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- PDB-7b12: HUMAN IMMUNOPROTEASOME 20S PARTICLE IN COMPLEX WITH [2-(3-ethylph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b12
タイトルHUMAN IMMUNOPROTEASOME 20S PARTICLE IN COMPLEX WITH [2-(3-ethylphenyl)-1-[(2S)-3-phenyl-2-[(pyrazin-2-yl)formamido]propanamido]ethyl]boronic acid
要素
  • (Proteasome subunit alpha type- ...プロテアソーム) x 7
  • (Proteasome subunit beta type- ...プロテアソーム) x 7
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / MULTICATALYTIC PROTEINASE / 20S PROTEASOME (プロテアソーム) / PROTEASE (プロテアーゼ) / HYDROLASE (加水分解酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cysteine-type endopeptidase activity / spermatoproteasome complex / purine ribonucleoside triphosphate binding / regulation of endopeptidase activity / proteasome core complex / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / Somitogenesis / immune system process / myofibril ...regulation of cysteine-type endopeptidase activity / spermatoproteasome complex / purine ribonucleoside triphosphate binding / regulation of endopeptidase activity / proteasome core complex / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / Somitogenesis / immune system process / myofibril / fat cell differentiation / 液性免疫 / antigen processing and presentation / NF-kappaB binding / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / T cell proliferation / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / response to organonitrogen compound / sarcomere / proteasome complex / proteolysis involved in protein catabolic process / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / ciliary basal body / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Asymmetric localization of PCP proteins / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Assembly of the pre-replicative complex / Vpu mediated degradation of CD4 / Degradation of DVL / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / Hh mutants are degraded by ERAD / Degradation of AXIN / lipopolysaccharide binding / Degradation of GLI1 by the proteasome / Activation of NF-kappaB in B cells / Defective CFTR causes cystic fibrosis / Hedgehog ligand biogenesis / Negative regulation of NOTCH4 signaling / G2/M Checkpoints / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Hedgehog 'on' state / Regulation of RUNX3 expression and activity / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / MAPK6/MAPK4 signaling / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / P-body / response to virus / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / ABC-family proteins mediated transport / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / cell morphogenesis / response to organic cyclic compound / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / CLEC7A (Dectin-1) signaling / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / nuclear matrix / FCERI mediated NF-kB activation / Regulation of PTEN stability and activity / Interleukin-1 signaling / Orc1 removal from chromatin / Regulation of RAS by GAPs / Separation of Sister Chromatids / Regulation of RUNX2 expression and activity / UCH proteinases / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / KEAP1-NFE2L2 pathway / Interferon alpha/beta signaling / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Downstream TCR signaling / Neddylation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / ER-Phagosome pathway / regulation of inflammatory response / postsynapse / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / secretory granule lumen / endopeptidase activity / ficolin-1-rich granule lumen / リボソーム / Ub-specific processing proteases / intracellular membrane-bounded organelle / 中心体 / シナプス / ubiquitin protein ligase binding
類似検索 - 分子機能
Proteasome subunit alpha 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit ...Proteasome subunit alpha 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SKN / Proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit beta type-1 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-4 / Proteasome subunit beta type-8 / Proteasome subunit beta type-9 / Proteasome subunit alpha type-5 ...Chem-SKN / Proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit beta type-1 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-4 / Proteasome subunit beta type-8 / Proteasome subunit beta type-9 / Proteasome subunit alpha type-5 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit beta type-10 / Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit alpha type-6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Musil, D. / Klein, M. / Crosignani, S.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structure-Based Optimization and Discovery of M3258, a Specific Inhibitor of the Immunoproteasome Subunit LMP7 ( beta 5i).
著者: Klein, M. / Busch, M. / Friese-Hamim, M. / Crosignani, S. / Fuchss, T. / Musil, D. / Rohdich, F. / Sanderson, M.P. / Seenisamy, J. / Walter-Bausch, G. / Zanelli, U. / Hewitt, P. / Esdar, C. / Schadt, O.
履歴
登録2020年11月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Proteasome subunit beta type-1
2: Proteasome subunit beta type-4
A: Proteasome subunit alpha type-6
B: Proteasome subunit alpha type-2
C: Proteasome subunit alpha type-4
D: Proteasome subunit alpha type-7
E: Proteasome subunit alpha type-5
F: Proteasome subunit alpha type-1
G: Proteasome subunit alpha type-3
H: Proteasome subunit beta type-9
J: Proteasome subunit beta type-3
K: Proteasome subunit beta type-2
L: Proteasome subunit beta type-8
M: Proteasome subunit beta type-1
N: Proteasome subunit beta type-4
O: Proteasome subunit alpha type-6
P: Proteasome subunit alpha type-2
Q: Proteasome subunit alpha type-4
T: Proteasome subunit alpha type-1
U: Proteasome subunit alpha type-3
V: Proteasome subunit beta type-9
X: Proteasome subunit beta type-3
Y: Proteasome subunit beta type-2
Z: Proteasome subunit beta type-8
i: Proteasome subunit beta type-10
r: Proteasome subunit alpha type-7
s: Proteasome subunit alpha type-5
w: Proteasome subunit beta type-10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)694,45145
ポリマ－691,15528
非ポリマー3,29617
水17,943996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 28-mer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area113910 Å2
ΔGint-539 kcal/mol
Surface area214930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.995, 201.736, 161.932
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.830, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
Proteasome subunit beta type- ... , 7種, 14分子 1M2NHVJXKYLZiw

