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- PDB-7amk: Zebrafish RET Cadherin Like Domains 1 to 4. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7amk
タイトルZebrafish RET Cadherin Like Domains 1 to 4.
要素Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret
キーワードSIGNALING PROTEIN / Ligand recognition / receptor tyrosine kinase / glycosylation
機能・相同性
機能・相同性情報


branchiomeric skeletal muscle development / pronephros morphogenesis / RAF/MAP kinase cascade / : / enteric nervous system development / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / axon extension / positive regulation of kinase activity / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity ...branchiomeric skeletal muscle development / pronephros morphogenesis / RAF/MAP kinase cascade / : / enteric nervous system development / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / axon extension / positive regulation of kinase activity / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / receptor protein-tyrosine kinase / protein-containing complex assembly / receptor complex / membrane raft / axon / calcium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, Ret receptor / Tyrosine-protein kinase receptor Ret, cadherin like domain 3 / Ret, cadherin like domain 1 / RET, cadherin-like domain 4 / RET Cadherin like domain 1 / RET Cadherin like domain 3 / RET Cadherin like domain 4 / Cadherin repeats. / Cadherins domain profile. / Cadherin-like ...Tyrosine-protein kinase, Ret receptor / Tyrosine-protein kinase receptor Ret, cadherin like domain 3 / Ret, cadherin like domain 1 / RET, cadherin-like domain 4 / RET Cadherin like domain 1 / RET Cadherin like domain 3 / RET Cadherin like domain 4 / Cadherin repeats. / Cadherins domain profile. / Cadherin-like / Cadherin-like superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Purkiss, A.G. / McDonald, N.Q. / Goodman, K.M. / Narowtek, A. / Knowles, P.P.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: A two-site flexible clamp mechanism for RET-GDNF-GFRα1 assembly reveals both conformational adaptation and strict geometric spacing.
著者: Sarah E Adams / Andrew G Purkiss / Phillip P Knowles / Andrea Nans / David C Briggs / Annabel Borg / Christopher P Earl / Kerry M Goodman / Agata Nawrotek / Aaron J Borg / Pauline B McIntosh ...著者: Sarah E Adams / Andrew G Purkiss / Phillip P Knowles / Andrea Nans / David C Briggs / Annabel Borg / Christopher P Earl / Kerry M Goodman / Agata Nawrotek / Aaron J Borg / Pauline B McIntosh / Francesca M Houghton / Svend Kjær / Neil Q McDonald /
要旨: RET receptor tyrosine kinase plays vital developmental and neuroprotective roles in metazoans. GDNF family ligands (GFLs) when bound to cognate GFRα co-receptors recognize and activate RET ...RET receptor tyrosine kinase plays vital developmental and neuroprotective roles in metazoans. GDNF family ligands (GFLs) when bound to cognate GFRα co-receptors recognize and activate RET stimulating its cytoplasmic kinase function. The principles for RET ligand-co-receptor recognition are incompletely understood. Here, we report a crystal structure of the cadherin-like module (CLD1-4) from zebrafish RET revealing interdomain flexibility between CLD2 and CLD3. Comparison with a cryo-electron microscopy structure of a ligand-engaged zebrafish RET-GDNF-GFRα1a complex indicates conformational changes within a clade-specific CLD3 loop adjacent to the co-receptor. Our observations indicate that RET is a molecular clamp with a flexible calcium-dependent arm that adapts to different GFRα co-receptors, while its rigid arm recognizes a GFL dimer to align both membrane-proximal cysteine-rich domains. We also visualize linear arrays of RET-GDNF-GFRα1a suggesting that a conserved contact stabilizes higher-order species. Our study reveals that ligand-co-receptor recognition by RET involves both receptor plasticity and strict spacing of receptor dimers by GFL ligands.
履歴
登録2020年10月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret
B: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,65640
ポリマ－109,2212
非ポリマー9,43538
水3,945219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, Some evidence of solution dimer for construct under crystallographic conditions.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17760 Å2
ΔGint142 kcal/mol
Surface area47420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.167, 70.499, 105.438
Angle α, β, γ (deg.)105.408, 100.934, 100.253
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.430793954191, -0.900333557273, -0.0617742234261), (-0.902265964183, -0.431079226797, -0.00931826708919), (-0.0182400359145, 0.0597510323868, -0.998046649821) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.430793954191, -0.900333557273, -0.0617742234261), (-0.902265964183, -0.431079226797, -0.00931826708919), (-0.0182400359145, 0.0597510323868, -0.998046649821)
ベクター: 10.4488119906, 11.910090856, 98.3978260294)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret


分子量: 54610.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: ret, ret1 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: A8E7C6, receptor protein-tyrosine kinase

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糖 , 7種, 12分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1219.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-4/a4-b1_a6-g1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-4/a4-b1_a6-e1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-4/a4-b1_a6-e1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#9: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 245分子

#8: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Ca
#10: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C3H8O3
#11: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H14O4
#12: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C4H10O3
#13: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#14: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 / 詳細: 50 mM MES (pH 6.2), 31.5 % PEG MME 350 (v/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月24日 / 詳細: Mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→65.96 Å / Num. obs: 79868 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 28.87 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 2.08→2.19 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 1.186 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 11549 / CC1/2: 0.58 / Rpim(I) all: 0.765 / Rrim(I) all: 1.416 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3965精密化
DIALSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2x2u

