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- PDB-7a85: rsGreen0.7-K206A-F145L in the green-on state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a85
タイトルrsGreen0.7-K206A-F145L in the green-on state
要素Green fluorescent protein緑色蛍光タンパク質
キーワードFLUORESCENT PROTEIN (蛍光タンパク質) / Reversible photoswitchable fluorescent protein
機能・相同性Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / 緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / 生物発光 / generation of precursor metabolites and energy / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / 緑色蛍光タンパク質
機能・相同性情報
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.52 Å
データ登録者De Zitter, E. / Dedecker, P. / Van Meervelt, L.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders ベルギー
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Structure-Function Dataset Reveals Environment Effects within a Fluorescent Protein Model System*.
著者: De Zitter, E. / Hugelier, S. / Duwe, S. / Vandenberg, W. / Tebo, A.G. / Van Meervelt, L. / Dedecker, P.
履歴
登録2020年8月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8343
ポリマ－30,5771
非ポリマー2562
水4,828268
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area580 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area10080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.303, 60.910, 92.693
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.850, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-554-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Green fluorescent protein / 緑色蛍光タンパク質


分子量: 30577.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: gfp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: A0A059PIQ0
#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM MES pH 6.5 12 % PEG 20 000 10 mM NaBr

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月18日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→43.24 Å / Num. obs: 39087 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 19.48 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 12.4 / Num. measured all: 146055 / Scaling rejects: 73
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.52-1.553.70.606704419090.8030.3670.7121.799.4
8.33-43.243.90.03110232590.9980.0170.03634.898.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.05 Å43.24 Å
Translation5.05 Å43.24 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.5.23データスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
PHENIX1.11精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.52→43.241 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2368 1938 5.02 %
Rwork0.2116 36643 -
obs0.2129 38581 97.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 75.56 Å2 / Biso mean: 26.2857 Å2 / Biso min: 11.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.52→43.241 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1772 0 17 268 2057
Biso mean--40.28 35.2 -
残基数----224
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061957
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8792667
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059284
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005358
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7311547
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.52-1.5580.32961610.27972600276199
1.558-1.60020.3161510.26532649280099
1.6002-1.64730.30131380.251126482786100
1.6473-1.70040.30121480.23626392787100
1.7004-1.76120.27271370.234226832820100
1.7612-1.83170.27391300.23126422772100
1.8317-1.91510.39171280.35362532266095
1.9151-2.01610.37531280.34172435256390
2.0161-2.14240.24711240.21782646277099
2.1424-2.30780.33421160.31992518263493
2.3078-2.540.21131330.20912626275999
2.54-2.90750.18121590.18722664282399
2.9075-3.66280.21861390.16652662280199
3.6628-43.25810.16881460.1442699284598

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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