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- PDB-4lm8: Crystal structure of the outer membrane decaheme cytochrome MtrC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lm8
タイトルCrystal structure of the outer membrane decaheme cytochrome MtrC
要素Extracellular iron oxide respiratory system surface decaheme cytochrome c component MtrC
キーワードELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / GREEK KEY / C TYPE CYTOCHROME ELECTRON TRANSPORT / OUTER MEMBRANE
機能・相同性Decahaem cytochrome, c-type, OmcA/MtrC / Multiheme cytochrome superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / oxidoreductase activity / metal ion binding / 酢酸塩 / HEME C / Extracellular iron oxide respiratory system surface decaheme cytochrome c component MtrC
機能・相同性情報
生物種Shewanella oneidensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Clarke, T.A. / Edwards, M.J.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Redox Linked Flavin Sites in Extracellular Decaheme Proteins Involved in Microbe-Mineral Electron Transfer.
著者: Edwards, M.J. / White, G.F. / Norman, M. / Tome-Fernandez, A. / Ainsworth, E. / Shi, L. / Fredrickson, J.K. / Zachara, J.M. / Butt, J.N. / Richardson, D.J. / Clarke, T.A.
履歴
登録2013年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月21日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Extracellular iron oxide respiratory system surface decaheme cytochrome c component MtrC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,52625
ポリマ－74,5851
非ポリマー6,94124
水16,862936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.120, 90.440, 154.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Extracellular iron oxide respiratory system surface decaheme cytochrome c component MtrC


分子量: 74585.062 Da / 分子数: 1 / 断片: MtrC (unp residues 26-671) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア)
株: MR-1 / 遺伝子: mtrC, SO_1778 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8EG34

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非ポリマー , 5種, 960分子

#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C / Heme C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 936 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.51 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 21% PEG 6000, 0.1 M CaCl2, 0.2 M Sodium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月5日
放射モノクロメーター: Si 111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→58.7 Å / Num. all: 67767 / Num. obs: 67767 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 15.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.388 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 4993 / Rsym value: 0.388 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
phenix/autosolモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
xia2データ削減
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
phenix/autosol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→45.804 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2032 3426 5.06 %random
Rwork0.1656 ---
obs0.1676 67724 97.03 %-
all-71150 --
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.456 Å2 / ksol: 0.402 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5318 Å20 Å20 Å2
2--0.5032 Å2-0 Å2
3---0.3255 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→45.804 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4691 0 471 936 6098
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0165410
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1897490
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5461782
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078756
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005918
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8001-1.82580.24961410.20372625X-RAY DIFFRACTION96
1.8258-1.85310.24491420.22696X-RAY DIFFRACTION99
1.8531-1.88210.25451250.19952730X-RAY DIFFRACTION99
1.8821-1.91290.24971560.17922687X-RAY DIFFRACTION99
1.9129-1.94590.22131410.17952725X-RAY DIFFRACTION99
1.9459-1.98130.2311510.1742680X-RAY DIFFRACTION99
1.9813-2.01940.20441410.16462700X-RAY DIFFRACTION99
2.0194-2.06060.18981410.16462713X-RAY DIFFRACTION99
2.0606-2.10540.23711470.17232665X-RAY DIFFRACTION99
2.1054-2.15440.20381360.16322721X-RAY DIFFRACTION98
2.1544-2.20830.19871460.16192661X-RAY DIFFRACTION97
2.2083-2.2680.17341310.15892503X-RAY DIFFRACTION92
2.268-2.33470.22031230.15062720X-RAY DIFFRACTION98
2.3347-2.41010.19531280.16162718X-RAY DIFFRACTION98
2.4101-2.49620.20471430.16882685X-RAY DIFFRACTION98
2.4962-2.59610.221490.16612684X-RAY DIFFRACTION98
2.5961-2.71430.21621350.16922684X-RAY DIFFRACTION98
2.7143-2.85740.23011280.16882714X-RAY DIFFRACTION97
2.8574-3.03630.19921450.1672691X-RAY DIFFRACTION97
3.0363-3.27070.18641550.17082546X-RAY DIFFRACTION92
3.2707-3.59970.18471520.1622670X-RAY DIFFRACTION95
3.5997-4.12040.19271400.15052701X-RAY DIFFRACTION96
4.1204-5.19010.17261580.1352687X-RAY DIFFRACTION95
5.1901-45.81850.20061720.18662692X-RAY DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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