#1: タンパク質 Proteasome subunit beta type-1 / PSMB1 / Macropain subunit C5 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C5 / Proteasome component C5 / ...Macropain subunit C5 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C5 / Proteasome component C5 / Proteasome gamma chain


分子量: 23578.986 Da / 分子数: 2 / 断片: 20S CORE / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P20618, proteasome endopeptidase complex
#2: タンパク質 Proteasome subunit beta type-4 / PSMB4 / 26 kDa prosomal protein / PROS-26 / Macropain beta chain / Multicatalytic endopeptidase complex ...26 kDa prosomal protein / PROS-26 / Macropain beta chain / Multicatalytic endopeptidase complex beta chain / Proteasome beta chain / Proteasome chain 3 / HsN3


分子量: 23881.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P28070, proteasome endopeptidase complex
#10: タンパク質 Proteasome subunit beta type-9 / プロテアソーム / Low molecular mass protein 2 / Macropain chain 7 / Multicatalytic endopeptidase complex chain 7 / ...Low molecular mass protein 2 / Macropain chain 7 / Multicatalytic endopeptidase complex chain 7 / Proteasome chain 7 / Proteasome subunit beta-1i / Really interesting new gene 12 protein


分子量: 21295.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P28065, proteasome endopeptidase complex
#11: タンパク質 Proteasome subunit beta type-3 / PSMB3 / Proteasome chain 13 / Proteasome component C10-II / Proteasome theta chain


分子量: 22841.701 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49720, proteasome endopeptidase complex
#12: タンパク質 Proteasome subunit beta type-2 / PSMB2 / Macropain subunit C7-I / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C7-I / Proteasome component C7-I


分子量: 22462.838 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49721, proteasome endopeptidase complex
#13: タンパク質 Proteasome subunit beta type-8 / プロテアソーム / Low molecular mass protein 7 / Macropain subunit C13 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit ...Low molecular mass protein 7 / Macropain subunit C13 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C13 / Proteasome component C13 / Proteasome subunit beta-5i / Really interesting new gene 10 protein


分子量: 22557.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P28062, proteasome endopeptidase complex
#14: タンパク質 Proteasome subunit beta type-10 / プロテアソーム / Low molecular mass protein 10 / Macropain subunit MECl-1 / Multicatalytic endopeptidase complex ...Low molecular mass protein 10 / Macropain subunit MECl-1 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit MECl-1 / Proteasome MECl-1 / Proteasome subunit beta-2i


分子量: 23428.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P40306, proteasome endopeptidase complex

