+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7axq | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of the cryo-trapped WDR5:CS-VIP8 cocrystal after illumination at 405 nm and 180 K | ||||||||||||
要素 |
| ||||||||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / WDR5 / cyclic strained visible-light photoswitches / MLL1 complex disruption / inhibition of hematopoiesis | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis / histone methyltransferase complex / regulation of tubulin deacetylation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes ...MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis / histone methyltransferase complex / regulation of tubulin deacetylation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / regulation of cell division / regulation of embryonic development / MLL1 complex / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / histone acetyltransferase complex / positive regulation of gluconeogenesis / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / methylated histone binding / skeletal system development / 糖新生 / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / 紡錘体 / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Neddylation / HATs acetylate histones / histone binding / regulation of cell cycle / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.562 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Werel, L. / Essen, L.-O. | ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2022 タイトル: Bistable Photoswitch Allows in Vivo Control of Hematopoiesis. 著者: Albert, L. / Nagpal, J. / Steinchen, W. / Zhang, L. / Werel, L. / Djokovic, N. / Ruzic, D. / Hoffarth, M. / Xu, J. / Kaspareit, J. / Abendroth, F. / Royant, A. / Bange, G. / Nikolic, K. / ...著者: Albert, L. / Nagpal, J. / Steinchen, W. / Zhang, L. / Werel, L. / Djokovic, N. / Ruzic, D. / Hoffarth, M. / Xu, J. / Kaspareit, J. / Abendroth, F. / Royant, A. / Bange, G. / Nikolic, K. / Ryu, S. / Dou, Y. / Essen, L.O. / Vazquez, O. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7axq.cif.gz | 85 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7axq.ent.gz | 61.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7axq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/7axq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/7axq | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36635.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: WDR5, component of MLL1 methyltransferase complex, chromatin regulator 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR5, BIG3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P61964 |
---|---|
#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 915.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: cyclic peptide, cyclic strained visible-light photoswitch, WDR5-binder, disrupts MLL1 complex via MLL1-WDR5 inhibition,cyclic peptide, cyclic strained visible-light photoswitch, WDR5-binder, ...詳細: cyclic peptide, cyclic strained visible-light photoswitch, WDR5-binder, disrupts MLL1 complex via MLL1-WDR5 inhibition,cyclic peptide, cyclic strained visible-light photoswitch, WDR5-binder, disrupts MLL1 complex via MLL1-WDR5 inhibition,cyclic peptide, cyclic strained visible-light photoswitch, WDR5-binder, disrupts MLL1 complex via MLL1-WDR5 inhibition 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.35 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 10% (w/v) PEG20000, 20% (v/v) PEG550 MME, 0.02 M sodium formate, 0.02 M ammonium acetate, 0.02 M trisodium citrate, 0.02 M sodium potassium L-tartrate, 0.02 M sodium oxamate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.56→44.59 Å / Num. obs: 42057 / % possible obs: 97.56 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 20.92 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.0902 / Net I/σ(I): 10.78 |
反射 シェル | 解像度: 1.562→1.618 Å / Rmerge(I) obs: 1.096 / Mean I/σ(I) obs: 1.34 / Num. unique obs: 3264 / CC1/2: 0.552 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6IAM 解像度: 1.562→44.547 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.59 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 95.06 Å2 / Biso mean: 23.1909 Å2 / Biso min: 10.71 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.562→44.547 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
|