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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7a28 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of T. brucei PDE-B1 catalytic domain with inhibitor NPD-617 | ||||||
要素 | Phosphodiesteraseホスホジエステラーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Parasitic phosphodiesterase / African trypanosomiasis (アフリカ睡眠病) / sleeping sickness (アフリカ睡眠病) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / axoneme / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / cell morphogenesis / シグナル伝達 / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å | ||||||
データ登録者 | Singh, A.K. / Blaazer, A.R. / Zara, L. / de Esch, I.J.P. / Leurs, R. / Brown, D.G. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of T. brucei PDE-B1 catalytic domain with inhibitor NPD-617 著者: Singh, A.K. / Brown, D.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7a28.cif.gz | 160.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7a28.ent.gz | 123.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7a28.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/7a28 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/7a28 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4i15S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 40623.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: residues 565-918 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) 遺伝子: PDEB1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): codon plus 参照: UniProt: Q8WQX9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 |
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-非ポリマー , 7種, 475分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-PEG / #6: 化合物 | ChemComp-GOL / #7: 化合物 | ChemComp-GAI / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.35 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% PEG 3350, 0.4 M sodium formate, 0.3 M guanidine, 0.1 M MES pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92819 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.89→80.33 Å / Num. obs: 69296 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 10.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.89→1.94 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 1.289 / Num. unique obs: 5104 / CC1/2: 0.476 / Rpim(I) all: 0.83 / Rrim(I) all: 1.539 / % possible all: 98.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4I15 解像度: 1.89→80.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 4.623 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 118.73 Å2 / Biso mean: 35.511 Å2 / Biso min: 11.43 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.89→80.33 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.89→1.939 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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