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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7brk | |||||||||
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タイトル | Atrial Natriuretic Peptide Receptor complexed with deletion mutant of human Atrial Natriuretic Peptide[5-27] | |||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / RECEPTOR-HORMONE COMPLEX / NATRIURETIC PEPTIDE / NATRIURETIC PEPTIDE RECEPTOR / GUANYLYL-CYCLASE-COUPLED RECEPTOR / SIGNAL TRANSMISSION (伝送) / ROTATION MECHANISM / SIGNALING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ANPR-A receptor complex / Physiological factors / positive regulation of delayed rectifier potassium channel activity / natriuretic peptide receptor activity / positive regulation of cGMP-mediated signaling / receptor guanylyl cyclase signaling pathway / peptide receptor activity / neuropeptide receptor binding / グアニル酸シクラーゼ / regulation of high voltage-gated calcium channel activity ...ANPR-A receptor complex / Physiological factors / positive regulation of delayed rectifier potassium channel activity / natriuretic peptide receptor activity / positive regulation of cGMP-mediated signaling / receptor guanylyl cyclase signaling pathway / peptide receptor activity / neuropeptide receptor binding / グアニル酸シクラーゼ / regulation of high voltage-gated calcium channel activity / positive regulation of potassium ion export across plasma membrane / cGMP biosynthetic process / guanylate cyclase activity / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane repolarization / Physiological factors / hormone binding / cardiac conduction system development / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / sodium ion export across plasma membrane / negative regulation of JUN kinase activity / neuropeptide hormone activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / negative regulation of systemic arterial blood pressure / hormone receptor binding / adenylate cyclase activity / aortic valve morphogenesis / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / positive regulation of heart rate / dopamine metabolic process / cGMP-mediated signaling / peptide hormone binding / neuropeptide signaling pathway / positive regulation of cardiac muscle contraction / response to muscle stretch / blood vessel diameter maintenance / female pregnancy / cell projection / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / hormone activity / 血圧 / vasodilation / フォールディング / perikaryon / collagen-containing extracellular matrix / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / protein kinase activity / intracellular signal transduction / Amyloid fiber formation / signaling receptor binding / GTP binding / protein-containing complex / extracellular space / extracellular region / ATP binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å | |||||||||
データ登録者 | Ogawa, H. | |||||||||
資金援助 | 日本, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural insight into hormone-recognition and transmembrane signaling by the atrial natriuretic peptide receptor 著者: Ogawa, H. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7brk.cif.gz | 378.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7brk.ent.gz | 312.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7brk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/7brk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/7brk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 3分子 ABL
#1: タンパク質 | 分子量: 48434.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Npr1 / 発現宿主: Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P18910, グアニル酸シクラーゼ #2: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 2409.708 Da / 分子数: 1 / Mutation: deletions of residues 1-4 and 28 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01160 |
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-糖 , 2種, 4分子
#3: 多糖 | #4: 多糖 | |
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-非ポリマー , 2種, 112分子
#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.04 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Sodium malonate, MES / PH範囲: 6.3 - 6.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 30557 / % possible obs: 90.2 % / 冗長度: 15.4 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 26.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.85→2.93 Å / Rmerge(I) obs: 0.243 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique obs: 2829 / CC1/2: 0.55 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1DP4 解像度: 2.85→43.106 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.1 / 位相誤差: 26.76
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.85→43.106 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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