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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bg0 | ||||||
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タイトル | Fusion of MBP and the backbone of the long-acting amylin analog AM833. | ||||||
要素 | Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Islet amyloid polypeptide | ||||||
キーワード | HORMONE (ホルモン) / Amylin (アミリン (ホルモン)) / AM833 / cagrilintide | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / amylin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / negative regulation of amyloid fibril formation / negative regulation of bone resorption / eating behavior / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / maltose binding / negative regulation of osteoclast differentiation ...: / amylin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / negative regulation of amyloid fibril formation / negative regulation of bone resorption / eating behavior / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / maltose binding / negative regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of protein kinase A signaling / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / Regulation of gene expression in beta cells / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / positive regulation of cAMP-mediated signaling / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of calcium-mediated signaling / bone resorption / sensory perception of pain / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / osteoclast differentiation / hormone activity / cell-cell signaling / amyloid-beta binding / outer membrane-bounded periplasmic space / G alpha (s) signalling events / positive regulation of MAPK cascade / ペリプラズム / receptor ligand activity / positive regulation of apoptotic process / Amyloid fiber formation / signaling receptor binding / lipid binding / apoptotic process / DNA damage response / シグナル伝達 / extracellular space / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å | ||||||
データ登録者 | Johansson, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021 タイトル: Development of Cagrilintide, a Long-Acting Amylin Analogue. 著者: Kruse, T. / Hansen, J.L. / Dahl, K. / Schaffer, L. / Sensfuss, U. / Poulsen, C. / Schlein, M. / Hansen, A.M.K. / Jeppesen, C.B. / Dornonville de la Cour, C. / Clausen, T.R. / Johansson, E. / ...著者: Kruse, T. / Hansen, J.L. / Dahl, K. / Schaffer, L. / Sensfuss, U. / Poulsen, C. / Schlein, M. / Hansen, A.M.K. / Jeppesen, C.B. / Dornonville de la Cour, C. / Clausen, T.R. / Johansson, E. / Fulle, S. / Skyggebjerg, R.B. / Raun, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7bg0.cif.gz | 369.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7bg0.ent.gz | 243.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7bg0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/7bg0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/7bg0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3g7vS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44495.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 株: K12 / 遺伝子: malE, b4034, JW3994, IAPP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: P10997 #2: 多糖 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.8 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20mM Tris pH 7.4, 50mM NaCl, 0.02 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.5, 22 %(w/v) polyacrylic acid 5100 sodium salt |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.89→37.55 Å / Num. obs: 40035 / % possible obs: 99.77 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 63.76 Å2 / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.09446 / Rpim(I) all: 0.04386 / Rrim(I) all: 0.1042 / Net I/σ(I): 16.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.895→2.998 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.5807 / Mean I/σ(I) obs: 2.43 / Num. unique obs: 3961 / CC1/2: 0.887 / CC star: 0.969 / Rpim(I) all: 0.2675 / Rrim(I) all: 0.6397 / % possible all: 98.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3G7V 解像度: 2.89→37.55 Å / SU ML: 0.4209 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 31.0437 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 68.32 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.89→37.55 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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