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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7a3i | ||||||
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タイトル | Crystal structure of DPP8 in complex with a 4-oxo-b-lactam based inhibitor, LMC375 | ||||||
要素 | Dipeptidyl peptidase 8ジペプチジルペプチダーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / DPP8 / Protease (プロテアーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DPP-4 / dipeptidyl-peptidase activity / negative regulation of programmed cell death / aminopeptidase activity / serine-type peptidase activity / 免疫応答 / apoptotic process / タンパク質分解 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Ross, B.H. / Huber, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Discovery and Development of 4-Oxo-beta-Lactams as Novel Inhibitors of Dipeptidyl Peptidases 8 and 9 著者: Fehr, L. / Carvalho, L.A.R. / Ross, B.H. / Lum, K. / Vieira, A.C. / Kiefersauer, R. / Geiss-Friedlander, R. / Kaiser, M. / Rodrigues, T. / Lucas, S.D. / Cravatt, B.F. / Huber, R. / Moreira, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7a3i.cif.gz | 496.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7a3i.ent.gz | 400.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7a3i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/7a3i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/7a3i | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 103483.352 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DPP8, DPRP1, MSTP097, MSTP135, MSTP141 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q6V1X1, DPP-4 |
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-非ポリマー , 5種, 36分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.54 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.46 M Na citrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月30日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.8→49.33 Å / Num. obs: 131575 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.541 % / Biso Wilson estimate: 63.859 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rrim(I) all: 0.121 / Χ2: 0.972 / Net I/σ(I): 13.29 / Num. measured all: 1123768 / Scaling rejects: 77 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6EOP 解像度: 2.8→49.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 11.622 / SU ML: 0.221 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.409 / ESU R Free: 0.274 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 183.42 Å2 / Biso mean: 70.353 Å2 / Biso min: 35.08 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.8→49.33 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.873 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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