-
Proteasome subunit alpha type- ... , 7種, 14分子 AOBPCQDrEsFTGU

#3: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-6 / プロテアソーム / 27 kDa prosomal protein / p27K / Macropain iota chain / Multicatalytic endopeptidase complex iota ...27 kDa prosomal protein / p27K / Macropain iota chain / Multicatalytic endopeptidase complex iota chain / Proteasome iota chain


分子量: 26941.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P60900
#4: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-2 / プロテアソーム / Macropain subunit C3 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C3 / Proteasome component C3


分子量: 25367.873 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P25787
#5: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-4 / プロテアソーム / Macropain subunit C9 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C9 / Proteasome component C9 / ...Macropain subunit C9 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C9 / Proteasome component C9 / Proteasome subunit L


分子量: 27859.896 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P25789
#6: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-7 / プロテアソーム / Proteasome subunit RC6-1 / Proteasome subunit XAPC7


分子量: 26365.064 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O14818
#7: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-5 / プロテアソーム / Macropain zeta chain / Multicatalytic endopeptidase complex zeta chain / Proteasome zeta chain


分子量: 25293.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P28066
#8: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-1 / プロテアソーム / 30 kDa prosomal protein / PROS-30 / Macropain subunit C2 / Multicatalytic endopeptidase complex ...30 kDa prosomal protein / PROS-30 / Macropain subunit C2 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C2 / Proteasome component C2 / Proteasome nu chain


分子量: 26503.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P25786
#9: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-3 / プロテアソーム / Macropain subunit C8 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C8 / Proteasome component C8


分子量: 27200.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P25788

-
非ポリマー , 4種, 1013分子

#15: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#16: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#17: 化合物
ChemComp-SKN / ((R)-2-(3-ethylphenyl)-1-((S)-3-phenyl-2-(pyrazine-2-carboxamido)propanamido)ethyl)boronic acid / [(1~{R})-2-(3-ethylphenyl)-1-[[(2~{S})-3-phenyl-2-(pyrazin-2-ylcarbonylamino)propanoyl]amino]ethyl]boronic acid / [2-(3-ethylphenyl)-1-[(2S)-3-phenyl-2-[(pyrazin-2-yl)formamido]propanamido]ethyl]boronic acid


分子量: 446.307 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H27BN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#18: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 996 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.47 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 / 詳細: 42 % MPD, 0.20 M NaSCN,

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9173 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年9月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→107.89 Å / Num. obs: 177341 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 60.34 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.133 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.43→2.657 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 8868 / CC1/2: 0.569 / Rpim(I) all: 0.542 / % possible all: 72.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7 (18-SEP-2020)精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROCデータスケーリング
autoPROCdata processing
STARANISO2.3.46データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NONE

