+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7a30 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Intertwined dimer of the c-Src SH3 domain mutant Q128E | ||||||
![]() | Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() Signaling by ERBB2 / Nuclear signaling by ERBB4 / PIP3 activates AKT signaling / Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / Signaling by EGFR / GAB1 signalosome / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Camara-Artigas, A. / Plaza-Garrido, M. / Salinas-Garcia, M.C. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Intertwined dimer of the c-Src SH3 domain mutant Q128E 著者: Camara-Artigas, A. / Plaza-Garrido, M. / Salinas-Garcia, M.C. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 49.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 35 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4jz3S S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 6750.297 Da / 分子数: 1 / 変異: Q128E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P00523, ![]() |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-PGE / ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-PEG / ![]() |
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / ![]() |
#5: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.81 % / Mosaicity: 0.07 ° |
---|---|
結晶化![]() | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 5% PEG300, 2.0 M ammomium sulfate, 0.1M sodium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月8日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.67→19.36 Å / Num. obs: 18070 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.6 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rpim(I) all: 0.011 / Rrim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 32 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-位相決定
位相決定![]() | 手法: ![]() |
---|
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 4JZ3 解像度: 1.67→19.36 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.14 / 位相誤差: 28.16 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 111.21 Å2 / Biso mean: 46.2261 Å2 / Biso min: 20.16 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.67→19.36 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
|