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- PDB-7bbj: CD73 in complex with the humanized antagonistic antibody mAb19 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bbj
タイトルCD73 in complex with the humanized antagonistic antibody mAb19
要素
  • 5'-nucleotidase5'-ヌクレオチダーゼ
  • heavy chain mAb19
  • light chain mAB19
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / antibody complex (抗体)
機能・相同性
機能・相同性情報


チミジル酸-5'-ホスファターゼ / thymidylate 5'-phosphatase activity / ADP catabolic process / 5'-deoxynucleotidase / 5'-deoxynucleotidase activity / 7-methylguanosine nucleotidase / inhibition of non-skeletal tissue mineralization / adenosine biosynthetic process / Pyrimidine catabolism / GMP 5'-nucleotidase activity ...チミジル酸-5'-ホスファターゼ / thymidylate 5'-phosphatase activity / ADP catabolic process / 5'-deoxynucleotidase / 5'-deoxynucleotidase activity / 7-methylguanosine nucleotidase / inhibition of non-skeletal tissue mineralization / adenosine biosynthetic process / Pyrimidine catabolism / GMP 5'-nucleotidase activity / IMP-specific 5'-nucleotidase / AMP catabolic process / IMP 5'-nucleotidase activity / ニコチン酸 / Purine catabolism / XMP 5'-nucleosidase activity / 5'-ヌクレオチダーゼ / 5'-nucleotidase activity / leukocyte cell-cell adhesion / DNA metabolic process / response to ATP / : / calcium ion homeostasis / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / ATP metabolic process / negative regulation of inflammatory response / external side of plasma membrane / nucleotide binding / 細胞膜 / extracellular exosome / zinc ion binding / 核質 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
5'-nucleotidase signature 1. / 5'-Nucleotidase, conserved site / 5'-nucleotidase signature 2. / 5'-Nucleotidase, C-terminal / 5'-nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase/apyrase / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain superfamily / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-ヌクレオチダーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Boettcher, J. / Han, F.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Research Promotion AgencyFFG; 852068 オーストラリア
引用ジャーナル: Mol.Cancer Ther. / 年: 2021
タイトル: A Novel Antagonistic CD73 Antibody for Inhibition of the Immunosuppressive Adenosine Pathway.
著者: Wurm, M. / Schaaf, O. / Reutner, K. / Ganesan, R. / Mostbock, S. / Pelster, C. / Bottcher, J. / de Andrade Pereira, B. / Taubert, C. / Alt, I. / Serna, G. / Auguste, A. / Stadermann, K.B. / ...著者: Wurm, M. / Schaaf, O. / Reutner, K. / Ganesan, R. / Mostbock, S. / Pelster, C. / Bottcher, J. / de Andrade Pereira, B. / Taubert, C. / Alt, I. / Serna, G. / Auguste, A. / Stadermann, K.B. / Delic, D. / Han, F. / Capdevila, J. / Nuciforo, P.G. / Kroe-Barrett, R. / Adam, P.J. / Vogt, A.B. / Hofmann, I.
履歴
登録2020年12月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年10月26日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-nucleotidase
B: 5'-nucleotidase
H: heavy chain mAb19
L: light chain mAB19
M: heavy chain mAb19
N: light chain mAB19
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)216,42412
ポリマ－216,1136
非ポリマー3106
水3,927218
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13800 Å2
ΔGint-248 kcal/mol
Surface area76500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.350, 67.740, 150.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.13, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 5'-nucleotidase / 5'-ヌクレオチダーゼ / 5'-NT / Ecto-5'-nucleotidase


分子量: 60464.340 Da / 分子数: 2 / 変異: N53D, K145S, K147S, N311D, N333D, N403D, K478S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NT5E, NT5, NTE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21589, 5'-ヌクレオチダーゼ

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抗体 , 2種, 4分子 HMLN

#2: 抗体 heavy chain mAb19


分子量: 23945.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 light chain mAB19


分子量: 23647.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

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非ポリマー , 3種, 224分子

#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 12 % w/v PEG 8000, 0.1 M magnesium Acetate and 0.1 M MOPS, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99985 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99985 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.726→147.7 Å / Num. obs: 59881 / % possible obs: 88.3 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 71.67 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 2.726→2.865 Å / Num. unique obs: 2994 / CC1/2: 0.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4H2F

4h2f


解像度: 2.72→39.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU R Cruickshank DPI: 3.473 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.819 / SU Rfree Blow DPI: 0.327 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.336
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 2990 4.99 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.21 59939 83.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 74.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.8934 Å20 Å2-1.4156 Å2
2---2.9871 Å20 Å2
3----3.9063 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.4 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.72→39.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14650 0 6 218 14874
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00814996HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0120367HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5097SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2515HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it14996HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.29
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.38
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1953SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact15925SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.72→2.79 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2488 -5.09 %
Rwork0.2457 1138 -
all0.2458 1199 -
obs--21.18 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.37140.6961.75741.58773.34484.92160.28820.2945-0.315-0.3544-0.28220.1010.2968-0.4994-0.0060.304-0.0065-0.11490.0426-0.3099-0.391347.002-24.835118.8503
22.20990.24610.7610.786-0.20160.7446-0.01040.2246-0.0536-0.05720.08940.0046-0.0022-0.0143-0.0790.04190.00690.0136-0.1801-0.0059-0.1189-4.0387-8.269464.2657
32.27720.2393-0.68190.9687-0.11930.7541-0.05880.26080.0567-0.07470.0546-0.005-0.0319-0.01940.00420.0679-0.0051-0.0951-0.1992-0.0273-0.157344.274610.236464.3699
41.10340.8698-0.55062.03-2.21717.48580.07960.3026-0.0379-0.43530.3131-0.10180.3956-0.2912-0.3927-0.08630.0761-0.1569-0.03750.3224-0.321-24.852116.244112.5039
5-0.00810.425-0.58551.5283-3.4386.80680.07740.21210.1028-0.25080.09470.0879-0.11480.0594-0.17210.0724-0.0090.00920.02460.3072-0.2176-8.853523.635515.3542
61.7310.11091.89821.60382.59725.72120.30740.8961-0.2603-0.32040.18910.01330.04140.7279-0.49650.07620.00980.09960.2785-0.307-0.421564.0378-17.583214.7534
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ N|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ B|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ H|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ L|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ M|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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