEU(chain B and (resid 1 through 21 or (resid 22...BB1 - 211 - 21
22ARGARGLEULEU(chain B and (resid 1 through 21 or (resid 22...BB22 - 2322 - 23
23METMETASPASP(chain B and (resid 1 through 21 or (resid 22...BB1 - 1801 - 180
24METMETASPASP(chain B and (resid 1 through 21 or (resid 22...BB1 - 1801 - 180
25METMETASPASP(chain B and (resid 1 through 21 or (resid 22...BB1 - 1801 - 180
26METMETASPASP(chain B and (resid 1 through 21 or (resid 22...BB1 - 1801 - 180
31METMETASPASP(chain C and (resid 1 through 7 or (resid 8...CC1 - 71 - 7
32ARGARGARGARG(chain C and (resid 1 through 7 or (resid 8...CC88
33METMETASPASP(chain C and (resid 1 through 7 or (resid 8...CC1 - 1801 - 180
34METMETASPASP(chain C and (resid 1 through 7 or (resid 8...CC1 - 1801 - 180
35METMETASPASP(chain C and (resid 1 through 7 or (resid 8...CC1 - 1801 - 180

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要素

#1: タンパク質 Aminoglycoside 6'-N-acetyltransferase / Aac(6')-Ii protein


分子量: 20700.213 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterococcus faecium (バクテリア)
遺伝子: aac(6')-Ii / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q47764
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 50 mM HEPES-Na (pH 7.0), 10 mM magnesium chloride, 1.6 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.977872 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 21196 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.069 / Χ2: 0.403 / Net I/σ(I): 5.3 / Num. measured all: 148028
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.5-2.546.70.47210410.8920.1960.5120.33797.7
2.54-2.596.40.42110510.9210.1810.4590.33899
2.59-2.646.20.36110550.9470.1590.3950.33497.8
2.64-2.696.70.33410580.9490.140.3630.35499.2
2.69-2.756.50.2910330.9480.1230.3150.36598.6
2.75-2.8270.25310570.9690.1030.2730.36598.9
2.82-2.897.50.22410420.9810.0870.2410.38598.5
2.89-2.967.50.19210670.9840.0750.2060.3898.7
2.96-3.057.40.15510390.9870.0610.1670.39799.2
3.05-3.157.40.12110910.9920.0470.130.41798.6
3.15-3.267.30.10410230.9950.0410.1120.41798.6
3.26-3.397.30.08710590.9960.0340.0940.43599.3
3.39-3.557.30.07210740.9970.0280.0770.43999.3
3.55-3.737.20.06210560.9970.0240.0670.45299.5
3.73-3.977.20.05110570.9980.020.0550.43699.1
3.97-4.276.90.04710860.9980.0190.050.45999.2
4.27-4.76.50.0410590.9990.0170.0430.4599.6
4.7-5.3860.03710620.9980.0170.0410.43699
5.38-6.767.30.03910790.9990.0150.0420.42999.4
6.76-307.40.0311070.9990.0120.0320.4199.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
SCALEPACKデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6G9P

6g9p


解像度: 2.502→29.895 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 28.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2653 1037 4.9 %
Rwork0.2259 20143 -
obs0.2278 21180 98.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 113.63 Å2 / Biso mean: 57.7978 Å2 / Biso min: 22.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.502→29.895 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4166 0 0 81 4247
Biso mean---50.87 -
残基数----532
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1536X-RAY DIFFRACTION10.779TORSIONAL
12B1536X-RAY DIFFRACTION10.779TORSIONAL
13C1536X-RAY DIFFRACTION10.779TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.502-2.63350.31291400.2614284898
2.6335-2.79840.32861500.2778284899
2.7984-3.01430.32651540.2741285599
3.0143-3.31730.28331460.2521287899
3.3173-3.79650.29821500.2248290099
3.7965-4.780.23161500.1946287899
4.78-29.8950.22441470.2121293699
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 38.0588 Å / Origin y: 21.8801 Å / Origin z: 27.1899 Å
111213212223313233
T0.2395 Å2-0.0726 Å20.0298 Å2-0.2002 Å20.0161 Å2--0.2161 Å2
L0.4577 °20.3382 °20.4351 °2-0.3553 °20.2931 °2--0.8998 °2
S0.1408 Å °0.0044 Å °0.0092 Å °0.1706 Å °-0.0985 Å °0.0473 Å °-0.021 Å °-0.0047 Å °0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 180
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 180
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 180
4X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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