解像度: 2.43→107.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.321
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2245 8735 4.93 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.1822 177341 93.4 %-
原子変位パラメータBiso max: 190.65 Å2 / Biso mean: 60.98 Å2 / Biso min: 13.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.8408 Å20 Å21.7755 Å2
2--8.3515 Å20 Å2
3----2.5107 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.43→107.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数48113 0 229 996 49338
Biso mean--50.14 40.33 -
残基数----6195
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d17311SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes8473HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it49210HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion6435SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact39553SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d49210HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg66474HARMONIC21
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.11
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.66
LS精密化 シェル解像度: 2.43→2.57 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2587 163 4.6 %
Rwork0.221 3384 -
all0.2228 3547 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.69040.0091-0.09850.263-0.61331.4522-0.07190.03620.0558-0.09680.0414-0.04040.30160.26410.0306-0.07620.18360.05650.13810.0181-0.063722.353719.0831-83.3068
20.35980.0955-0.04321.2055-0.44630.8212-0.20560.30560.0122-0.25240.17740.10760.3538-0.08640.02810.1518-0.14750.04870.1659-0.0434-0.2562-5.416814.2021-135.8842
30.0842-0.2684-0.11541.10710.07980.2129-0.05980.23150.108-0.08960.04080.12050.2026-0.32020.019-0.1296-0.1412-0.06880.21390.0888-0.0388-33.893130.9677-101.4802
40.11-0.05090.08441.16570.50590.9042-0.0043-0.13170.03090.18210.02430.01930.23120.1249-0.020.11950.03930.03270.07770.091-0.1892-7.1859.766-15.5812
51.0440.6081-0.23051.01750.14730.8511-0.0680.32690.1541-0.10940.08320.11580.1185-0.2186-0.0152-0.0918-0.1711-0.1210.33230.1532-0.2415-24.483137.9761-138.8872
60.04040.1058-0.08761.1803-0.13120.1373-0.0204-0.18060.01240.0633-0.0283-0.0150.13510.40560.0487-0.12780.0833-0.02950.26850.0511-0.099121.363229.1895-48.5882
70.57820.0929-0.05960.8525-0.08520.59370.0151-0.10840.07230.1721-0.0617-0.13350.08460.13690.0465-0.0489-0.0121-0.06330.24270.0056-0.191311.974833.3083-10.9518
80.16560.16650.09020.9488-0.11940.8008-0.02490.13430.1752-0.21860.1260.1582-0.1158-0.1445-0.1011-0.0828-0.0538-0.06230.16680.2728-0.0176-18.05668.614-136.4617
90.5445-0.18070.08330.70830.07280.2978-0.0213-0.11420.1530.21330.0093-0.0509-0.07880.11520.012-0.0041-0.0998-0.00440.1127-0.1241-0.06045.791264.2663-10.698
101.7412-0.37880.21150.6797-0.78750.20370.0881-0.08210.4128-0.09720.0484-0.0347-0.11670.2074-0.1365-0.0981-0.16280.10560.05160.15890.08368.98582.9198-127.6401
110.20580.4520.06581.3804-0.63981.4734-0.10590.0975-0.0678-0.06280.0885-0.0173-0.28180.54930.0174-0.2212-0.23280.05420.33820.1423-0.109735.635969.3772-121.1085
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131.5478-0.09170.25680.7729-0.47330.3393-0.0087-0.21120.14260.14580.09950.24970.018-0.3869-0.0908-0.2277-0.06610.12890.26730.02420.035-55.300835.7254-29.6909
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180.853-0.3046-0.49580-0.07580.3781-0.01920.00170.10050.0240.0080.02840.1185-0.00560.0113-0.2312-0.0197-0.0863-0.04350.06130.1295-6.284940.6624-74.7599
190.82780.165-0.80810.71340.31211.37110.03460.2740.1784-0.03870.02860.00980.0637-0.3571-0.0632-0.23390.0001-0.02710.17530.18210.0486-34.939359.0019-100.8112