2x2u


解像度: 2.2→65.96 Å / SU ML: 0.3521 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 29.5782
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2694 3097 4.94 %
Rwork0.2251 59574 -
obs0.2273 62671 91.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→65.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7341 0 609 219 8169
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00828107
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.888211020
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05091392
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00611348
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.37973021
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.230.3631940.30281821X-RAY DIFFRACTION62.62
2.23-2.270.38941360.30322040X-RAY DIFFRACTION69.74
2.27-2.310.34491180.30132075X-RAY DIFFRACTION70.76
2.31-2.350.35191250.28372336X-RAY DIFFRACTION77.66
2.35-2.40.31181210.28182419X-RAY DIFFRACTION82.15
2.4-2.450.34141350.28182532X-RAY DIFFRACTION85.13
2.45-2.50.29071410.28292658X-RAY DIFFRACTION90.38
2.5-2.560.31771440.27482823X-RAY DIFFRACTION93.04
2.56-2.620.34141680.27342812X-RAY DIFFRACTION96.66
2.62-2.690.31831530.26512963X-RAY DIFFRACTION98.08
2.69-2.770.32481470.24292865X-RAY DIFFRACTION98.08
2.77-2.860.28261620.24292910X-RAY DIFFRACTION98.12
2.86-2.960.31231700.24522890X-RAY DIFFRACTION98.42
2.96-3.080.28541660.24052923X-RAY DIFFRACTION98.47
3.08-3.220.32081340.22962929X-RAY DIFFRACTION98.17
3.22-3.390.26811470.21142927X-RAY DIFFRACTION98.53
3.39-3.60.2621520.21142903X-RAY DIFFRACTION98.04
3.61-3.880.27941380.20452940X-RAY DIFFRACTION98.5
3.88-4.270.19771210.19492972X-RAY DIFFRACTION98.66
4.27-4.890.19771360.17492931X-RAY DIFFRACTION98.78
4.89-6.160.21811380.19562961X-RAY DIFFRACTION98.95
6.16-65.960.2111510.20892944X-RAY DIFFRACTION98.95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.67583578694-0.7106266100210.6173712635011.80309617827-0.6215578450381.93664887926-0.107893129509-0.0813318220143-0.1241992065410.4045109035030.0167450588865-0.2343409455050.155661752767-0.04550556787510.06329567534570.197774497034-0.01669342183530.005483044752960.1359775929760.002212263255770.277877518367-12.515379231620.7123630395105.651400189
20.781527938321-0.1225577359550.5998185710642.12267378881.866045016636.560475175690.04142900584180.0613756473978-0.0364462846596-0.3845941414280.03320243280660.0186544734530.371836698742-0.335893091342-0.063965335810.308542649105-0.095297770939-0.001468110083450.256304499434-0.01229228220180.255915739034-29.568889357912.271553382159.8677776744
35.499727301581.48125889753-3.264419534411.24728902399-1.216595816096.431612367250.0692627486091-0.05229433060040.182395024620.1095013912940.236217267095-0.3952250589560.006212978296920.871674241071-0.2891650795310.3850238220530.0131443113195-0.03392663993480.322316425893-0.1642439073710.518957203553-11.52902379089.1576402799118.9450518331
41.481926396830.09787563134470.1012316159742.470614677361.002552950711.8998600338-0.1375274629930.235546782360.130465968854-0.09938142816260.142193454258-0.229373793223-0.1876093584720.153135545477-0.02029115800120.218484720283-0.0388226031303-0.01623046125730.1361266882190.04650500870450.231277690607-21.115011216413.6997875187-5.79528238352
51.201467960780.04012458568341.525053896490.235656952728-0.4016269025627.44908799659-0.13024220282-0.121043580254-0.110214792030.00782327482205-0.101055305250.013738411519-0.2620695337310.3541330177620.2157917847970.4645848450620.0220370511128-0.03735684969880.242331337250.0582935124920.27592163663-16.393276684434.552815626239.2359442659
62.14574681612-1.309861832611.839533522313.56153550555-2.115471685484.683818506090.03316641507990.12694403795-0.225550876227-0.0805431063961-0.0869616177737-0.09400225672590.2645844827690.2264477913650.05909724240780.1274393028550.02639084718830.05518353346380.200936468876-0.03252591439750.222810624532-5.1046867068317.873891159279.6055540559
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and ((resid 23 through 250 ) or resid 801 or resid 806 or ( resid 811 through 818) or resid 861)AC - T23 - 8614
22chain 'A' and ((resid 251 through 383 ) or (resid 821 through 822) or (resid 831 through 832) or (resid 841 through 842) or resid 891)AC - U251 - 891232
33chain 'A' and ((resid 384 through 498 ) or (resid 851 through 852) or resid 892)AC - V384 - 892365
44chain 'B' and ((resid 23 through 250 ) or resid 806 or ( resid 811 through 814) or resid 861)BY - A23 - 8614
55chain 'B' and ((resid 251 through 383 ) or (resid 831 through 832) or (resid 841 through 843) or resid 891)BY - A251 - 843232
66chain 'B' and ((resid 384 through 498 ) or (resid 851 through 852))BY - A384 - 852361

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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