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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7a16 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN METHIONINE AMINOPEPTIDASE-2 IN COMPLEX WITH AN INHIBITOR GSK2229238A (COMPOUND 43) | ||||||
要素 | Methionine aminopeptidase 2メチオニルアミノペプチダーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / METHIONINE AMINOPEPTIDASE-2 (メチオニルアミノペプチダーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 N-terminal protein amino acid modification / peptidyl-methionine modification / initiator methionyl aminopeptidase activity / メチオニルアミノペプチダーゼ / metalloexopeptidase activity / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / protein processing / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / RNA binding ...N-terminal protein amino acid modification / peptidyl-methionine modification / initiator methionyl aminopeptidase activity / メチオニルアミノペプチダーゼ / metalloexopeptidase activity / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / protein processing / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / RNA binding / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Thorpe, J.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2020 タイトル: Structure-based optimisation of orally active & reversible MetAP-2 inhibitors maintaining a tight 'molecular budget'. 著者: Hirst, D.J. / Brandt, M. / Bruton, G. / Christodoulou, E. / Cutler, L. / Deeks, N. / Goodacre, J.D. / Jack, T. / Lindon, M. / Miah, A. / Page, K. / Parr, N. / Shukla, L. / Sims, M. / Thomas, ...著者: Hirst, D.J. / Brandt, M. / Bruton, G. / Christodoulou, E. / Cutler, L. / Deeks, N. / Goodacre, J.D. / Jack, T. / Lindon, M. / Miah, A. / Page, K. / Parr, N. / Shukla, L. / Sims, M. / Thomas, P. / Thorpe, J. / Holmes, D.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7a16.cif.gz | 98.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7a16.ent.gz | 72.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7a16.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/7a16 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/7a16 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41510.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METAP2, MNPEP, P67EIF2 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) 参照: UniProt: P50579, メチオニルアミノペプチダーゼ | ||||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / #3: 化合物 | ChemComp-HZE / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.78 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 200mM potassium phosphate pH 7.4, 100mM MnCl2, 5mM dithiothreitol (DTT) and 25-50% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年11月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→26.32 Å / Num. all: 159346 / Num. obs: 35729 / % possible obs: 99.04 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 23.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.968 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.176 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 15917 / % possible all: 94.53 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2OAZ 解像度: 1.9→26.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU R Cruickshank DPI: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.151 / SU Rfree Blow DPI: 0.132 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.125
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原子変位パラメータ | Biso max: 123.5 Å2 / Biso mean: 31.96 Å2 / Biso min: 13.66 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.24 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.9→26.32 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.96 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18
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