203.15530.3102-0.23570.41620.15040.19920.1552-0.17510.8730.1701-0.00120.00630.0036-0.1785-0.154-0.0250.01130.1914-0.1642-0.15660.2547-21.597979.0228-18.5653
210.65790.0931-0.22490.5648-0.41940.8160.0684-0.16270.08120.1309-0.0740.0841-0.00430.37960.0056-0.1804-0.08440.0040.2455-0.0112-0.054422.347757.1311-47.3526
221.01020.6624-0.71360.65460.33041.32480.04370.18570.13070.01760.0295-0.0282-0.22740.015-0.0731-0.10.00780.0365-0.14680.16660.2011-12.579480.8946-93.7399
230.41730.4361-0.02180.93570.09741.3761-0.0452-0.06750.13380.1-0.00550.1546-0.2955-0.3870.0507-0.14910.14840.1580.0963-0.04880.0998-48.006465.4156-26.309
240.9578-0.6623-0.31610.6261-0.06532.11870.0176-0.10990.0890.03580.01350.0957-0.35350.0124-0.0311-0.0924-0.10930.0612-0.1367-0.03340.1534-0.094979.4905-52.899
250.8875-0.3933-0.34830.74340.43281.81560.05010.12730.1837-0.0502-0.02590.0155-0.21560.243-0.0242-0.1984-0.17030.03080.06030.11470.094819.174677.0659-83.5907
260.78870.35040.02450.5961-0.28291.58450.1371-0.07360.1630.09510.0410.0963-0.1571-0.1831-0.1781-0.16390.10110.1118-0.06950.06830.2166-31.819276.3047-63.2225
271.03730.2875-0.45590.2554-0.20070.91190.0189-0.02680.0824-0.0535-0.0299-0.03140.15530.28170.0109-0.27840.01280.01250.31670.0285-0.052333.779949.862-79.7427
280.7051-0.4592-0.21680.6144-0.10811.08320.04860.09080.12370.11760.02740.08330.136-0.2296-0.076-0.268-0.05680.01120.1750.12290.067-46.323449.4457-69.03
290.5826-0.1752-0.20940.21990.28581.3917-0.09250.08680.1090.05730.08730.06710.2962-0.15980.0053-0.0582-0.14270.02070.06690.0647-0.0138-34.904518.5168-67.6393
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ N|1 - N|214 }N1 - 214
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|4 - A|244 }A4 - 244
3X-RAY DIFFRACTION3{ i|1 - i|219 }i1 - 219
4X-RAY DIFFRACTION4{ O|4 - O|245 }O4 - 245
5X-RAY DIFFRACTION5{ B|4 - B|232 }B4 - 232
6X-RAY DIFFRACTION6{ w|1 - w|220 }w1 - 220
7X-RAY DIFFRACTION7{ P|4 - P|232 }P4 - 232
8X-RAY DIFFRACTION8{ C|2 - C|246 }C2 - 246
9X-RAY DIFFRACTION9{ Q|2 - Q|249 }Q2 - 249
10X-RAY DIFFRACTION10{ D|2 - D|235 }D2 - 235
11X-RAY DIFFRACTION11{ E|9 - E|240 }E9 - 240
12X-RAY DIFFRACTION12{ F|4 - F|239 }F4 - 239
13X-RAY DIFFRACTION13{ T|4 - T|239 }T4 - 239
14X-RAY DIFFRACTION14{ G|3 - G|244 }G3 - 244
15X-RAY DIFFRACTION15{ U|2 - U|244 }U2 - 244
16X-RAY DIFFRACTION16{ H|1 - H|199 }H1 - 199
17X-RAY DIFFRACTION17{ V|1 - V|199 }V1 - 199
18X-RAY DIFFRACTION18{ i|301 - i|301 H|201 - H|201 L|301 - L|301 w|301 - w|301 V|201 - V|201 Z|301 - Z|301 }i301
19X-RAY DIFFRACTION18{ i|301 - i|301 H|201 - H|201 L|301 - L|301 w|301 - w|301 V|201 - V|201 Z|301 - Z|301 }H201
20X-RAY DIFFRACTION18{ i|301 - i|301 H|201 - H|201 L|301 - L|301 w|301 - w|301 V|201 - V|201 Z|301 - Z|301 }L301
21X-RAY DIFFRACTION18{ i|301 - i|301 H|201 - H|201 L|301 - L|301 w|301 - w|301 V|201 - V|201 Z|301 - Z|301 }w301
22X-RAY DIFFRACTION18{ i|301 - i|301 H|201 - H|201 L|301 - L|301 w|301 - w|301 V|201 - V|201 Z|301 - Z|301 }V201
23X-RAY DIFFRACTION18{ i|301 - i|301 H|201 - H|201 L|301 - L|301 w|301 - w|301 V|201 - V|201 Z|301 - Z|301 }Z301
24X-RAY DIFFRACTION19{ J|2 - J|205 }J2 - 205
25X-RAY DIFFRACTION20{ r|2 - r|236 }r2 - 236
26X-RAY DIFFRACTION21{ X|2 - X|205 }X2 - 205
27X-RAY DIFFRACTION22{ K|1 - K|196 }K1 - 196
28X-RAY DIFFRACTION23{ s|9 - s|238 }s9 - 238
29X-RAY DIFFRACTION24{ Y|1 - Y|197 }Y1 - 197
30X-RAY DIFFRACTION25{ L|1 - L|203 }L1 - 203
31X-RAY DIFFRACTION26{ Z|1 - Z|203 }Z1 - 203
32X-RAY DIFFRACTION27{ M|1 - M|213 }M1 - 213
33X-RAY DIFFRACTION28{ 1|1 - 1|213 }11 - 213
34X-RAY DIFFRACTION29{ 2|1 - 2|214 }21 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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